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UMICH_缩放3.1

生物体名称:
犬狼疮(犬)
具体名称:
品种:大丹犬
隔离:
佐伊
性别:
女性的
生物样品:
SAMN04851098号
生物项目:
PRJNA318403型
提交人:
密歇根大学
日期:
2019年5月30日
同义词:
坎法姆5
组件类型:
单倍体(二倍体的主要假单倍型)
装配级别:
染色体
基因组表示:
满的
从RefSeq中排除:
  • 被更新的物种集合所取代
GenBank组件加入:
GCA_005444595.1(最新)
RefSeq程序集加入:
GCF_005444595.1(抑制)
RefSeq组件和GenBank组件相同:
没有(隐藏详细信息)
  • 仅在GenBank中:染色体MT
  • 为GenBank版本显示的数据
WGS项目:
REHQ01型
装配方法:
FALCON v.1.7.7
预期最终版本:
参考导向组件:
GCA_ 000002285.2
基因组覆盖率:
50.0倍
测序技术:
PacBio RSII公司
链接的程序集:
GCA_005446665.1(二倍体交替假单倍体)

标识:3218611(UID)10748178[GenBank]20192208[参考序号]

请参见基因组有关的信息灰狼

这个有机体有27个组件

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历史(显示修订历史)

注释

这个集合代表了二倍体基因组犬瘟狼疮家族品种大丹犬分离株Zoey的主要假单倍体。替代的伪单倍型序列在WGS项目SWLD00000000中。

全球统计

序列总长度2,343,218,756
总未映射长度2,337,131,246
脚手架之间的间隙0
脚手架数量794
脚手架N5064,204,256
脚手架L5014
连续数1,793
康蒂格N504,722,218
连续L50140
染色体和质粒总数40
组件序列数(WGS或克隆)794

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全局程序集定义

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装配单元名称
主要组件
非核武器
装配单元:初级装配(GCA_005444745.1)
分子名称GenBank序列RefSeq序列未本地化
序列计数
染色体1CM016569.1号=NC_049261.1号0
染色体2CM016570.1号=NC_049262.1号0
3号染色体CM01657.11号机组=NC_049263.1号0
染色体4CM016572.1号=NC_049264.1号0
染色体5CM016573.1号=NC_049265.1号0
染色体6CM016574.1号=NC_049266.1号0
7号染色体CM016575.1号=NC_049267.1号0
第8号染色体CM016576.1号=新冠_049268.10
9号染色体CM016577.1号=NC_049269.1号0
第10号染色体CM016578.1号=NC_049270.1号0
11号染色体CM016579.1号=NC_049271.1号0
12号染色体厘米016580.1=NC_049272.1号0
13号染色体CM016581.1号=NC_049273.1号0
第14号染色体CM016582.1号=NC_049274.1号0
第15号染色体CM016583.1号=NC_049275.1号0
16号染色体CM016584.1号=NC_049276.1号0
17号染色体厘米016585.1=NC_049277.1号0
18号染色体CM016586.1号=NC_049278.1号0
第19号染色体CM016587.1号=NC_049279.1号0
20号染色体CM016588.1号=NC_049280.1号0
21号染色体CM016589.1号=NC_049281.1号0
22号染色体CM016590.1号=新冠_049282.10
23号染色体CM016591.1号=NC_049283.1号0
24号染色体CM016592.1号=NC_049284.1号0
25号染色体CM016593.1号=NC_049285.1号0
26号染色体CM016594.1号=NC_049286.1号0
第27号染色体CM016595.1号=NC_049287.1号0
第28号染色体CM016596.1号=NC_049288.1号0
29号染色体CM016597.1号=NC_049289.1号0
染色体30CM016598.1号=NC_049290.1号0
31号染色体CM016599.1号=NC_049291.1号0
32号染色体CM016600.1号=NC_049292.1号0
33号染色体CM016610.1号=NC_049293.1号0
34号染色体CM016602.1号=NC_049294.1号0
35号染色体厘米016603.1=NC_049295.1号0
36号染色体CM016604.1号=NC_049296.1号0
37号染色体CM016605.1号=NC_049297.1号0
第38号染色体CM016606.1号=新冠0449298.10
X染色体CM016607.1号=NC_049299.1号0
未放置的不适用不适用不适用754

程序集统计

分子总计
长度
脚手架
计数
未绑定
长度
脚手架
N50
跨越(Spanned)
差距
未平移
差距
全部2,343,202,000793233711449064,204,2569990
染色体1122,894,1171122,657,462122,894,117480
染色体282,903,020182,674,69282,903,020350
染色体392,032,900191,883,4969203.29万300
染色体488,429,730188,211,66788,429,730360
染色体589,245,444189,086,63189,245,444290
染色体677,758,088177,473,62177,758,088340
7号染色体80745686个180,694,00980,745,686160
第8号染色体74,192,687173,936,72774,192,687320
9号染色体60,772,386160,566,81560,772,386390
第10号染色体70,059,352169,926,76270,059,352300
11号染色体74,036,318173,923,17574,036,318370
12号染色体72,762,459172,622,70572,762,459270
13号染色体63,682,632163,441,16563,682,632220
第14号染色体61,098,03416100842261,098,034270
第15号染色体64,289,916164,175,25464,289,916300
16号染色体59,281,881159,114,23059,281,881390
17号染色体64,204,256164,062,87064,204,256280
18号染色体55,934,595155,627,97655,934,595380
第19号染色体53,975,570153,804,32653,975,570310
20号染色体57,931,936157,894,87657,931,936110
21号染色体50,995,378150843553个50,995,378260
22号染色体61,534,057161,486,68961,534,057120
23号染色体52,790,355152,743,61352,790,355130
24号染色体47,687,389147,589,99547687389160
25号染色体51,695,226151,521,93351,695,226250
26号染色体38,422,312138,249,81938,422,312170
第27号染色体46166038个146,077,29846,166,038220
第28号染色体41,338,898141,316,42941,338,898100
29号染色体42,070,705141,926,43642,070,705210
染色体3040,358,978140,217,50640,358,978140
31号染色体39,389,883139,295,78839,389,883110
32号染色体39,041,421138,997,59839,041,421150
33号染色体31,430,699131,399,16131,430,699110
34号染色体42177406年142,113,94842,177,406210
35号染色体26,483,662126,447,40526,483,66280
36号染色体31,110,614131,103,39431110614年90
37号染色体30,840,041130,765,12030,840,04190
第38号染色体23,826,045123,765,58423,826,045130
X染色体122,739,5581121,644,708122,739,5581030
未放置的16,872,32875416,821,63237,18840
分子总计
长度
脚手架
计数
未绑定
长度
脚手架
N50
跨越(Spanned)
差距
未平移
差距
线粒体MT16,756116,75616,75600