4K2A型

埃尔卡尼慢生根瘤菌USDA94卤代烷脱卤酶DbeA的晶体结构


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.20 Å
  • R值自由:2009年10月
  • R值工作:0.148 
  • 观察到的R值:0.151 

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文学类

具有两个卤素结合位点的新型卤代烷脱卤酶的结构和功能分析。

查洛普科娃,R。普鲁德尼科娃,T。雷扎科娃,P。普罗科普,Z。科德拉科娃,T。丹尼尔,L。J·布雷佐夫斯基。Ikeda-Ohtsubo,西部。Y.佐藤。M.库蒂。Y.长田。库塔·斯马塔诺娃,I。J.丹博斯基。

(2014)Acta Crystallogr D生物晶体仪70: 1884-1897

  • DOI(操作界面):https://doi.org/10.107/S1399004714009018
  • 相关结构的主要引文:
    4千卡2a

  • PubMed摘要:

    新的卤代烷脱卤酶DbeA的晶体结构表明,存在两个氯离子埋藏在蛋白质内部。第一个卤化物结合位点参与底物结合,并存在于所有结构特征的卤代烷脱卤酶中。第二个卤化物结合位点是DbeA所特有的。为了阐明第二个卤素结合位点在酶功能中的作用,构建并表征了一个缺乏该位点的两点突变。这些替换导致底物特异性类别的改变,并伴随着酶活性、稳定性的降低和底物抑制的消除。酶催化活性的变化归因于催化组氨酸碱度较低介导的速率限制水解步骤的减速。


  • 组织附属关系

    捷克共和国布尔诺市马萨里克大学实验生物学系和环境中有毒化合物研究中心Loschmidt实验室,邮编625 00。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
卤代烷脱卤酶300埃氏慢生根瘤菌突变: 0 
基因名称:数据库应用程序达纳
欧盟委员会:3.8.1.5
UniProt公司
寻找蛋白质E2RV62型 (巴尔干根瘤菌)
探索E2RV62型 
转到UniProtKB:E2RV62型
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团E2RV62型
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体2独特
身份证件链条名称/公式/InChI密钥二维示意图3D交互
ACT公司
ACT查询

下载理想坐标CCD文件
本人【授权B】,
L【授权C】,
M[认证C]
醋酸盐离子
C类2H(H)2
QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M公司

CL查询

下载理想坐标CCD文件
E[认证A]
F[认证A]
G[认证B]
H[认证B]
J【认证C】
E[认证A],
F[认证A],
G[认证B],
H[认证B],
J[认证C],
K[认证C],
N[认证D],
O[认证D]
氯离子

VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.20 Å
  • R值自由:0.209 
  • R值工作:0.148 
  • 观察到的R值:0.151 
  • 空间组:第2页12121
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=62.702α = 90
b=121.888β = 90
c=161.992γ = 90
软件包:
软件名称目的
HKL-3000数据收集
MOLREP公司阶段划分
REFMAC公司精炼
HKL-3000数据缩减
HKL-3000数据缩放

结构验证

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条目历史记录

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2014-06-25
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2014-07-09
    更改:数据库引用
  • 版本1.2:2014-09-24
    更改:数据库引用
  • 版本1.3:2024-02-28
    更改:数据收集、数据库引用、派生计算