INDELible：生物序列进化的灵活模拟器
-
采购管理信息： 19423664 -
预防性维修识别码： PMC2712615型 -
内政部： 10.1093/molbev/msp098
INDELible：生物序列进化的灵活模拟器
摘要
数字
类似文章
-
通过插入/删除序列进化的通用连续时间马尔可夫模型：对齐概率可计算吗？ BMC生物信息学。 2016年8月11日； 17:304. doi:10.1186/s12859-016-1105-7。 BMC生物信息学。 2016 采购管理信息： 27638547 免费PMC文章。 -
带间隙的DNA组装（Dawg）：模拟序列进化。 生物信息学。 2005年11月1日； 21补充3:iii31-8。 doi:10.1093/bioinformatics/bti1200。 生物信息学。 2005 采购管理信息： 16306390 -
测量与核苷酸替代率无关的插入和删除加速率。 分子进化杂志。 2016年10月； 83(3-4):137-146. doi:10.1007/s00239-016-9761-9。 Epub 2016年10月21日。 分子进化杂志。 2016 采购管理信息： 27770175 免费PMC文章。 -
indel-Seq-Gen：一种新的蛋白质家族模拟器，包括结构域、基序和indels。 分子生物学进化。 2007年3月； 24(3):640-9. doi:10.1093/molbev/msl195。 Epub 2006年12月8日。 分子生物学进化。 2007 采购管理信息： 17158778 -
系统发育学。 方法分子生物学。 2018; 1704:103-187. doi:10.1007/978-1-4939-7463-45。 方法分子生物学。 2018 采购管理信息： 29277865 审查。
引用人
-
TPMA：一个两指针元对齐工具，用于集成不同的多个核酸序列对齐。 公共科学图书馆计算生物学。 2024年4月1日； 20（4）：e1011988。 doi:10.1371/journal.pcbi.1011988。 eCollection 2024年4月。 公共科学图书馆计算生物学。 2024 采购管理信息： 38557416 免费PMC文章。 -
统一重复片段聚类和基因特异性映射推断。 算法分子生物学。 2024年2月14日； 19(1):7. doi:10.1186/s13015-024-00252-8。 算法分子生物学。 2024 采购管理信息： 38355611 免费PMC文章。 -
确定指数长度分布的统计框架。 生物信息学。 2024年2月1日； 40（2）：btae043。 doi:10.1093/bioinformatics/btae043。 生物信息学。 2024 采购管理信息： 38269647 免费PMC文章。 -
FMAlign2：一种用于超长数据集的新型快速多核苷酸序列比对方法。 生物信息学。 2024年1月2日； 40（1）：btae014。 doi:10.1093/bioinformatics/btae014。 生物信息学。 2024 采购管理信息： 38200554 免费PMC文章。 -
序列进化模拟：它们是如何（不）真实以及为什么。 分子生物学进化。 2024年1月3日； 41（1）：msad277。 doi:10.1093/molbev/msad277。 摩尔生物进化。 2024 采购管理信息： 38124381 免费PMC文章。
工具书类
-
Abascal F，Posada D，Zardoya R.MtArt：节肢动物氨基酸替代的新模型。 分子生物学进化。 2007; 24:1–5. - 公共医学
-
Adachi J，Hasegawa M.MOLPHY 2.3版：基于最大似然的分子系统发育程序。 计算机科学专著。 1996; 28:1–150.
-
Adachi J、Waddell PJ、Martin W、Hasegawa M.叶绿体DNA编码蛋白质的质体基因组系统发育和氨基酸替代模型。 分子进化杂志。 2000; 50:348–358. - 公共医学
-
Anisimova M，Kosiol C.使用概率密码子替换模型研究蛋白质编码序列进化。 分子生物学进化。 2009; 26:255–271. - 公共医学
-
Arndt PF，Hwa T.人类基因组的区域和时间分辨突变模式。 生物信息学。 2004; 20:1482–1485. - 公共医学
