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元分析
.1998年11月；17(8):729-38.
doi:10.1023/a:1020713915365。

关于蛋白质结构类预测的有趣争议

G P Zhou公司 1
附属公司
元分析

关于蛋白质结构类预测的有趣争议

周国平. 蛋白质化学杂志. 1998年11月.

摘要

Bahar等人最近的一份报告【（1997），蛋白质29，172-185】表明，K.C.Chou最初制定的不同氨基酸组分之间的耦合效应【（1995），蛋白质21，319-344】对于改进蛋白质结构类别的预测非常重要。这些作者进一步提出了一个紧凑的格子模型，以阐明组件耦合算法中包含的物理洞察力。然而，Eisenhaber等人[（1996），Proteins 25，169 179]使用根据其定义构建的不同数据集得出了一个完全相反的结果。为了解决这一引人关注的争议，通过各种方法对来自客观数据库SCOP数据库的数据集进行了测试[Murzin等人（1995），J.Mol.Biol.247，536-540]。自一致性和折刀试验的结果表明，结合不同氨基酸组分之间的耦合效应的算法的总体预测正确率显著高于不考虑这种效应的算法。这完全符合物理现实，即蛋白质的折叠是其组成氨基酸残基之间集体相互作用的结果，因此必须考虑不同氨基酸组分的耦合效应，以提高预测质量。通过重温Eisenhaber等人的计算过程发现，在构造结构类数据集时存在概念错误，在应用组件耦合算法时存在系统错误。这些发现为理解和利用成分偶联算法研究蛋白质的结构类别提供了信息。

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