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公共科学图书馆-遗传学。2007年6月；3（6）：e89。
2007年6月1日在线发布。2007年4月19日在线预发布。 doi（操作界面）：10.1371/journal.pgen.0030089
预防性维修识别码：项目经理1885280
采购管理信息：17542650

KAP1结合的基因组分析提示KRAB-ZNFs的自身调节

亨丽埃特·奥金,1,2 沙龙·L·斯夸佐,1,2 苏什玛·艾扬格,1,2 金·布拉尼克,1,2 约翰·莱恩,三 霍华德·Y·张,三 罗兰德·格林,4和佩吉·法恩哈姆1,2,*
约瑟夫·埃克尔（Joseph R Ecker），编辑器
作者信息 文章注释 版权和许可信息 PMC免责声明

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补充资料

摘要

我们对Ntera2睾丸癌细胞组蛋白H3的两种修饰（赖氨酸9的三甲基化[H3me3K9]和赖氨酸27的三甲基化[H3me3K27]）以及三种不同的人体原代成纤维细胞解剖来源进行了基因组染色质免疫沉淀（ChIP）芯片比较。我们发现，在每种细胞类型中，这两种修饰在两大类转录因子的启动子处差异富集。具体来说，锌指（ZNF）基因与H3me3K9结合，同源异型盒基因与H3me3K27结合。我们之前已经证明，Polycomb抑制复合物2负责介导组蛋白H3的赖氨酸27在人类癌细胞中的三甲基化。相反，H3me3K9靶点和Polycomb抑制复合物2的成分之间几乎没有重叠，这表明不同的组蛋白甲基转移酶负责H3me3G9修饰。先前的研究表明，SETDB1可以通过体外或人工系链实验，在赖氨酸9上三甲基化H3。SETDB1被认为是通过含有KAP1辅阻遏物的复合物招募到染色质。为了确定含KAP1的复合物是否介导已确定的H3me3K9靶点的三甲基化，我们进行了ChIP-ChIP分析，并使用人类5-kb启动子阵列鉴定了KAP1靶基因。我们发现，在正常细胞和癌细胞中，大量ZNF转录因子基因同时与KAP1和H3me3K9结合。为了扩大我们对KAP1的研究，我们接下来使用38阵列拼接集对KAP1-结合进行了完整的基因组分析，确定了约7000个KAP1结合位点。已确定的KAP1目标高度丰富了C2H（H）2ZNF，尤其是那些包含Krüppel-associated box（KRAB）域的ZNF。有趣的是，尽管大多数KAP1结合位点位于核心启动子区域内，但ZNF基因附近的结合位点在目标基因的转录区域内显著富集。由于KAP1是通过与KRAB-ZNF蛋白的相互作用被招募到DNA中的，我们认为KRAB-Z NF基因的表达可能是通过涉及KAP1的自身调节机制来控制的。

作者摘要

组蛋白H3（分别为H3me3K9或H3me3G27）的赖氨酸9或27的甲基化与沉默的染色质有关。然而，尚未对这两种修饰组蛋白H3结合的基因组区域进行全面比较。因此，我们比较了H3me3K9和H3me3K27在四个不同细胞群体中约26000个人类启动子处的结合模式。我们的研究表明，这两个标记与两种最常见的转录调控因子有差异地分离；H3me3K27高度富集同源异型盒基因，H3me3G9高度富集锌指基因（ZNFs）。我们发现许多被H3me3K9结合的启动子也被辅阻遏物KAP1结合。KAP1靶基因的全基因组筛查显示，ZNF基因中KAP1结合位点的位置与其他靶基因不同。一般来说，KAP1结合位点定位于核心启动子区域。然而，与ZNF基因相关的KAP1结合位点位于编码区的3′端附近。我们的结果表明，KRAB-ZNF家族成员参与了一个涉及KAP1蛋白与ZNF靶基因3′端结合的自我调节环，导致H3K9的三甲基化和转录抑制。

介绍

核心组蛋白的某些修饰与活性或非活性基因表达有关。例如，组蛋白H3在赖氨酸9和14上的乙酰化与该特定细胞类型中正在转录的染色质区域有关[1–4]. 虽然组蛋白H3甲基化可能与活性染色质有关（例如，赖氨酸4、36和79的甲基化），但赖氨酸9或27（分别为H3me3K9或H3me3G27）的甲基化通常出现在沉默染色质区域[5–11]. 组蛋白乙酰化是一种动态标记，受组蛋白乙酰转移酶和脱乙酰化酶的抵消作用控制，提供了一种快速改变特定基因转录的方法，以响应环境信号或细胞周期中位置的变化[12]. 相比之下，组蛋白甲基化通常被认为是一个更稳定的标记，这表明这种修饰可能更有助于实现长期基因抑制，例如分化组织中组织特异性基因的永久抑制。然而，最近的研究表明，Jumonji蛋白家族的成员可以去甲基化赖氨酸9[13–16]. 一般来说，这些研究检测了Jumonji蛋白对H3me3K9全局水平的影响（例如，使用蛋白质印迹和/或荧光显微镜）或对重复元件的H3me3K9的影响[15]而不是与单个基因结合的H3me3K9。因此，Jumonji蛋白在基因调控中的作用尚不清楚。到目前为止，还没有针对H3me3K27的组蛋白去甲基化酶的报道。

染色质免疫沉淀（ChIP）技术已用于证明H3me3K9或H3me3G27在特定人类基因座上的存在[17–20]. H3me3K27结合的启动子区域在正常细胞和癌细胞中都已被发现[8,21,22]. 一般来说，启动子与H3me3K27结合的基因表达水平很低。相反，很少有研究显示H3me3K9定位于启动子区域。相反，H3me3K9在重复元素中被发现[6]这导致了一种假设，即它与抑制有关。然而，一项研究确实表明，组蛋白H3甲基化K9的一种未指定形式与RB1介导的哺乳动物启动子抑制有关[23]和其他研究表明，H3me3K9的结合与启动子区域的转录抑制有关，该启动子区域是在人工栓系一种可招募组蛋白甲基转移酶的因子后形成的[24,25]. 也许内源性基因转录抑制与H3me3K9存在关联的最佳例子来自于分化过程中POU5F1启动子的分析[20]在击倒Jumonji家族成员后，获得ASCL2[13]. 相反，其他人发现H3me3K9与RNA聚合酶II复合物结合的启动子相关[8]或带有活性转录基因[17,19,26]. 例如，一项研究发现高转录γ-珠蛋白基因座上高水平的H3me3K9[26]第二项研究发现H3me3K9定位于几个活性基因的编码区[17]. 显然，需要对人类细胞中的H3me3K9和H3me3G27结合位点进行全面比较，以深入了解这两种修饰在基因表达中的相对作用。

我们现在比较了四种不同细胞群中约26000个人类启动子的H3me3K9和H3me3G27的结合模式，确定了数千个启动子与每种修饰组蛋白结合。我们的研究表明，这两种标记与两种最常见的转录调控因子存在差异。我们还表明，许多被H3me3K9结合的启动子也被辅阻遏物KAP1（也称为TIF1B或TRIM28）结合。最后，我们对Ntera2细胞中的KAP1靶基因进行了全基因组筛选和表征。我们的结果表明，Krüppel-associated box（KRAB）-锌指（ZNF）转录因子参与了一个涉及KAP1蛋白和组蛋白H3在赖氨酸9上三甲基化的自我调节环。

结果

H3me3K9和H3me3K27修饰用于沉默不同的转录因子基因集

我们使用具有高密度寡核苷酸阵列的ChIP-ChIP分析来分析26000个人类启动子的5kb中H3me3K9和H3me3G27的结合模式（参见表S1获取本研究中使用的所有数组的列表）。我们首先使用了一种仅当组蛋白H3在赖氨酸9上三甲基化时才能特异识别组蛋白H4的抗体，以及一种仅在其在赖氨酸27上三甲基化时才识别组蛋白H1的抗体。我们使用Ntera2细胞进行了ChIP-ChIP分析，并使用Maxfour程序获得了排名表，该程序根据四个具有最高富集值的连续探针（代表每个启动子的50个探针）的平均强度对每个启动子区域进行排名（Bieda等人，手稿编制中）。我们发现，与H3me3K9和H3me3G27结合的靶基因组基本上是互斥的(图1A） ●●●●。为了确定哪些特定类型的靶基因被不同组蛋白修饰选择性沉默，我们使用DAVID程序比较了2000个最大H3me3K9靶点列表中的启动子和2000个最大的H3me3G27靶点列表上的启动子(http://david.abcc.ncifcrf.gov). 该程序允许基于基因本体描述对一组基因进行功能分类。除了将基因分类为不同的组外，该程序还提供了一个第页-值，该值表示根据基因组中属于该特定类别的基因的数量偶然识别该组基因的概率。我们发现，虽然H3me3K9和H3me3G27结合的启动子组不同，但这两种组蛋白修饰都在参与转录的基因的启动子处特异性富集(表1; 另请参见表S2有关显著丰富的基因类别的更详细列表）。有趣的是，这两种组蛋白修饰针对的是两类截然不同的转录因子基因。与之前的研究类似[8,21,27]，这组发育相关同源盒转录因子是H3me3K27结合的转录因子基因中含量最高的一类(图1B） ●●●●。相反，同源异型盒基因不与H3me3K9结合。相反，H3me3K9与ZNF转录因子特异结合。同源盒基因簇中H3me3K27和ZNF基因簇中的H3me3G9的富集示例见图2为了确定是否普遍观察到H3me3K27和H3me3K9与不同转录家族启动子的选择性结合，我们利用正常胎儿肺成纤维细胞、成人足成纤维细胞和新生儿包皮成纤维细胞的原代培养物，使用H3me3G9和H3meK27抗体进行了ChIP-ChIP实验。如所示图1对26000个启动子的分析表明，在所有四个细胞系中，ZNF基因富集于H3me3K9靶点，而同源异型盒基因富集于H3me3K27靶点（另见表S2有关成纤维细胞研究中显著丰富的基因类别的列表）。

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H3me3K9和H3me3K27靶向不同类别的转录因子

（A） 来自5-kb启动子数组集合的Maxfour值（参见材料和方法)绘制了H3me3K27（x轴）和H3me3G9（y轴）的Ntera2 ChIP-ChIP数据。

（B） 使用DAVID程序在Ntera2细胞（黑条）、足成纤维细胞（白条）、肺成纤维细胞和包皮成纤维细胞中确定了与H3me3K9或H3me3G27结合的前2000个基因的功能类别。H3me3K9和H3me3K27的“转录”类别显著丰富（参见表1和表S2).第页-显示了锌指和同源异型盒这两类主要转录因子的富集意义值。

表1

四种不同细胞类型中H3me3K9和H3me3G27主要靶向转录因子

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H3me3K9与ZNF基因簇结合，H3me3G27与同源框基因簇结合

在ZNF基因簇（19号染色体1.6 Mb，顶面）和HoxC簇（12号染色体0.15 Mb，底面）比较Ntera2细胞中H3me3K9和H3me3G27（来自5-kb启动子阵列ChIP-ChIP数据）的结合模式。

KAP1与H3me3K9共代表性配体

我们之前已经报道过多梳抑制复合物2的成分与H3me3K27在F9细胞和小鼠胚胎干细胞中共定位[8]. 然而，由于H3me3K9和H3me3K27与不同的基因集相结合，很可能是不同的阻遏复合体导致了H3me3G9的修饰。几种不同的蛋白质可以在赖氨酸9上甲基化组蛋白H3[28,29]. 此类蛋白质的一个特征是存在一个130-aa-Su（var）、zeste增强子、三胸（SET）结构域。人类基因组中编码的许多蛋白质包含SET结构域，其中一些（例如G9a、SUV39H1/2、EHMT1和SETDB1）最近被描述为功能性组蛋白甲基转移酶。不同组蛋白甲基化酶发挥的不同生物学作用尚不清楚。然而，SUV39H1/2被认为与着丝粒周围异染色质的甲基化有关，而G9a可能参与常染色质区域的甲基化[28,30]. 组蛋白甲基转移酶均不含DNA结合基序，因此必须通过与其他蛋白质的相互作用进入染色质。有人提出，介导H3me3K9甲基化的复合物可以通过E2F家族成员招募到启动子。例如，RB1可能会将SUV39H1招募到促销员中[31]EHMT1可能被E2F6招募到发起人[32]. 最近的一项研究表明，EHMT2可以通过与名为NR0B2的孤儿核受体相互作用而被招募到DNA中[33]. SETDB1，另一种具有SET同源结构域的蛋白质[34]，可能与SUV39H1/2双敲除小鼠中维持的H3K9甲基化有关[35]. 人们认为SETDB1以一种称为KAP1的辅压因子的复合物的形式被带到DNA中[34,36]. 例如，人工将KAP1连接到染色质上可能导致基因沉默、赖氨酸9甲基化和SETDB1招募[24]. 这表明KAP1可能在H3的赖氨酸9甲基化过程中发挥作用。然而，由于KAP1靶基因尚未被鉴定，大多数对KAP1的研究都使用了人工基因组系链（如Gal4KAp1融合蛋白）。因此，为了解决KAP1可能与H3me3K9标记共定位的可能性，我们首先需要确定KAP1靶基因。

我们首先选择了两种不同的KAP1抗体，一种是兔多克隆抗体，另一种是小鼠单克隆抗体。我们推断，如果使用两种不同的抗体识别相同的位点，那么我们有信心KAP1-ChIP实验能够识别真正的结合位点。由于我们不知道KAP1是否倾向于与启动子区域或远离核心启动子的区域结合，我们首先将KAP1 ChIP样本的扩增子应用于ENCODE阵列（约占人类基因组的1%，包括约400个基因；参见http://www.genome.gov/10005107). 我们确定了Tamalpais Peaks项目中最严格的两个地点[37]使用单克隆和多克隆KAP1抗体与KAP1结合(图3). 峰值识别要求一行中至少有六个低聚物探针（跨度238 bp）在阵列上所有探针的前2%中具有富集值（提供一个第页-的值第页< 0.0001). 两个确定的KAP1结合位点位于ENCODE区域ENm005中IFNAR2的转录区和ENCODE区ENr132中ATP11A的转录区。为了确认ChIP-ChIP结果，我们制备了一组新的KAP1扩增子和H3me3K9扩增子，并使用两个KAP1结合位点的特异性引物进行PCR分析。如中所示图3B、 我们不仅确认了KAP1与这些位点的结合，而且还证明了相同的位点被H3me3K9结合。

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利用ENCODE拼接阵列识别KAP1结合位点

（A） 使用针对不同KAP1表位的两种抗体（兔多克隆，r-KAP1和鼠单克隆，m-KAP1）在Ntera2细胞中进行ChIP-ChIP分析。使用Tamalpais峰呼程序确定了两个KAP1结合位点（一个位于Enm005顶面板，另一个位于Enr132底面板）[37].

（B） 使用第三个生物复制的扩增子，使用兔KAP1抗体，对ENm005和ENr132区域中两个确定的KAP1结合位点进行PCR分析。与总染色质DNA相比，KAP1和H3me3K9富集。IgG扩增子作为阴性对照进行分析。

我们确信我们的KAP1 ChIP-ChIP分析能够识别真正的KAP1-结合位点，接下来我们使用两组独立的Ntera2细胞和KAP1、SUZ12、H3me3K9和H3me3G27抗体进行了重复的ChIP实验，制备了扩增子，并使用一组约26000个人类启动子进行了ChIP-chinp实验。如上所述，通过Maxfour高峰通话计划确定目标启动人。通过选择在每种抗体的两个独立实验中结合的排名最高的2000个启动子，生成了高置信度靶基因的列表。然后，我们确定H3me3K9和H3me3G27共占据了多少SUZ12或KAP1靶点。这导致了一组保守但高置信度的共占目标，因为每个目标都必须在四个阵列中的四个阵列内进行识别。为了支持H3me3K9的修饰必须由Polycomb抑制复合物2以外的复合物完成的假设，我们发现SUZ12靶点和H3me3G9靶点之间没有明显重叠(图4A） ●●●●。然而，正如预期的那样，我们发现许多启动子都与SUZ12和H3me3K27结合。

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KAP1和H3me3K9与Ntera2细胞中的一组常见启动子结合

图表显示了（A）SUZ12目标启动子和（B）KAP1目标启动子也与H3me3K9或H3me3G27结合的百分比。对于每个因子，使用来自两个生物复制ChIP-ChIP分析的前2000个目标启动子（5-kb阵列集）。这导致H3me3K9或H3me3K27共占的基因集具有高置信度，因为目标基因必须存在于所分析的所有四个阵列中。

接下来，我们将前2000个KAP1目标与前2000个H3me3K9或前2000个H13Me3K27目标进行了比较。我们发现四分之一的KAP1靶点也携带组蛋白修饰H3me3K9，但只有11%的KAP1-靶点与H3me3G27结合(图4B） ●●●●。为了确定由KAP1和H3me3K9结合的启动子是否代表一类不同的基因，我们再次使用了DAVID分析程序。有趣的是，Ntera2细胞中KAP1和H3me3K9结合的启动子高度富集了ZNF转录因子基因(对-值5E−27）。同样，在足部成纤维细胞原代培养物中使用KAP1和H3me3K9抗体进行的ChIP-ChIP实验也表明，KAP1与H3me3G9所占据的靶基因高度富集ZNF转录因子(对-值2E−32）。

KAP1和H3me3K9之间的显著重叠表明，KAP1可能确实在介导H3的赖氨酸9甲基化的复合物中发挥协同抑制剂的作用。为了验证这一假设，我们检测了不同类别的KAP1和H3me3K9靶基因的表达水平。为此，我们使用NimbleGen表达阵列分析Ntera2细胞中KAP1靶基因的RNA水平，使用从两种不同Ntera1细胞培养物中分离的RNA探测的表达阵列获得的平均数据。为了进行比较，我们还分析了NimbleGen阵列上所有前20%RNA的表达水平。在前2000个KAP1和前2000个H3me3K9靶基因中，NimbleGen表达阵列上分别显示了1952和1842个。如图所示图5通常，启动子与KAP1和/或H3me3K9结合的基因表达水平较低。由KAP1和H3me3K9结合的靶点的抑制在ZNF靶基因或KRAB-ZNF目标基因的亚类中特别明显。

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KAP1结合的KRAB-ZNF基因在低水平表达

方框图显示了最高表达RNA（阵列上所有RNA的前20%）和不同目标基因类别的第25、50和75个四分位表达水平：所有KAP1靶基因、所有H3me3K9靶基因、KAP1和H3me3G9共占基因、KAP2和H3me3K9共占ZNF基因，和由KAP1和H3me3K9共占的KRAB-ZNF基因。晶须显示2.5%和97.5%。对于这些分析，使用了两个独立实验的平均RNA表达值。

基于全基因组尺度的KAP1靶点识别

以往对人类转录因子的研究表明，尽管一些转录复合物通常结合在核心启动子区域附近[37]，许多转录复合物结合在整个基因组中，可能有20%-30%的检测到的位点靠近核心启动子[38,39]. 特别是，我们注意到，使用ENCODE阵列确定的两个KAP1结合位点位于转录区内，而不是位于核心启动子。因此，启动子阵列可能无法确定受KAP1调控的基因的完整列表。因此，我们使用来自Ntera2细胞的KAP1 ChIP样本和一组38个阵列进行了全基因组ChIP芯片实验，这些阵列由间隔约100nt的50个组成，代表了人类基因组的整个非复制部分（见表S3每个阵列上的基因组坐标）。我们使用了Tamalpais高峰通话程序([37]; 另请参见http://chipanalysis.genomecenter.ucdavis.edu/cgi-bin/tamalpais.cgi)并确定了代表连续至少四个探针的区域的站点，这些区域位于阵列上所有探针的前2%。根据这些标准，我们确定了人类基因组中约7000个KAP1结合位点（参见表S4). 使用启动子阵列和基因组拼接阵列对每条染色体上识别的结合位点数量进行了比较，如所示表2.

表2

Ntera2细胞染色体列出的KAP1靶点

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KAP1结合位点的染色体位置检查表明，一般来说，较大的染色体比较小的染色体含有更多的KAP1靶点。然而，在一些情况下，KAP1靶点的大簇导致特定染色体上靶点的数量高于预期。例如，使用全基因组阵列，7号和19号染色体高度富集KAP1靶点(表2). 有趣的是，第19号染色体包含ZNF转录因子基因簇，大约800个人类ZNF基因中的266个主要位于11个大家族簇内[40]. 19号染色体上KAP1靶标的聚集结合模式可以在图6A.为了确定使用全基因组阵列识别的KAP1靶点是否与使用启动子阵列识别的靶点相似，我们使用DAVID程序分析了约7000个KAP1结合位点。正如预期的那样，从19号和7号染色体上的大量KAP1结合位点来看，基因本体分析表明，全基因组范围内的大量KAP2靶点是ZNF转录因子(图7). 因此，启动子阵列和全基因组阵列都将ZNF基因鉴定为KAP1靶标。19号染色体和7号染色体上靶点的高数量并不是因为在整个区域大规模扩散，正如我们之前对SUZ12和H3me3K27所显示的那样[8]. 虽然这些染色体上都有许多结合位点，但KAP1的平均结合位点仅为820 bp(表S4). 利用KAP1扩增子的新生物复制品进行PCR分析，证实KAP1和H3me3K9与ZNF基因结合(图6B） ●●●●。所分析的四个结合位点位于19号染色体上ZNF基因的转录区（ZNF554、ZNF426、ZNF333和ZNF433），两个结合位点在7号染色体上的远端区域（距离ZNF479和ZNF679基因的转录起始位点（TSS）>100kb）。

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利用全基因组拼接阵列鉴定Ntera2细胞KAP1靶点

（A） ●●●●。显示了包含ZNF基因簇的19号染色体（和一个200-kb亚区）上的KAP1结合模式。染色体位置（Mb）显示在x轴上。黑色条表示ZNF433的转录区，灰色条表示其他转录区（类ZNF转录物）。

（B） 使用KAP1扩增子的单独生物复制品对六个KAP1结合位点进行PCR分析。4个KAP1结合位点位于19号染色体上ZNF基因的转录区（ZNF554、ZNF426、ZNF333和ZNF433），2个KAP1-结合位点位于7号染色体（ZNF479和ZNF679）上ZNF-基因TSS的100kb以上。第8号染色体的基因间区域被用作KAP1结合缺失的对照。与总染色质DNA相比，KAP1和H3me3K9富集；IgG扩增子作为阴性对照进行分析。

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全基因组KAP1靶点的功能注释

在消除没有注释的基因和编码假想蛋白质的基因后，使用DAVID程序确定KAP1靶基因的功能类别。前十大类别第页-显示值。本体术语显示在y轴上；对-富集显著性的值沿x轴绘制。

在以完全公正的方式确定了大量KAP1目标之后，我们现在可以确定KAP1的首选绑定位置。KAP1结合位点到最近转录起始位点的距离是使用加州大学圣克鲁斯基因组浏览器中的已知基因确定的(http://genome.ucsc.edu). 虽然我们注意到24%的KAP1结合位点位于已知基因转录起始位点上游或下游50 kb以上，但在我们的位置分析中没有考虑这些位点；这些KAP1靶点中许多似乎离转录起始点非常远的靶点，事实上可能离as-y未发现基因或转录物的起始点很近。如所示图8A、 我们在已知基因上游或下游50kb范围内对两类KAP1靶基因、ZNF靶基因和非ZNF目标基因进行了定位分析。我们发现，对于大多数非ZNF靶基因，KAP1结合位点位于核心启动子区域（定义为转录起始位点上游或下游5kb）。其余结合位点均匀分布在起始位点上游或下游5kb到50kb之间的区域。相比之下，作为KAP1靶基因的ZNF基因子集的位置分析明显不同。令人惊讶的是，许多与ZNF基因相关的KAP1结合位点位于起始位点的下游(图8A） ●●●●。对位于ZNF基因起始位点下游的KAP1位点的更详细分析表明，74%位于转录区内。有趣的是，这些KAP1结合位点大多位于ZNF基因的3′端(图8B） ●●●●。

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全基因组KAP1靶点的定位分析

（A） 显示了加利福尼亚大学圣克鲁斯KnownGenes（HG17）KAP1结合位点和最近转录起始位点之间的距离分布。计算从KAP1结合位点的中心到转录起始位点的距离，并在TSS上游50kb和下游50kb之间以5kb的间隔进行装箱。每个区间内的KAP1结合位点以ZNF靶基因（灰色）和KAP1靶基因的百分比表示，不包括ZNF基因（黑色）。

（B） ZNF基因转录区内277个KAP1结合位点的分析。绘制KAP1结合位置相对于ZNF靶基因的长度（5′端为0%；3′端为100%）。

讨论

我们已经证明，两类最大的位点特异性DNA结合转录因子的基因受到不同组蛋白修饰的结合；组蛋白H3在赖氨酸27上的三甲基化在编码同源盒转录因子（人类转录因子的第二大家族）的基因中高度富集，组蛋白H4在赖氨酸9上的三甲化在编码ZNF转录因子的基因（人类转录因素的最大家族）中高度富集。Krüppel型ZNF域是人类基因组中最常见的DNA结合域[41]并且至少三分之一的ZNF基因包括KRAB结构域，该结构域被认为通过与辅升压因子KAP1的相互作用来招募组蛋白修饰蛋白[36,42,43]. KRAB-ZNF蛋白与KAP1相互作用的能力导致以前的KAP1介导的阻遏模型被ZNF蛋白质靶向基因组。体外生物化学和细胞人工系留实验表明，共抑制因子KAP1可能向启动子募集组蛋白甲基化酶，导致赖氨酸9甲基化。然而，由于尚未确定KAP1的已知目标，因此无法测试该模型。我们现在已经使用启动子和基因组拼接阵列鉴定了数千个KAP1结合位点，并表明许多KAP1的结合位点也富集于H3me3K9。

KRAB-ZNF基因家族表达的自动调节

出乎意料的是，我们发现KAP1介导的阻遏作用的主要靶点是ZNF基因本身。例如，在Ntera2细胞中，KAP1与基因组中所有KRAB-ZNF基因的60%（212/355）结合。这表明，KAP1通过与细胞中表达的少数KRAB-ZNF蛋白相互作用，向其转录区募集，从而抑制了许多KRAB-Z NF基因的转录(图9). 对Ntera2细胞中不同KRAB-ZNF蛋白表达水平的分析证实，大多数KRAB-ZNF基因，如KAP1靶基因ZNF426、ZNF333和ZNF554均未表达。然而，一些KRAB-ZNF基因在Ntera2细胞中不与KAP1结合，并且高度转录，这表明它们可能在KAP1向其他KRAB-Z NF靶基因的招募中发挥作用。因此，我们的研究支持一种自我调节模型，在该模型中，KAP1通过在特定细胞中表达的一小组ZNF蛋白向染色质募集而抑制数百个ZNF基因的表达。

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KRAB-ZNF的自动调节模型

所示的模型说明了通过KRAB-ZNF介导的KAP1募集到其他KRAB-ZNF基因的编码区对KRAB-ZNF家族的自动调节。ZNF426、ZNF333和ZNF533是KAP1靶点，在Ntera2细胞中不表达。

KAP1与大多数基因的核心启动子结合，但与ZNF基因的3′端结合

如上所述，我们已经表明，KAP1最丰富的靶基因是ZNF基因，其中许多编码KRAB-ZNF蛋白。有趣的是，我们发现ZNF基因中KAP1结合位点的位置与其他靶点存在差异。根据我们使用启动子阵列识别大量KAP1靶点，我们发现在全基因组拼接阵列上识别的数千个KAP1目标在启动子区域（定义为起始位点上游或下游5kb）显示定位。相反，与ZNF基因相关的KAP1结合位点主要位于转录基因区域内，靠近基因的3′端。这表明KAP1对ZNF基因的招募和/或KAP1在调节ZNF表达中的功能可能与其他KAP1靶点不同。其他200个作为KAP1靶点但不是ZNF的DNA结合转录因子显示了启动子定位的KAP1结合模式（未发表的数据）。因此，3′端定位KAP1结合模式是ZNF转录因子所特有的。

最近一项使用DamID而非ChIP的研究发现，37%的CBX1（HP1-BETA）靶点和48%的SUV39H1靶点对应于19号染色体上的KRAB-ZNF基因[44]. CBX1被认为能够识别甲基化赖氨酸9。此外，已经证明KAP1与CBX1相互作用[45]KAP1共升压活性需要这种相互作用[24]. 因此，我们发现KAP1加H3me3K9与KRAB-ZNF基因结合，这与之前的研究非常吻合，即CBX1加SUV39H1与这类基因结合。然而，Vogel等人[44]发现CBX1覆盖19号染色体的大区域，范围高达4MB，而KAP1的传播非常有限。KRAB-ZNF基因转录区内的KAP1结合可能保持定位，但甲基转移酶的募集导致H3me3K9标记的扩散。染色质结合模式的差异也可能是由于两个实验中使用的细胞类型的差异。我们使用Ntera2睾丸癌细胞进行基因组拼接阵列，而CBX1研究使用MCF7乳腺癌细胞。

未来研究

我们提出，KRAB-ZNF基因的一般抑制是通过与在特定细胞类型中高度表达的一个或多个KRAB-Z NF蛋白相互作用，将KAP1共表达子招募到其转录区域来实现的。很可能在KAP1募集的同时或之后，组蛋白甲基转移酶（如SUV39H1或SETDB1）与KAP1结合，导致组蛋白H3在赖氨酸9处发生三甲基化。为了支持这一假设，我们有初步证据表明，通过小干扰RNA的稳定表达降低人类293细胞中KAP1的水平会导致KAP1结合位点H3me3K9的水平降低(图S1). 由于我们能够识别不与H3meK9结合的KAP1结合启动子，我们认为组蛋白甲基转移酶的募集是KAP1与染色质结合之后的一个步骤。KAP1的强制表达导致染色质报告基因组蛋白H3的赖氨酸9随后发生三甲基化，这一发现也支持了这一假设[24]. 也有可能组蛋白去甲基化酶与KAP1结合但不与H3me3K9结合的启动子相关[13,14]; 未来的研究将集中在模型的这一方面。此外，正在进行研究，以确定在不同类型的人类细胞中负责KRAB-ZNF家族3′端局部自我调节抑制的特定KRAB-Z NF。

材料和方法

细胞培养。

Ntera2和HEK293细胞在添加10%FBS、2mM谷氨酰胺和1%青霉素/链霉素的Dulbecco改良鹰培养基中生长。如上所述生长稳定的KAP1敲除细胞系K928-cl10，添加10ug/ml嘌呤霉素[24]. 人类成纤维细胞培养物在添加10%胎牛血清和1%青霉素/链霉素的Dulbecco改良鹰培养基中培养，直至80%融合。然后在G中同步化成纤维细胞0添加仅含0.1%胎牛血清的培养基48小时[46]. 所有细胞均在37°C的加湿5%CO中培养2孵化器。

ChIP分析和扩增子制备。

ChIP分析（1×107细胞/测定）按照在http://genomics.ucdavis.edu/farnham和http://genomecenter.ucdavis.edu/expression_analysis网站本研究中使用的主要抗体如下：兔多克隆KAP1-IgG（ab10483；Abcam，http://www.abcam.com)、小鼠单克隆KAP1-IgG（ab22553；Abcam）、两种不同的兔多克隆H3me3K9 IgG（ab1186和ab1186；Abcam）、兔多克隆H1Me3K27 IgG，http://www.upstate.com)和兔多克隆SUZ12 IgG（ab12201；Abcam）。第二代兔抗鼠IgG购自MP Biomedicals（55436；http://www.mpbio.com网站). ChIP试验中用作阴性对照的非特异性兔IgG购自Alpha Diagnostic International（20009-5；网址：http://www.4adi.com). 为了在扩增子产生之前对ChIP样品进行PCR分析，QIAquick-purified（Qiagen，网址：http://www1.qiagen.com)将免疫沉淀物溶于50μl水中。使用2μl免疫沉淀DNA进行标准PCR反应。PCR产物通过1.5%琼脂糖凝胶电泳分离，并使用溴化乙锭进行可视化。通过使用Sigma GenomePlex WGA试剂盒调整全基因组扩增的标准方案来制备扩增子(网址：http://www.sigmaaldrich.com)如O'Geen等人[47]. 简单地说，消除了最初的随机断裂步骤，并对整个ChIP样品或10 ng总染色质的DNA进行了扩增。这通常为一个阵列杂交提供足够的样本。然而，全基因组拼接阵列集（38个阵列）的扩增子是从10个混合的ChIP样品中制备的。WGA方法的详细协议见http://genomics.ucdavis.edu/farnham和http://genomecenter.ucdavis.edu/expression_analysis网站.

ChIP-ChIP分析。

扩增子被应用于ENCODE阵列、5-kb启动子阵列或由38个阵列组成的人类基因组平铺阵列集（参见http://www.nimblegen.com网站详细信息）。用于ChIP-ChIP分析的DNA样本的标记和杂交由NimbleGen Systems进行，但ENCODE阵列是在加利福尼亚大学戴维斯分校进行杂交的。简单地说，每个DNA样品（1μg）在5′-Cy3-或5′-Cy5-标记的随机非聚合物（TriLink Biotechnologies，http://www.trilinkbiotech.com)并与100个单位（exo-）Klenow片段（NEB，网址：http://www.neb.com)和dNTP混合物[6 mM，各置于TE缓冲液中（10 mM Tris/1 mM EDTA，pH 7.4；Invitrogen，http://www.invitrogen.com网站)]在37°C下持续2小时。通过添加0.5 M EDTA（pH 8.0）终止反应，用异丙醇沉淀，并在水中重新悬浮。然后，将13μg Cy5标记的ChIP样品和13μg的Cy3标记的总样品混合、干燥，并重新悬浮在40μl NimbleGen杂交缓冲液（NimbleGen系统）和1.5μg人类COT1 DNA中。变性后在MAUI杂交系统（BioMicro Systems，http://www.biomicro.com网站)在42°C下持续18小时。使用NimbleGen清洗缓冲系统（NimbleGen Systems）清洗阵列，通过离心干燥，并使用GenePix 4000B扫描仪（Axon Instruments，http://www.axon.com网站). 使用NIMBLESCAN 2.0提取软件（NimbleGen Systems）从寡核苷酸拼接阵列的扫描图像中获得荧光强度原始数据。对于阵列上的每个点，计算Cy5标记的测试样品与Cy3标记的参考样品的log2比值。然后，从每个点减去该log2比率的双权重平均值；该过程大致相当于每个信道的平均归一化。

数据分析。

在ENCODE阵列上由KAP1结合的位点使用最高严格程度（六个连续探针高于第98百分位阈值，第页<0.0001）之前描述的Tamalpais峰值呼叫算法[37]; 另请参见http://genomics.ucdavis.edu/farnham然而，对峰值调用算法进行了轻微调整，以识别全基因组平铺阵列上的KAP1位点（我们使用了四个连续的探针，高于第98百分位阈值，第页< 0.05). 由于ENCODE阵列（38 bp）和全基因组阵列（100 bp）之间的探针间距不同，因此进行了此调整。在全基因组平铺阵列上鉴定的KAP1结合位点的完整列表如下表S4。5-kb启动子阵列集由两个单独的阵列组成（启动子1和启动子2）。本研究使用了两种不同的设计，HG17和HG18；每个实验使用的精确设计如所示表S1HG17启动子序列集涵盖TSS上游4.2 kb和下游800 bp，而HG18启动子序列组涵盖TSS下游-3.5 kb和750 bp。使用Maxfour峰呼法（Bieda等人，正在准备中）确定了5-kb启动子阵列上受单个因子约束的区域。简单地说，根据每个启动子中四个连续探针的最高平均值分配值。然后分别根据启动子1和启动子2的Maxfour值对启动子进行排名。然后，通过将启动子阵列1中排名最高的1000个启动子和启动子阵列2中排名最靠前的1000个发起子组合在一起，创建了一个5-kb启动子阵列集的前2000个目标列表。KAP1结合位点的定位分析是使用knownGene数据库进行的，该数据库位于http://genome.ucsc.edu（HG17；组装2004年5月）。使用注释、可视化和集成发现数据库（DAVID）2.1程序执行功能注释(http://david.abcc.ncifcrf.gov)，如前所述[8].

RNA表达阵列。

总RNA由5×10制成6Ntera细胞按照制造商的说明使用RNEasy Kit（Qiagen）。使用安捷伦系统生物分析仪确保RNA质量(网址：http://www.agilent.com). 将RNA与来自NimbleGen的人类全基因组表达微阵列杂交，该微阵列包含基于加利福尼亚大学圣克鲁斯数据库中基因组构建HG18的每个人类基因探针（更多详细信息请访问http://www.nimblegen.com网站). 总RNA（10μg）用于使用SuperScript双链cDNA合成试剂盒（Invitrogen）合成cDNA。NimbleGen系统对RNA样本进行标记、阵列杂交和初步RNA表达分析（数据归一化）。

支持信息

图S1

KAP1敲除细胞中的ChIP分析：

（1.2 MB PDF格式）

表S1

ENCODE和Promoter数组列表：

（30 KB XLS）

表S2

H3me3K9和H3me3K27靶点的基因本体分析：

（12 KB XLS）

表S3

全基因组拼接阵列列表：

（22 KB XLS）

表S4

约7000个KAP1结合位点列表：

（916 KB XLS）

致谢

我们感谢Farnham实验室的成员进行了有益的讨论和数据分析，并感谢David Schultz提供了293个KAP1敲除细胞。

缩写

炸薯条染色质免疫沉淀
H3me3K9型组蛋白H3赖氨酸9的三甲基化
H3me3K27型组蛋白H3赖氨酸27的三甲基化
KRAB公司Krüppel关联框
SET（设置）Su（var），zeste增强剂，三胸
TSS公司转录起始位点
ZNF公司锌指

脚注

本文的前一版本于2007年4月19日作为早期在线发布（doi:10.1371/journal.pgen.0030089.或).

作者贡献。HOG、SLS和PJF构思并设计了实验。HOG、SLS、SI和JLR进行了实验。HOG、SLS、SI、KB和PJF分析了数据。JLR、HYC和RG提供了试剂/材料/分析工具。HOG和PJF撰写了这篇论文。

基金。这项工作得到了公共卫生服务拨款CA45250、HG003129和DK067889的部分支持。加州大学戴维斯分校干细胞内部咨询委员会也提供了资金。

相互竞争的利益。本研究中使用了NimbleGen系统微阵列。作者之一RG是该公司的一名员工。此外，PJF和RG是NIH拨款的联合PI，部分资助了这项工作。

工具书类

  • Bannister AJ、Schneider R、Myers FA、Thorne AW、Crane-Robinson C等。组蛋白H3的二甲基和三甲基赖氨酸36在活性基因上的空间分布。生物化学杂志。2005;280:17732–17736.[公共医学][谷歌学者]
  • Bernstein BE、Kamal M、Lindblad-Toh K、Bekiranov S、Bailey DK等。人类和小鼠组蛋白修饰的基因组图谱和比较分析。单元格。2005;120:169–181.[公共医学][谷歌学者]
  • Okada Y，Feng Q，Lin Y，Jiang Q，Li Y等。hDOT1L与组蛋白甲基化和白血病发生有关。单元格。2005;121:167–178.[公共医学][谷歌学者]
  • Jenuwein T，Allis CD。翻译组蛋白代码。科学。2001;293:1074–1080.[公共医学][谷歌学者]
  • Cao R，Wang L，Xia L，Erdjument-Bromage H，Tempst P，等。组蛋白H3赖氨酸27甲基化在多梳群沉默中的作用。科学。2002年；298：1039–1043。[公共医学][谷歌学者]
  • Rice JC、Briggs SD、Ueberheide B、Barber CM、Shabanowitz J等。组蛋白甲基转移酶引导不同程度的甲基化以定义不同的染色质域。分子细胞。2003;12:1591–1598.[公共医学][谷歌学者]
  • Schubeler D，MacAlpine DM，Scalzo D，Wirbelauer C，Kooperberg C等。通过对高等真核生物的全基因组染色质分析揭示了活性基因的组蛋白修饰模式。基因发育。2004;18:1263–1271. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Squazzo SL、Komashko VM、O'Geen H、Krig S、Jin VX等。Suz12以细胞类型特异性的方式沉默基因组的大区域。基因组研究。2006;16:890–900. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Peters AH、Kubicek S、Mechtler K、O'Sullivan RJ、Derijck AA等。哺乳动物染色质中抑制性组蛋白甲基化状态的分配和可塑性。分子细胞。2003;12:1577–1589.[公共医学][谷歌学者]
  • Martens JH、O'Sullivan RJ、Braunschweig U、Opravel S、Radolf M等。小鼠表观基因组中重复相关组蛋白赖氨酸甲基化状态的概况。EMBO J。2005;24:800–812. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Heintzman ND、Stuart RK、Hon G、Fu Y、Ching CW等。人类基因组中转录启动子和增强子的独特预测染色质特征。自然遗传学。2007;39:311–318.[公共医学][谷歌学者]
  • Clayton AL，Hazzalin CA，Mahadevan LC。增强组蛋白乙酰化和转录：动态视角。分子细胞。2006;23:289–296.[公共医学][谷歌学者]
  • Klose RJ、Yamane K、Bae Y、Zhang D、Erdjument-Bromage H等。转录抑制因子JHDM3A去甲基化三甲基组蛋白H3赖氨酸9和赖氨酸36。自然。2006;442:312–316.[公共医学][谷歌学者]
  • Cloos PA、Christensen J、Agger K、Maiolica A、Rappsilber J等。组蛋白H3上的假定癌基因GASC1去甲基化和二甲基化赖氨酸9。自然。2006;442:307–311.[公共医学][谷歌学者]
  • Fodor BD、Kubicek S、Yonezawa M、O'Sullivan RJ、Sengupta R等。Jmjd2b拮抗哺乳动物细胞中心周围异染色质的H3K9三甲基化。基因发育。2006;20:1557–1562. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Whetstine JR、Nottke A、Lan F、Huarte M、Smolikov S等。组蛋白脱甲基酶JMJD2家族对组蛋白赖氨酸三甲基化的逆转。单元格。2006;125:467–481.[公共医学][谷歌学者]
  • Brinkman AB、Roelofsen T、Pennings SW、Martens JH、Jenuwein T等。与人类X染色体相关的组蛋白修饰模式。EMBO代表。2006;7:628–634. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Bernstein BE、Mikkelsen TS、Xie X、Kamal M、Huebert DJ等。双价染色质结构标志着胚胎干细胞中的关键发育基因。单元格。2006;125:315–326.[公共医学][谷歌学者]
  • Vakoc CR，Sachdeva MM，Wang H，Blobel GA。转录哺乳动物染色质组蛋白赖氨酸甲基化的概况。分子细胞生物学。2006;26:9185–9195. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Feldman N，Gerson A，Fang J，Li E，Zhang Y，等。G9a介导的10月3/4日早期胚胎发生过程中的不可逆表观遗传失活。自然细胞生物学。2006;8:188–194.[公共医学][谷歌学者]
  • Lee TI、Jenner RG、Boyer LA、Guenther MG、Levine SS等。Polycomb对人类胚胎干细胞发育调节因子的控制。单元格。2006;125:301–313. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Roh TY，Cuddapah S，Cui K，Zhao K。人类T细胞组蛋白修饰的基因组景观。美国国家科学院院刊。2006;103:15782–15787. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Nielsen SJ、Schneider R、Bauer UM、Bannister AJ、Mrrison A等。Rb将组蛋白H3甲基化和HP1靶向启动子。自然。2001;412:561–565.[公共医学][谷歌学者]
  • Sripathy SP、Stevens J、Schultz DC。KAP1共表达子的功能是协调KRAB锌指蛋白介导的转录抑制所需异染色质的从头HP1标定微环境的组装。分子细胞生物学。2006;26:8623–8638. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Ayyanathan K、Lechner MS、Bell P、Maul GG、Schultz DC等。常染色体基因对HP1的调节补充诱导有丝分裂遗传的表观遗传基因沉默：基因多样性的哺乳动物细胞培养模型。基因发育。2003;17:1855–1869. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Kim A，Kiefer CM，Dean A.转录编码和非编码人类β-珠蛋白序列中组蛋白甲基化的独特特征。分子细胞生物学。2006;27:1271–1279. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Bracken AP、Dietrich N、Pasini D、Hansen KH、Helin K。Polycomb靶基因的全基因组定位揭示了它们在细胞命运转变中的作用。基因发育。2006;20:1123–1136. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Lachner M，Jenuwein T.组蛋白赖氨酸甲基化的许多方面。当前操作细胞生物学。2002年；14:286–298.[公共医学][谷歌学者]
  • Sims IIIRJ，Nishioka K，Reinberg D.组蛋白赖氨酸甲基化：染色质功能的特征。趋势Genet。2003;19:629–639.[公共医学][谷歌学者]
  • Tachibana M、Sugimoto K、Nozaki M、Ueda J、Ohta T等。G9a组蛋白甲基转移酶在常染色组蛋白H3赖氨酸甲基化中起主导作用，对早期胚胎发生至关重要。基因发育。2002年；16:1779–1791. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Vandel L、Nicolas E、Vaute O、Ferreira R、Ait-si-ali S等。视网膜母细胞瘤蛋白通过组蛋白甲基转移酶的募集而产生的转录抑制。分子细胞生物学。2001;21:6484–6494. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Ogawa H、Ishiguro K、Gaubatz S、Livingston DM、Nakatani Y。G0细胞中含有E2F-和Myc反应基因的染色质修饰体复合体。科学。2002年；296:1132–1136.[公共医学][谷歌学者]
  • Fang S，Miao J，Xiang L，Ponugoti B，Treuter E，等。组蛋白甲基转移酶G9a和其他染色质修饰酶在SHP介导的肝胆汁酸代谢调节中的协同招募。分子细胞生物学。2007;27:1407–1424. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Schultz DC、Ayyanathan K、Negorev D、Maul GG、Rauscher FJ、3rd SETDB1：一种新的KAP-1相关组蛋白H3、赖氨酸9特异性甲基转移酶，有助于通过KRAB锌指蛋白通过HP1介导的常染色基因沉默。基因发育。2002年；16:919–932. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Peters AH、O’Carroll D、Scherthan H、Mechtler K、Sauer S等。Suv39h组蛋白甲基转移酶的缺失会损害哺乳动物的异染色质和基因组稳定性。单元格。2001;107:323–337.[公共医学][谷歌学者]
  • 含锌指阻遏蛋白的Urrutia R.KRAB。基因组生物学。2003;4:231. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Bieda M、Xu X、Singer M、Green R、Farnham PJ。E2F1结合位点的无偏定位分析表明E2F1在人类基因组中具有广泛的作用。基因组研究。2006;16:595–605. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Cawley S、Bekiranov S、Ng HH、Kapranov P、Sekinger EA等。人类21号和22号染色体上转录因子结合位点的无偏定位表明非编码RNA的广泛调控。单元格。2004;116:499–509.[公共医学][谷歌学者]
  • Carroll JS，Liu XS，Brodsky AS，Li W，Meyer CA，等。雌激素受体结合的染色体全方位定位揭示了需要叉头蛋白FoxA1的长程调控。单元格。2005;122:33–43.[公共医学][谷歌学者]
  • Grimwood J、Gordon LA、Olsen A、Terry A、Schmutz J等。人类19号染色体的DNA序列和生物学。自然。2004;428：529–535。[公共医学][谷歌学者]
  • Tupler R，Perini G，Green MR.表达人类基因组。自然。2001;409:832–833.[公共医学][谷歌学者]
  • Abrink M、Ortiz JA、Mark C、Sanchez C、Looman C等。不同Kruppel-associated盒结构域与转录中介因子1β之间的保守相互作用。美国国家科学院院刊。2001;98:1422–1426. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Friedman JR、Fredericks WJ、Jensen DE、Speicher DW、Huang X-P等。KAP-1，一种用于高度保守的KRAB阻遏结构域的新型共抑制剂。基因发育。1996;10:2067–2078.[公共医学][谷歌学者]
  • Vogel MJ、Guelen L、de Wit E、Peric-Hupkes D、Loden M等。人类异染色质蛋白质形成包含KRAB-ZNF基因的大结构域。基因组研究。2006;16:1493–1504. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Ryan RF、Schultz DC、Ayyanathan K、Singh PB、Friedman JR等。KAP-1辅加压蛋白与异染色质和常染色质HP1蛋白相互作用和共定位：Kruppel相关的盒锌指蛋白在异染色素介导的基因沉默中的潜在作用。分子细胞生物学。1999;19:4366–4378. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • Rinn JL、Bondre C、Gladstone HB、Brown PO、Chang HY。成纤维细胞基因表达程序中位置变化的解剖学界定。公共科学图书馆-遗传学。2006;2：e119。数字对象标识：10.1371/journal.pgen.0020119.[PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
  • O'Geen H、Nicolet CM、Blahnik K、Green R、Farnham PJ。ChIP-ChIP分析样品制备方法的比较。生物技术。2006;41:577–580. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
文章来自PLOS遗传学由以下人员提供多环芳烃