doi:10.101克/克207456.116。
Epub 2016年9月19日。
利用多重从头组装技术全面发现猪基因组中的变异并恢复缺失序列
李明州 1, 陈雷(Lei Chen) 2, 田士林 1 三, 于林 三, 钱子堂 1, 周旭明 4, 李迪燕 1, 卡罗尔·K·L·杨 三, 田东车 1, 龙津 1, 傅玉华 1 5, 马继登 1, 王勋 1, 阿南·江 1, 景兰 2, 棋盘 三, 刘英凯 1, 罗宗刚 2, 郭宗义 2, 刘海峰 1, 李朱 1, 素龙帅 1, 唐国庆 1, 赵九刚 2, Yanzhi Jiang公司 1, 林白 1, 张顺华 1, 苗苗麦 1, 长春李 5, 王大伟 三, 顾一仁 6, 王国松 1 7, 红枫路 三, 阎丽 三, 朱海浩 三, 李宗文 三, 李明(音) 8, 瓦迪姆·格拉迪舍夫 4, 芷江 三, 赵树红 5, 王金勇 2, 李瑞强 三, 李雪薇 1
附属公司
附属公司
- 1四川农业大学动物科学技术学院动物遗传育种研究所,成都611130,中国。
- 2重庆市动物科学研究院猪产业科学(农业部)重点实验室,重庆402460,中国。
- 三Novogene生物信息研究所,北京100089,中国。
- 4美国马萨诸塞州波士顿市哈佛医学院百翰女子医院医学部遗传科,邮编02115。
- 5华中农业大学动物科学技术学院,武汉430070。
- 6四川省动物科学院,中国成都610066。
- 7德克萨斯农工大学动物科学系,美国德克萨斯州大学城,邮编77843。
- 8中国科学院动物研究所动物生态学与保护生物学重点实验室,北京100101。
剪贴板中的项目
利用多重从头组装技术全面发现猪基因组中的变异并恢复缺失序列
李明州等。
基因组研究.
2017年5月.
doi:10.1101/gr.2007456.116。
Epub 2016年9月19日。
作者
李明州 1, 陈雷(Lei Chen) 2, 田士林 1 三, 于林 三, 钱子堂 1, 周旭明 4, 李迪燕 1, 卡罗尔·K·L·杨 三, 田东车 1, 龙津 1, 傅玉华 1 5, 马继登 1, 王勋 1, 阿南·江 1, 景兰 2, 棋盘 三, 刘英凯 1, 罗宗刚 2, 郭宗义 2, 刘海峰 1, 李朱 1, 素龙帅 1, 唐国庆 1, 赵九刚 2, Yanzhi Jiang公司 1, 林白 1, 张顺华 1, 苗苗麦 1, 长春李 5, 王大伟 三, 顾一仁 6, 王国松 1 7, 红枫路 三, 阎丽 三, 朱海豪 三, 李宗文 三, 李明(音) 8, 瓦迪姆·格拉迪舍夫 4, 芷江 三, 赵树红 5, 王金勇 2, 李瑞强 三, 李雪薇 1
附属公司
- 1四川农业大学动物科学技术学院动物遗传育种研究所,成都611130,中国。
- 2重庆市动物科学研究院猪产业科学(农业部)重点实验室,重庆402460,中国。
- 三Novogene生物信息研究所,北京100089,中国。
- 4美国马萨诸塞州波士顿市哈佛医学院百翰女子医院医学部遗传科,邮编02115。
- 5华中农业大学动物科学与技术学院,武汉430070,中国。
- 6四川省动物科学院,中国成都610066。
- 7德克萨斯农工大学动物科学系,美国德克萨斯州大学城,邮编77843。
- 8中国科学院动物研究所动物生态与保护生物学重点实验室,北京100101。
剪贴板中的项目
摘要
通过重新测序揭示遗传变异受到限制,因为只有与参考基因组相似的序列才会被检测。由于地理差异和独立的人口统计事件,参考基因组往往不完整,不能代表全部的遗传多样性。更全面地描述猪的遗传变异(苏斯克罗法),我们从欧亚大陆产生了9头具有地理和表型代表性的猪的从头组装。通过将它们与参考猪集合进行比较,我们发现了大量新的SNP和结构变体,以及137.02-Mb序列,其中包含1737个蛋白质编码基因,而这些基因在参考集合中缺失,揭示了选择留下的变体。我们的结果说明了全基因组从头测序相对于重新测序的威力,并提供了宝贵的遗传资源,使猪能够在农业生产和生物医学研究中得到有效利用。
©2017 Li等人。;由冷泉港实验室出版社出版。
PubMed免责声明
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