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.2007年5月1日;23(9):1073-9.
doi:10.1093/bioinformatics/btm076。 Epub 2007年3月1日。

COBALT:基于约束的多蛋白质序列比对工具

附属公司

COBALT:基于约束的多蛋白质序列比对工具

杰森·帕帕佐普洛斯等。 生物信息学. .

摘要

动机:与现有工具相比,同时对齐多个蛋白质序列、自动利用蛋白质结构域信息并在速度和准确性之间取得良好折衷的工具具有实际优势。

结果:我们描述了COBALT,一种基于约束的比对工具,它实现了蛋白质序列多重比对的一般框架。COBALT从数据库搜索、序列相似性和用户输入中找到一组成对约束,将这些成对约束组合在一起,然后将它们合并到渐进多重对齐中。我们表明,使用来自保守域数据库(CDD)和PROSITE蛋白运动数据库的约束可以提高COBALT的对齐质量。我们还表明,对于广泛的问题,COBALT具有与其他工具相当或超过的合理运行时性能和对齐精度。

可利用性:COBALT包含在NCBI C++工具包中。用于COBALT、CDD和PROSITE数据的Linux可执行文件位于:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/co公司

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