Complete genome sequence of the multiresistant taxonomic outlier Pseudomonas aeruginosa PA7

doi:10.1371/journal.pone.0008842

.2010年1月22日；5（1）：e8842。

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多重耐药分类异常铜绿假单胞菌PA7的全基因组序列

保罗·H·罗伊¹, 萨沙·G·特图, 安德烈·拉鲁什, 利亚姆·埃尔伯恩, 西蒙·特伦布雷, 青湖人, 罗伯特·道森, 德里克·哈金斯, 瑞安·谢伊, 基沙·沃特金斯, 亚斯敏·马哈茂德, 伊恩·保尔森

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多重耐药分类异常铜绿假单胞菌PA7的全基因组序列

保罗·H·罗伊等。公共科学图书馆一号. 2010.

.2010年1月22日；5（1）：e8842。

doi:10.1371/journal.pone.0008842。

作者

保罗·H·罗伊¹, 萨沙·G·特图, 安德烈·拉鲁什, 利亚姆·埃尔伯恩, 西蒙·特朗布雷, 任清虎, 罗伯特·道森, 德里克·哈金斯, 瑞安·谢伊, 基沙·沃特金斯, 亚斯敏·马哈茂德, 伊恩·保尔森

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¹加拿大魁北克省魁北克市拉瓦尔大学生物芯片与微生物学研究部和传染病研究中心。

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预防性维修识别码：项目经理2809737
内政部： 10.1371/journal.pone.0008842

摘要

铜绿假单胞菌PA7是一种来自阿根廷的非呼吸道人类分离物，对抗生素具有多重耐药性。我们首先测序了gyrA、gyrB、parC、parE、ampC、ampR和几个家政基因，发现PA7是一个分类学异常值。我们在这里报告了6588339 bp基因组的完整序列，该序列与其他菌株的整体同源性仅约为95%。PA7具有多个新的基因组岛和总共51个占据的基因组可塑性区域。这些岛包括抗生素耐药基因、部分转座子、原噬菌体和pKLC102相关岛。PAO1或PA14中不存在的几个PA7基因是其他假单胞菌属和Ralstonia属基因的假定同源基因。PA7似乎与已知的分类学异常值DSM1128（ATCC9027）密切相关。PA7缺乏几种毒力因子，尤其是与PAO1的PA1690-PA1725相对应的整个TTSS区域。它既没有exoS也没有exoU，并且缺少toxA、exoT和exoY。PA7为O12血清型和II型pyoverdin。初步蛋白质组学研究表明，与PAO1存在许多差异，其中一些可能是mvfR群体感应调节基因移码突变的结果。

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利益冲突声明

竞争利益：提交人声明，不存在相互竞争的利益。

数字

**图1。的染色体*铜绿假单胞菌*PA7。**
最外面的两个圆圈表示CDS在正（圆圈1）和负（圆圈2）链中的位置，按功能类别着色：翻译、核糖体结构和生物发生（褐红色）；转录（海军）；DNA复制、重组和修复（紫色）；细胞分裂和染色体分裂（棕色）；翻译后修饰，蛋白质周转，伴侣（水）；细胞膜生物发生，外膜（teal）；细胞运动和分泌（蓝色）；无机离子转运和代谢（橙色）；信号转导机制（薰衣草）；能源生产和转换（橄榄）；碳水化合物运输和代谢（浅绿色）；氨基酸运输和代谢（深绿色）；核苷酸转运和代谢（品红）；辅酶代谢（粉红色）；脂代谢（红色）；二级甲醚生物合成、运输和分解代谢（黄色）；仅一般功能预测（深灰色）；功能未知（浅灰色）；无COG（黑色）。基因组岛或“基因组可塑性区域”用第三个圆圈中的绿色条表示；它们的顺序与表3中列出的顺序相同（从0kbp标记开始）。向中心移动，以下三个圆圈映射成对爆炸对齐（预期阈值 = 1e−20）在PA7和之前测序之间*铜绿假单胞菌*基因组（圆圈4 PAO1（teal））；圆形5 PA14（浅绿色）；圈6 LESB58（橙色））。第七个圆圈显示G+C内容（与平均值的偏差），第八个圆圈以绿色（+）和紫色（−）表示G+C偏差。刻度（kbp）显示在最内圈。利用CGview软件构建基因组图谱。

**图3。PA7和PAO1的蛋白质组比较，使用Proggenetis PG240软件进行条件水平匹配。**
绿色，PAO1-特定；粉色，PA7专用，黑色，PAO1-PA7匹配。

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