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PDB总和蛋白质数据库中3D结构的图形数据库

PDB总和

PDBsum是一个图形数据库,提供了一个概览蛋白质中沉积的每个3D结构的内容概述数据库(PDB公司). 它显示了构成结构的分子(即蛋白质)链、DNA、配体和金属离子)和它们之间的相互作用。
*还包括AlphaFold公司全人类蛋白质的预测模型与实验确定的结构进行比较。       阅读更多。。。

 

PDB代码 (4个字符) 示例:“1千伏特"

 

* Alpha Fold模型 (仅限人类蛋白质) 看见分析
输入UniProt登录(或UniProt id),以查找给定蛋白质的Alpha Fold模型。例如P00734(THRB_HUMAN)。

文本搜索
扫描所有TITLE、HEADER、COMPND、SOURCE和AUTHOR记录在PDB中(例如通过名称找到给定的蛋白质)。

按顺序搜索
执行FASTA搜索与PDB中的所有序列以获取最接近的匹配列表。


搜索依据
UniProt标识:
(例如P03023、LACI_ECOLI等)
Pfam编号:
(例如PF07992)
信号群id:
(例如ENSG00000086205、ENST00000256999)

 

新冠肺炎结构

SARS-CoV-2病毒基因组有14个开放阅读框,编码至少29种蛋白质:四种结构蛋白,构成外壳及其特征性突起棘突,十六种或更多参与病毒复制的非结构蛋白,以及九种被认为能对抗宿主免疫反应的辅助蛋白。

许多蛋白质已经在结构上被确定并沉积在PDB。下面显示了三个示例。

有关完整列表,请访问新型冠状病毒肺炎蛋白质结构

6vxx型
尖峰蛋白。病毒表面的尖峰与特定的宿主细胞受体结合,引发细胞感染。这个该结构显示了一种尖峰糖蛋白的三聚体复合物(处于封闭状态)。
PDB条目6伏x
Pubmed参考32155444
第5轮81
主要蛋白酶负责切割主管道多聚蛋白转化为其独立的非结构蛋白,如图所示为结合抑制剂。
PDB条目第5轮81
6伏
核衣壳磷蛋白的RNA结合域。蛋白质N末端结构域的四聚体复合体,是逆转录和整合的促进剂。
PDB条目6伏

 

 

PDBsum的开发部分由威康信托

目录
PDBsum包含
206,449条目,包括
1,781被取代的
上次更新时间:2023年4月10日

内部版本

PDB汇总1
下载PDBsum1ro处理您自己的结构内部

相关数据库

EC->PDB
由E.C.编号层次结构组织的酶3D结构。

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