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.2005年1月1日；33（数据库问题）：D338-43。
doi:10.1093/nar/gki047。

铜绿假单胞菌基因组数据库和Pseudo CAP：促进基于社区的、不断更新的基因组注释

杰弗里·温莎 1, 雷蒙德·洛, 山南J Ho Sui, Korine S E Ung公司, 黄绍山, 成斌, 伟凯和庆, 罗伯特·E·W·汉考克, 菲奥纳·S·L·布林克曼
附属公司

铜绿假单胞菌基因组数据库和Pseudo CAP：促进基于社区的、不断更新的基因组注释

杰弗里·温莎等。 核酸研究. .

摘要

以铜绿假单胞菌基因组项目为测试案例，我们开发了一个数据库和提交系统，以促进基于社区的方法不断更新基因组注释(http://www.pseudomonas.com网站). 研究人员通过三种基于网络的表单选项之一提交建议的注释更新，然后接受审查，如果接受，则将更新内容输入数据库和日志文件，并附上作者确认。此外，协调员会不断审查文献以获取适当的更新，因为我们发现这样的审查是最有效的。注释数据库和updates-log数据库都具有布尔搜索功能，能够对结果进行排序，并将所有数据或搜索结果下载为以tab分隔的文件。为了补充这个同行评审的基因组注释，我们还提供了一个链接的GBrowse视图，其中显示了其他注释。还集成了其他工具和分析，包括PseudoCyc和敲除突变信息。我们建议，该数据库系统的重点是促进数据的灵活查询，并提供对同行评审注释和替代注释信息的访问，对于希望使用持续更新的基于社区的注释方法的其他基因组项目而言，该数据库可能是一个合适的模型。源代码在GNU通用公共许可证下免费提供。

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图1
图1
的示意图概述假单胞菌属基因组数据库和PseudoCAP注释更新过程。带有粗线条/边框的框表示数据库和应用程序组件。椭圆反映注释更新方法中的过程。带有细线/边界的元素反映了人为干预。
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    Römling U、Grothues D、Tümmler B。 Römling U等人。 《抗生素化学家》（1971年）。1991;44:1-7。 Antibiot Chemother（1971）。1991 PMID：1801627 审查。 没有可用的摘要。
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    Wu T、Zhang Z、Li T、Dong X、Wu D、Zhu L、Xu K、ZhangY。 Wu T等人。 微生物规范。2024年1月11日；12（1）：e0222423。doi:10.1128/spectrum.02224-23。Epub 2023年12月13日。 微生物规范。2024 PMID：38088541 免费PMC文章。
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    1. Stover C.K.、Pham、X.Q.、Erwin、A.L.、Mizoguchi、S.D.、Warrener、P.、Hickey、M.J.、Brinkman、F.S.、Hufnagle、W.O.、Kowalik、D.J.、Lagrou、M.、Garber、R.L.、Goltry、L.、Tolentino、E.、Westbrock-Wadman、S.、Yuan、Brody、L.L.、Coulter、S.N.、Folger、K.R.、Kas、A.、Larbig、K.、Lim、R.、Smith、Spencer、D.、Wong、G.K.、Wu、Z.保尔森，I.T.，赖泽，J.，赛尔，M.H。，Hancock，R.E.、Lory，S.和Olson，M.V.（2000）铜绿假单胞菌PA01（一种条件致病菌）的完整基因组序列。《自然》，406959-964。-公共医学
    1. Brinkman F.S.，Hancock，R.E.和Stover，C.K.（2000）排序解决方案：使用通过互联网组织的志愿者注释器。《自然》，406933。-公共医学
    1. Williams N.（1995）接近完整的酵母基因组序列。《科学》，2681560-1561。-公共医学
    1. Williams N.（1996）酵母基因组序列激发了新的研究。《科学》，272481。-公共医学
    1. Goffeau A.、Barrell B.G.、Bussey H.、Davis R.W.、Dujon B.、Feldmann H.、Galibert F.、Hoheisel J.D.、Jacq C.、Johnston M.等人（1996）《6000个基因的生命》。《科学》，274563-567。-公共医学

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