跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

点政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.1998年5月26日；95（11）：5857-64。
doi:10.1073/pnas.95.11.5857。

SMART，一种简单的模块化体系结构研究工具：信令域识别

J舒尔茨 1, F米尔佩兹, P博克, C P桥
附属公司

SMART，一种简单的模块化体系结构研究工具：信令域识别

J舒尔茨等。 美国国家科学院程序. .

摘要

已经构建了信号蛋白中86个结构域的精确多重比对，并用于提供基于网络的工具（SMART：简单模块化体系结构研究工具），该工具允许快速识别和注释信号域序列。大多数信号蛋白具有多结构域特征，已知的结构域组合多种多样。与现有数据库的比较表明，25%的领域集无法从SwissProt推导出来，41%的领域集不能由Pfam注释。SMART能够确定单个序列或基因组的模块化结构；应用于整个酵母基因组的结果表明，至少6.7%的基因包含一个或多个信号结构域，比之前注释的多约350个。构建SMART的过程预测了（i）新的结构域同系物在意料之外的位置，如黏着斑激酶的带4.1同源结构域；（ii）以前未知的结构域家族，包括一个柠檬同源结构域；（iii）在识别其他家族成员后，域家族的假定功能，例如泛素相关域（UBA）的泛素结合作用；（iv）蛋白质的细胞作用，如netrin受体中预测的死亡结构域，进一步暗示这些分子在轴突导向中的作用；（v） 已知疾病基因中的信号结构域，例如马钱子碱/吡啶和中线1中的SPRY结构域；（vi）出乎意料的系统发育环境中的结构域，例如酵母和细菌中的二酰基甘油激酶同源物；和（vii）可能的蛋白质错误分类，例如先前描述为整合素的白色念珠菌蛋白质中预测的pleckstring同源结构域。

PubMed免责声明

数字

图1
图1
阈值校准。选择SH3域得分分布的阈值。(上部)最佳比赛的SWise得分直方图具有SH3结构域的蛋白质（最佳排列；绿色）。(下部)第二个和第三位匹配（次优排列；浅蓝色和深蓝色，分别）。最佳对齐分数小于阈值T型第页大多来自序列被认为不太可能含有SH3结构域同源物。门槛T型第页被选为得分最低的真积极的。在同一蛋白质中重复两次或更多的结构域每个分数都高于一个较低的阈值(T型第页)被认为是真正的否定。
图2
图2
使用SMART生成的原理图表示，文中讨论的蛋白质结构域。请参见表1为已识别的域；灰色线条（无SMART匹配）可能包含SMART中未包含的其他已知域。假定同系物在SWise（16）搜索和/或位置特异性迭代BLAST（1） 搜索(E类< 0.01).(一)域识别：一个新的PTB域是在tensin中识别，从而完成其模块化架构（architecture）分配。一个位置特异性迭代BLAST使用搜索先前预测的PTB域秀丽线虫F56D2.1型（53）在四次通过后产生紧张素PTB。分子预测域命中功能：识别与带同源的域4.1黏着斑激酶（FAK）亚型中的蛋白质。预测FAK以与之类似的方式结合整合素的细胞质部分另一个带4.1的结构域蛋白。一个位置特异性迭代BLAST搜索带4.1的类域（41人类，残基206–401）在人、牛和爪蟾FAK亚型旁路3。(b条)由于搜索空间减少而检测到新域：推测使用SWise（16）和HMMer（14）识别了ROM1和ROM2中的DEP域，但无法识别使用检测到位置特异性迭代BLAST.区域分析周围识别的域揭示了一个新域的存在在ROM1和ROM2的C末端区域，也出现在几个Ste20-like蛋白激酶和小鼠柠檬（CNH，柠檬同源性）。一个有间隙的爆炸柠檬C末端区域的搜索其PH域（CTRO小鼠，残基1134-1457）显示与酵母ROM2的相似性(E类= 1 ×10−5). (c（c）)功能预测整个结构域家族：已知结合泛素（40）的p62区域，以及它在果蝇属蛋白质ref（2）P，被评分为SWise中最高的假定真阴性搜索。我们预测UBA结构域的泛素结合功能。位置特异性迭代BLAST搜索无法证实这一点预测。(d日)细胞功能预测：虽然未在主要来源（43、44）中指出，但死亡域在rcm和其他UNC5同源物中发现，与之前的权利要求（41）。在分子水平上，UNC5中的这个域是预测会形成具有同源结构域的异型二聚体UNC44暗示细胞在轴突引导中的作用。A目瞪口呆爆炸搜索已知的死亡域死亡相关蛋白激酶（DAPK人类，残基1304–1396）预测大鼠UNC5H1的死亡区域E类=9 × 10−3). (e（电子）)中的信令域“疾病基因”：Pyrin或marenostrin，一种突变的蛋白质在地中海热患者中，与丁酰胆碱类似，包含SPRY域。位置特异性迭代BLASTSPRY域为人DDX1（EMBL:X70649，残基124-240）产生丁酰苯胺通过pass 5和pyrin/marenostrin（残基663-759）通过通过7。(（f）)涉及领域的同源词真核信号可能不是真核特异的：DAG激酶具有以前在哺乳动物、无脊椎动物、植物和黏液中发现模具。然而，很明显，未知的DAG激酶同系物这种功能存在于酵母和真细菌中（见图3）。一个缺口爆炸使用搜索枯草芽孢杆菌bmrU公司（BMRU BACSU）与拟南芥塔利亚纳DAG激酶（KDG1 ARATH；E类=4 × 10−4)和a裂殖酵母蓬贝ORF（SPAC4A8.07c；E类= 1 ×10−7). (克)潜力的识别错误分类：PH域和缺乏明显的跨膜序列表明a的细胞质和信号作用蛋白质（INT1 CANAL）以前被认为是酵母整合素位置特异性迭代BLAST使用的N末端PH域进行搜索pleckstrin在通道3中产生了INT1运河。
图3
图3
选定RasGEFN域的多重对齐。在几个具有RasGEF（Cdc25-like）结构域的蛋白质（37）。令人惊讶的是，这个N末端结构域可能出现在序列中远不是RasGEF域。一个位置特异性迭代BLAST使用搜索区域（残基898–946）白色念珠菌抄送25（CC25渠道）和E类<0.01，确定了每个图3中的序列在会聚前的九道内。预测（54）二级结构和90%的一致序列如下所示路线；SwissProt/PIR/EMBL加入代码和定线后给出了残余极限。残留物被着色根据共识序列[绿色：疏水（h），ACFGHIKLMRTVWY；蓝色：极性（p），CDEHKNQRST；红色：小型，ACDGNPSTV；红色：微小（u），AGS；青色：turn-like（t），ACDEGHKNQRST；绿色：脂肪族（l） ，ILV；和，洋红：酒精（o），ST）。SwissProt系列KMHC DICDI已被修改，以解释可能的帧移位。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

查看所有类似文章

引用人

查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. Altschul S F、Madden T L、Schaffer A A、Zhang J、ZhangZ、Miller W、Lipman D J《核酸研究》1997；25:3389–3402.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. 皮尔逊·W·R·基因组学。1991;11:635–650.-公共医学
    1. 杜立德·R·F·《生物化学年鉴》。1995;第64:287–314页。-公共医学
    1. Bork P、Downing A K、Kieffer B、Campbell I D.Q生物物理评论。1996;29:119–167.-公共医学
    1. Bork P，Schultz J，Ponting C P.趋势生物化学科学。1997;22:296–298.-公共医学

出版物类型

赠款和资金

LinkOut-更多资源