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标识:8030911【UID】21981068[基因银行]23482308[参考序列]
拉布拉多集合中使用的DNA来自一只雄性拉布拉多猎犬。Novogene使用Pacific Biosciences(PacBio)Sequel仪器生成了DNA长读数。18个SMRT单元产生135个子读取(56.5倍估计原始覆盖率,N50...平均值=19332)。长阅读数据由英国爱丁堡大学罗斯林研究所处理。使用Falcon-unzip捕获1439个Contig中2.4 Gbp长的基因组(Contig N50为9Mbp)生成Contig水平组装。首先,通过使用Bionano Solve软件,利用诺丁汉大学Deep Seq分校Bionano-Saphyr仪器上产生的光学绘图数据,完成支架搭建。然后是基于邻近结扎法的支架。Hi-C库是使用鸽子尾巴的Hi-C库制备套件创建的。使用燕尾型HiRise管道对脚手架进行精炼。使用Racon的PacBio长读数据进行纠错,然后使用同一只狗生成的Illumina短读库用Pilon进行抛光。使用PBJelly和PacBio长读取数据集进行间隙填充。线粒体(MT)序列是使用Flye汇编程序从过滤的、MT特定的PacBio长读数据中组装而成的,并使用Pilon的Illumina短读数据进行了错误纠正。资金来源:The Dogs Trust(Jeffrey Schoenebeck、Emily Clark和Alan Archibald获资深研究员奖)、BBSRC ISP1(BBS/E/D/10002070)和BBSRC Responsive Mode(BB/S02008X/Alan Archabald)。长阅读DNA测序:香港新基因短读DNA测序:Novogene,香港;爱丁堡基因组学(英国爱丁堡大学)光学制图:Deep Seq,英国诺丁汉大学近距离结扎支架:燕尾基因组学,美国加利福尼亚州斯科茨谷,邮编:95066序列组装和数据集成-英国爱丁堡大学罗斯林研究所和皇家(迪克)兽医学院 更多
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