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比较研究
.1993年3月;3(3):266-72.
doi:10.1038/ng0393-266。

基于数据库相似性搜索的蛋白质编码区识别

附属公司
比较研究

基于数据库相似性搜索的蛋白质编码区识别

W吉什等。 自然基因. 1993年3月.

摘要

翻译后的核苷酸序列和已知生物蛋白之间的序列相似性可以为同源编码区的存在提供有力证据,甚至在远缘相关基因之间也是如此。计算机程序BLASTX执行核苷酸查询序列的概念翻译,然后在一个编程步骤中进行蛋白质数据库搜索。我们描述了BLASTX识别对查询序列中存在替换、插入和删除错误以及序列差异的敏感性。在存在1%的查询错误时,可以可靠地识别出读取帧,这是主要序列数据的典型错误率。当数据最容易包含错误时,BLASTX适合尽早用于中大规模测序项目。

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