跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
比较研究
1995年8月;11(4):379-87.
doi:10.1093/bioinformatics/11.4.379。

未对齐DNA序列中常见基序的鉴定:在大肠杆菌Lrp调节子中的应用

附属公司
比较研究

未对齐DNA序列中常见基序的鉴定:在大肠杆菌Lrp调节子中的应用

Y M Fraenkel先生等。 计算应用程序Biosci 1995年8月

摘要

我们描述了一种相对简单的方法,用于识别已知具有共同功能的DNA序列中的共同模体。输入序列未对齐,并且没有关于图案位置或方向的信息。这种数据通常存在于蛋白质结合区,在那里可以获得定义结合区的遗传或分子信息,但其中的特定识别位点未知。该方法基于“分而治之”的原则;我们首先搜索主导子动机,然后围绕它们构建全长主题。这种方法有几个有用的特点:(i)它屏蔽所有子运动,使结果与数据中的顺序无关;(ii)其允许所述子模块包含间隔物;(iii)即使数据包含“噪音”,它也能识别现有的图案;(iv)其运行时间与输入的总长度成线性关系。该方法在两组蛋白结合序列上进行了验证:一组研究充分的已知CRP结合序列,以及一组相对较新的已知受Lrp调控的基因。我们基于23个基因序列确定的Lrp基序与之前基于较小数据集确定的基序相似,也与实验确定的结合位点的一致序列相似。对单个Lrp站点的调节模式进行评估和比较。

PubMed免责声明

类似文章

引用人

出版物类型

LinkOut-更多资源