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.1998年9月;11(9):739-47.
doi:10.1093/蛋白质/11.9.739。

基于最优路径增量组合扩展的蛋白质结构比对

附属公司

基于最优路径增量组合扩展的蛋白质结构比对

I N辛迪亚洛夫等。 蛋白质工程. 1998年9月.

摘要

报道了一种在两个蛋白质结构之间建立对齐的新算法。该算法涉及由对齐片段对(AFP)定义的对齐路径的组合扩展(CE),而不是使用动态编程和蒙特卡罗优化的更传统的技术。顾名思义,AFP是一对片段,每个蛋白质一个片段,赋予结构相似性。AFP基于局部几何形状,而不是全局特征,例如次级结构的方向和整体拓扑。代表可能的连续对准路径的AFP组合被选择性地扩展或丢弃,从而导致单个最佳对准。该算法能够快速准确地找到最佳结构比对,因此适用于数据库扫描和大型蛋白质家族的详细分析。使用类似结构的代表性样本,对该方法进行了测试,并与Dali和VAST的结果进行了比较。报告了其他方法未检测到的几个新的结构相似性。蛋白质数据库(PDB)中所有结构的特定一对一比对和搜索可以通过以下网站进行:http://cl.sdsc.edu/ce.html。

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