Biomedical term mapping databases

doi:10.1093/nar/gki137

.2005年1月1日；33（数据库问题）：D289-93。

doi:10.1093/nar/gki137。

生物医学术语映射数据库

乔纳森·德·雷恩¹, 杰弗里·T·张, 詹姆斯·普斯特约夫斯基, 伊坦·阿达尔, 哈罗德·R·加纳, 俄罗斯B奥特曼

附属公司

PMID： 15608198
预防性维修识别码： PMC540091型
内政部： 10.1093/nar/gki137

生物医学术语映射数据库

乔纳森·德·雷恩等。核酸研究. 2005.

.2005年1月1日；33（数据库问题）：D289-93。

doi:10.1093/nar/gki137。

作者

乔纳森·德·雷恩¹, 杰弗里·T·张, 詹姆斯·普斯特约夫斯基, 伊坦·阿达尔, 哈罗德·R·加纳, 俄罗斯B奥特曼

附属

¹俄克拉何马大学植物与微生物系基因组技术高级中心，地址：101 David L.Boren Blvd，Rm 2025，Norman，OK 73019，USA。Jonathan.Wren@OU.edu

PMID： 15608198
预防性维修识别码： PMC540091型
内政部： 10.1093/nar/gki137号

摘要

为了提高沟通效率，较长的单词和短语经常被映射到较短的形式，如缩写或首字母缩写。这些缩写在生物学和医学的各个方面都很普遍，随着生物医学文献数量的增长，缩写的数量和每个缩写的平均定义数量也在增长。更令人困惑的是，不同的作者通常会对同一单词/短语进行不同的缩写。这种模糊性阻碍了我们检索信息、集成数据库和挖掘文本数据库内容的能力。标准化命名法的努力，尤其是那些回顾性的努力，需要注意不同的缩写映射和拼写变化。为了解决这个问题，在大量的文献中，已经进行了几项努力来开发计算机算法，以识别短形式和长形式之间的术语映射。迄今为止，已应用四种此类算法创建在线数据库，全面映射MEDLINE:ARGH中的生物医学术语和缩写(http://lethargy.swmed.edu/ARGH/ARGH.asp)，斯坦福大学生物医学缩写服务器(http://bionlp.stanford.edu/abribition（生物标准化组织）/)、AcroMed(http://medstract.med.tufts.edu/acro1.1/index.htm)和SaRAD(http://www.hpl.hp.com/research/idl/projects/abbrev.html)。除了作为有用的计算工具外，这些数据库还作为有价值的参考，帮助生物学家跟上不断扩大的词汇表。

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SaRAD的屏幕截图。用户已搜索“SS”并单击以获取子定义“sjorgen综合征”的详细信息。可能的过滤器是用于限制搜索结果的MeSH术语。

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[7] Mack R.和Hehenberger，M.（2002）《基于文本的知识发现：生命科学文献的搜索和挖掘》。药物研发。今天，7，S89–S98。-公共医学

[8] Mack R.和Hehenberger，M.（2002）《基于文本的知识发现：生命科学文献的搜索和挖掘》。药物研发。今天，7，S89–S98。-公共医学

[9] Salwinski L.、Miller，C.S.、Smith，A.J.、Pettit，F.K.、Bowie，J.U.和Eisenberg，D.（2004）《相互作用蛋白质数据库：2004年更新》。《核酸研究》，32，D449–D451。-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Salwinski L.、Miller，C.S.、Smith，A.J.、Pettit，F.K.、Bowie，J.U.和Eisenberg，D.（2004）《相互作用蛋白质数据库：2004年更新》。《核酸研究》，32，D449–D451。-项目管理咨询公司-公共医学

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