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.1998年9月4日;281(5):827-42.
doi:10.1006/jmbi.1998.1947。

通过寡核苷酸频率的计算分析从酵母基因上游区域提取调控位点

附属公司

通过寡核苷酸频率的计算分析从酵母基因上游区域提取调控位点

J van Helden先生等。 分子生物学杂志. .

摘要

我们在这里提出了一种简单快速的方法,可以从共调控基因家族中分离转录因子的DNA结合位点,结果显示在酿酒酵母中。虽然概念上简单,但该算法被证明能够有效地从所分析的大多数酵母调控家族中提取先前通过实验分析发现的上游调控序列。此外,在几个调控子的上游区域预测了可能的新调控位点。该方法基于检测过度代表的寡核苷酸。这种方法的一个特殊性是根据从酵母基因组中观察到的所有非编码序列中的寡核苷酸频率表来定义位点的统计显著性。与启发式方法相比,这种寡核苷酸分析是严格和详尽的。然而,它的检测范围仅限于相对简单的模式:具有高度保守核心的短基序。酵母中的许多调控位点似乎都具有这些特征。这种方法和类似的方法应该越来越被要求在基因组尺度上测量基因表达水平所产生的众多新的共调节家族中识别未知的调节元件。此处描述的所有工具都可以在网站上找到http://copan.cifn.unam.mx/计算生物学/酵母工具

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