Quokka: a comprehensive tool for rapid and accurate prediction of kinase family-specific phosphorylation sites in the human proteome

doi:10.1093/bioinformatics/bty522

.2018年12月15日；34(24):4223-4231.

doi:10.1093/bioinformatics/bty522。

Quokka：快速准确预测人类蛋白质组中激酶家族特异性磷酸化位点的综合工具

附属公司

¹澳大利亚维多利亚州克莱顿莫纳什大学生物医学发现研究所和生物化学与分子生物学系。
²瑞士苏黎世ETH苏黎世分子系统生物学研究所生物系。
^三美国亚拉巴马州伯明翰阿拉巴马大学医学院遗传学系。
⁴日本京都京都大学化学研究所生物信息中心。
⁵澳大利亚维多利亚州墨尔本莫纳什大学ARC高级分子成像卓越中心。
⁶澳大利亚维多利亚州克莱顿蒙纳士大学生物医学发现研究所和微生物学系。
⁷澳大利亚维多利亚州克莱顿莫纳什大学莫纳什数据科学中心。
⁸戈登生命科学研究所，美国马萨诸塞州波士顿。

PMID： 29947803
预防性维修识别码：项目经理6289136
内政部： 10.1093/生物信息学/bty522

Quokka：快速准确预测人类蛋白质组中激酶家族特异性磷酸化位点的综合工具

李富一等。生物信息学. 2018.

.2018年12月15日；34(24):4223-4231.

doi:10.1093/bioinformatics/bty522。

附属公司

¹澳大利亚维多利亚州克莱顿莫纳什大学生物医学发现研究所和生物化学与分子生物学系。
²瑞士苏黎世ETH苏黎世分子系统生物学研究所生物系。
^三美国亚拉巴马州伯明翰阿拉巴马大学医学院遗传学系。
⁴日本京都京都大学化学研究所生物信息中心。
⁵澳大利亚维多利亚州墨尔本莫纳什大学ARC高级分子成像卓越中心。
⁶澳大利亚维多利亚州克莱顿蒙纳士大学生物医学发现研究所和微生物学系。
⁷澳大利亚维多利亚州克莱顿市莫纳什大学莫纳什数据科学中心。
⁸戈登生命科学研究所，美国马萨诸塞州波士顿。

PMID： 29947803
预防性维修识别码：项目经理6289136
内政部： 10.1093/生物信息/bty522

摘要

动机：激酶调节的磷酸化是真核细胞和原核细胞中普遍存在的一种翻译后修饰（PTM）。磷酸化在许多信号通路和生物过程中起着基础作用，例如蛋白质降解和蛋白质相互作用。实验研究表明，异常磷酸化引起的信号缺陷与多种人类疾病，尤其是癌症密切相关。有鉴于此，已经建立了许多旨在准确预测蛋白激酶家族特异性或激酶特异性磷酸化位点的计算方法，从而促进磷酸蛋白质组数据分析。

结果：在这项工作中，我们介绍了Quokka，一种新的生物信息学工具，它允许用户快速准确地识别人类激酶家族调控的磷酸化位点。Quokka是使用多种序列评分函数结合优化的逻辑回归算法开发的。我们根据充分准备的最新基准和独立测试数据集（来自Phospho）对Quokka进行了评估。ELM和UniProt数据库。独立测试表明，与最先进的磷酸化预测计算工具相比，Quokka提高了预测性能。总之，我们的工具为用户提供了高质量的预测人类磷酸化位点，用于假设生成和生物验证。

可用性和实施：Quokka Web服务器和数据集可在以下网站免费获得：http://quokka.erc.monash.edu/。

补充信息：补充数据可在生物信息学在线获取。

PubMed免责声明

数字

**图2。**
序列标志显示了本研究中研究的六个激酶家族激酶特异性磷酸化位点周围氨基酸残基类型的出现：(A类)AGC/PKA；(B类)AGC/PKC；(C类)CMGC/CDK；(D类)CMGC/CK2；(E类)CMGC/MAPK和(F类)TK/Src.公司。FG，前景数据集；BG，后台数据集

**图3。**
就AGC/PKA、AGC/PKC、CMGC/CDK、CMGC/CK2、CMGC/MAPK和TK/Src的AUC值而言，不同激酶特异性磷酸化位点预测因子之间的性能比较结果。包括并比较了以下磷酸化位点预测工具：夸卡（基于逻辑回归模型）、NetPhos 3.1、KinasePhos 2.0、PhoScan、GPS 2.0、Musite、PhosphoPICK、PhosphosPredict和GPS 3.0

**图4。**
6个激酶家族调控的预测磷酸化蛋白的GO项分布，包括(A类)AGC/PKA；(B类)AGC/PKC；(C类)CMGC/CDK；(D类)CMGC/CK2；(E类)CMGC/MAPK和(F类)TK/Src.公司。利用超几何分布对磷酸化蛋白的生物过程、分子功能和细胞成分等GO术语进行了富集分析

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[9] Chen J.等人（2007）使用氨基酸对抗原性量表预测线性B细胞表位。氨基酸，33423–428。-公共医学

[10] Chen J.等人（2007）使用氨基酸对抗原性量表预测线性B细胞表位。氨基酸，33423–428。-公共医学

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