iHyd-PseCp: Identify hydroxyproline and hydroxylysine in proteins by incorporating sequence-coupled effects into general PseAAC

doi:10.18632/oncotarget.10027

.2016年7月12日；7（28）：44310-44321。

doi:10.18632/noctarget.10027。

iHyd-PseCp：通过将序列偶联效应纳入一般PseAAC，识别蛋白质中的羟脯氨酸和羟赖氨酸

王仁秋^1 2, 孙碧倩¹, 宣晓^1 三, 徐兆春¹, 郭振秋^三 4 5

附属公司

¹景德镇陶瓷学院计算机系，景德镇，中国。
²密苏里大学计算机科学系和邦德生命科学中心，密苏里州哥伦比亚市，美国。
^三戈登生命科学研究所，美国马萨诸塞州波士顿。
⁴沙特阿拉伯吉达阿卜杜勒阿齐兹国王大学基因组医学研究卓越中心。
⁵中国电子科技大学生命科学与技术学院生物信息中心，四川成都。

PMID： 27322424
预防性维修识别码：项目经理51900098
内政部： 10.18632/目标10027

iHyd-PseCp：通过将序列偶联效应纳入一般PseAAC，识别蛋白质中的羟脯氨酸和羟赖氨酸

王仁秋等。 Oncotarget公司. 2016.

.2016年7月12日；7(28):44310-44321.

doi:10.18632/noctarget.10027。

作者

王仁秋^1 2, 孙碧倩¹, 宣晓^1 三, 赵春旭¹, 郭振秋^三 4 5

附属公司

¹景德镇陶瓷学院计算机系，景德镇，中国。
²密苏里大学计算机科学系和邦德生命科学中心，密苏里州哥伦比亚市，美国。
^三戈登生命科学研究所，美国马萨诸塞州波士顿。
⁴沙特阿拉伯吉达阿卜杜拉齐兹国王大学基因组医学研究卓越中心（CEGMR）。
⁵中国电子科技大学生命科学与技术学院生物信息中心，四川成都。

PMID： 27322424
预防性维修识别码：项目经理51900098
内政部： 10.18632/目标10027

摘要

蛋白质羟基化是一种翻译后修饰（PTM），其中Pro（P）或Lys（K）残基中的CH基团被转化为COH基团，或羟基（-OH）被转化为有机化合物。这种PTM与细胞信号活动密切相关，也与一些主要疾病有关，如胃癌和肺癌。因此，从基础研究和药物开发的角度来看，我们面临着一个具有挑战性的问题：对于一个含有许多P或K残基的无特征蛋白质序列，哪些可以羟基化，哪些不能？随着蛋白质序列在后基因组时代的爆炸性增长，这个问题变得更加紧迫。为了解决这一问题，我们开发了一个名为iHyd-PseCp的预测器，将序列耦合信息合并到通用伪氨基酸组成（PseAAC）中，并引入“随机森林”算法进行计算。严格的折刀试验表明，在相同的目的下，新的预测值显著优于现有的最先进的预测方法。为了方便大多数实验科学家，iHyd PseCp的用户友好web服务器已在http://www.jci-bioinfo.cn/iHyd-PseCp用户无需通过复杂的数学方程即可轻松获得所需的结果。

关键词：PTM；通用PseAAC；羟基赖氨酸；羟脯氨酸；序列耦合模型。

PubMed免责声明

利益冲突声明

作者声明没有利益冲突。

数字

**图1。显示iHyd-PseCp web服务器顶部页面的半屏幕截图http://www.jci-bioinfo.cn/iHyd-PseCp**

**图2。对于（A）HyP和（B）HyL情况，分别给出了显示iHyd-PseAAC[10]和iHyd-PseCp性能的ROC曲线直观图**
有关进一步解释，请参阅正文。

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