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.2003年3月22日;19(5):593-9.
doi:10.1093/bioinformatics/btg041。

Z曲线数据库:基因组序列的图形表示

附属公司

Z曲线数据库:基因组序列的图形表示

张春婷等。 生物信息学. .

摘要

动机:许多原核生物和真核生物物种的基因组项目已经完成,目前正在进行更多的新基因组项目。研究人员可以获得大量基因组序列,这就需要找到图形工具来以可感知的形式研究基因组。Z曲线是可用于可视化基因组的工具之一。Z曲线是给定DNA序列的唯一三维曲线表示,从这个意义上讲,每个DNA序列都可以通过给定另一个DNA序列唯一地重建。这里已经建立了1000多个基因组的Z曲线数据库。

结果:该数据库包含古菌、细菌、真核生物、细胞器、噬菌体、质粒、类病毒和病毒的Z曲线,其基因组序列目前可用。所有三维Z曲线及其三分量曲线都存储在数据库中。详细介绍了Z曲线数据库在比较基因组学、基因预测、用无窗口技术计算G+C含量、预测细菌和古生物基因组的复制起源和终止以及研究Chargaff平价规则2的局部偏差等方面的应用。这里报告的Z曲线数据库是一个宝库,生物学家可以在其中找到有用的生物学知识。

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