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比较研究
.1995:3:21-9.

利用MEME发现主题的先验知识价值

附属公司
  • PMID: 7584439
比较研究

利用MEME发现主题的先验知识价值

T L Bailey公司等。 Proc Int Conf智能系统分子生物学. 1995.

摘要

MEME是一种发现蛋白质或DNA序列中的基序的工具。本文描述了MEME的几个扩展,这些扩展增强了MEME以完全无监督的方式查找主题的能力,但也允许MEME在有先验知识的情况下受益。没有背景知识时。MEME通过自动确定模体宽度的方法以及允许模体在某些输入序列中消失的概率模型获得了更强的鲁棒性。另一方面,MEME可以利用关于所有输入序列中存在的基序的先验知识,关于基序的长度和它是否是回文,以及(使用Dirichlet混合)关于单个基序位置的预期模式。据报道,大量实验支持MEME受益于但不需要背景知识的说法。实验使用了之前研究过的7个DNA和蛋白质序列家族以及Prosite网站和模式数据库11.1版中记录的75个蛋白质家族。

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