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PDBsum条目1w9q
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DOI编号:
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生物化学
45:3674-3683(2006) |
PubMed编号:
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合成蛋白PDZ串联与靶蛋白的结合。
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J.Grembecka,
T.西尔皮基,
Y.Devedjiev,
U.Derewenda,
B.S.康,
J.H.布什韦勒,
Z.S.德雷温达。
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摘要 |
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PDZ结构域是已知基因组中最丰富的蛋白质模块之一。其主要功能是为膜相关蛋白提供支架通过与受体的胞浆C末端片段结合形成复合物,通道和其他完整的膜蛋白。这里,使用两个异核核磁共振和单晶X射线衍射,我们展示了不同肽序列,包括与syndecan、neurexin、,和肾上腺素B,可以同时结合到支架的两个PDZ域蛋白质合成素。PDZ2结构域以规范的方式结合这些肽,并且诱导配合机构允许调节一定范围的侧面链条处于P(0)和P(-)(2)位置。但是,绑定到PDZ1域要求目标肽具有非标准构象。这些数据帮助解释syntenin和其他可能含有PDZ的蛋白质优先结合二聚体和聚集靶点,并提供一种机制对先前报道的syntenin协同配体结合的解释两个PDZ域。
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公共医疗id
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参考
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K.考夫曼,
沈南,
L.Mizoue,
和
J.梅勒(2011).
PDZ域/肽相互作用的物理模型。
|
|
J摩尔模型,17,315-324. |
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|
H.J.Lee,
和
郑建杰(2010).
PDZ结构域及其结合伙伴:结构、特异性和修饰。
|
|
小区通信信号,8,8 |
|
|
|
|
|
O.Sakarya,
C.科纳科,
O.Egecioglu,
S.A.Solla,
T.H.奥克利,
和
K.S.科西克(2010).
PDZ域的演化扩展和专业化。
|
|
分子生物学进化,27,1058-1069. |
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|
S.Kalyoncu,
O.Keskin,
和
A.古尔苏伊(2010).
PDZ域的相互作用预测和分类。
|
|
BMC生物信息学,11,357 |
|
|
|
|
|
A.C.McClelland,
S.I.谢夫勒·柯林斯,
M.S.凯泽,
和
M.B.达尔瓦(2009).
Ephrin-B1和Ephrin-B2通过syntenin-1介导EphB依赖性突触前发育。
|
|
美国国家科学院程序,106,20487-20492. |
|
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|
B.苏尔卡,
洛塔·雅各布阁下,
R.特雷克斯,
F.Letourneur,
和
P.罗赛尔(2009).
syndecan-1 PDZ结合域的酪氨酸去磷酸化调节syntenin-1的募集。
|
|
生物化学杂志,284,10659-10671. |
|
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|
|
J.M.比克曼,
L.P.Verhagen,
N.Geijsen,
和
P.J.考弗(2009).
通过合成蛋白介导的IL-5受体输出调节骨髓生成。
|
|
血液,114,3917-3927. |
|
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|
|
W.Feng,
和
张先生(2009).
PDZ域相关超模块在突触后密度中的组织和动力学。
|
|
Nat Rev神经科学,10,87-99. |
|
|
|
|
|
C.N.池,
L.Elfström,
Y.Shi先生,
T.斯纳尔,
A.Engström,
和
P.杰姆思(2008).
重新评估单个蛋白质结构域内的稀疏能量网络。
|
|
美国国家科学院程序,105,4679-4684中。 |
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|
北神宫,
Y.Yonezawa,
H.中村,
和
J.希戈(2008).
通过多标准取样实现蛋白质-抑制剂的柔性对接:具有最低自由能和自由能屏障的天然复合物结构,将天然复合物与其他复合物区分开来。
|
|
蛋白质,70,41-53. |
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|
J.M.埃尔金斯,
E.帕帕格里戈里奥,
G.Berridge,
X.Yang先生,
C.菲利普斯,
C.吉列迪,
P.Savitsky,
和
D.A.道尔(2007).
通过自绑定C末端扩展获得PICK1和其他PDZ域的结构。
|
|
蛋白质科学,16,683-694. |
|
PDB代码:
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|
M.Paduch,
M.Biernat,
P.Stefanowicz,
Z.S.Derewenda,
Z.Szewczuk,
和
J.奥特莱斯基(2007).
双价肽作为PDZ结构域多聚靶点的模型。
|
|
化学生物化学,8,443-452. |
|
|
|
|
|
王先生,
F.D.格雷罗,
G.珀蒂亚,
和
V.M.内恩(2007).
南方牛蜱(小黄牛蜱)EST的全球比较分析。
|
|
BMC基因组学,8,368 |
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|
|
O.萨卡里亚,
K.A.Armstrong,
M.Adamska,
M.Adamski,
I.F.王,
B.潮汐,
B.M.德南,
T.H.奥克利,
和
K.S.科西克(2007).
动物王国起源的突触后支架。
|
|
公共科学图书馆,2,e506。 |
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|
张勇,
J.Dasgupta,
R.Z.马,
L.银行,
M.托马斯,
和
X.S.陈(2007).
与MAGUK蛋白结合的人乳头瘤病毒(HPV)E6多肽的结构:高风险HPV癌蛋白靶向肿瘤抑制因子的机制。
|
|
J维罗尔,81,3618-3626. |
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PDB代码:
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|
N.Latysheva,
G.穆拉托夫,
S.Rajesh,
M.帕吉特,
N.A.霍钦,
M.Overduin,
和
F.贝迪切夫斯基(2006).
Syntenin-1是富含四spanin的微域的一种新成分:Syntenin-1与CD63相互作用的机制和后果。
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分子细胞生物学,26,7707-7718. |
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首先显示最新的参考文献。引文数据部分来自CiteXlore公司和部分从自动收割过程中。请注意,这可能是由于并非所有期刊都包含在任何一种方法。然而,我们正在不断建立引文数据因此,随着时间的推移,将会有越来越多的参考文献。当参考描述PDB结构时,PDB代码是如右图所示。
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