b2bTools: online predictions for protein biophysical features and their conservation

doi:10.1093/nar/gkab425

.2021年7月2日；49（W1）：W52-W59。

doi:10.1093/nar/gkab425。

b2bTools：蛋白质生物物理特性及其保守性的在线预测

附属公司

¹布鲁塞尔大学间生物信息研究所，ULB-VUB，布鲁塞尔1050，比利时。
²比利时布鲁塞尔自由大学3Bio，邮编：1050。
^三布鲁塞尔结构生物学，布鲁塞尔Vrije Universiteit Brussel，布鲁塞尔1050，比利时。
⁴VIB结构生物学研究中心，布鲁塞尔，1050，比利时。
⁵VIB-UGent医疗生物技术中心，VIB，根特9000，比利时。
⁶比利时根特大学生物分子医学系，根特，9000。

PMID： 34057475
预防性维修识别码： PMC8262692号
内政部： 10.1093/nar/gkab 425

b2bTools：蛋白质生物物理特性及其保守性的在线预测

卢西亚诺·波尔托·卡加米等。核酸研究. 2021.

.2021年7月2日；49（W1）：W52-W59。

doi:10.1093/nar/gkab425。

附属公司

¹布鲁塞尔大学间生物信息研究所，ULB-VUB，布鲁塞尔1050，比利时。
²比利时布鲁塞尔自由大学3Bio，邮编：1050。
^三布鲁塞尔结构生物学，布鲁塞尔Vrije Universiteit Brussel，布鲁塞尔1050，比利时。
⁴VIB结构生物学研究中心，布鲁塞尔，1050，比利时。
⁵VIB-UGent医疗生物技术中心，VIB，根特9000，比利时。
⁶比利时根特大学生物分子医学系，根特，9000。

PMID： 34057475
预防性维修识别码： PMC8262692号
内政部： 10.1093/nar/gkab 425

摘要

我们通过https://bio2byte.be/b2btools/。我们预测的目的是确定结构生物学和/或分子动力学方法不容易捕捉到的蛋白质的生物物理行为或特征。上传FASTA文件或序列的文本输入可提供来自DynaMine主干和侧链动力学、构象倾向以及衍生的EFoldMine早期折叠、DisoMine无序和Agmataβ-表聚合的综合预测。这些预测捕捉了蛋白质的“涌现”特性，即编码在其序列中的固有生物物理倾向，而不是依赖于上下文的行为（例如最终折叠状态），其中一些预测以前在网上是不可用的。此外，以各种格式上传多序列比对（MSA）能够探索在同源蛋白质中观察到的生物物理变化。相关图显示了功能相关蛋白质行为的生物物理极限，异常残留物通过高斯混合模型分析进行标记。预测结果以JSON或CSV文件的形式提供，并可通过API直接访问。在线可视化以交互式绘图的形式提供，包括简要说明和教程页面。服务器和API采用了一个基于令牌的无电子邮件系统，可用于匿名访问以前生成的结果。

©作者2021。由牛津大学出版社代表核酸研究出版。

PubMed免责声明

数字

**图形摘要**
该服务器提供基于序列的蛋白质特性综合预测，包括多序列比对分析。

**图1。**
b2bTools服务器的联合输入概述（左），可根据输入类型访问的预测（中）和输出可能性（右）。灰色底框与其他地方描述的工具相关，也可以从联合输入页面访问这些工具。

**图2。**
服务器中显示的Bs蛋白的单序列预测，显示了Dynamine主干动力学（黑色）、片状（蓝色）和螺旋状（红色）倾向，以及早期折叠（绿色）和无序预测（黄色）。与光标位置（大点）相对应的氨基酸残基（此处为Y89）的预测值显示在底部图例中其名称的旁边。

**图3。**
主干动力学中sTIM-11（左栏）和OctaV1（右栏）蛋白质的多重序列比对统计(A类, E类)，早期褶皱(B类,F类)和螺旋(C,**G公司**)和板材倾向(**D、 H（H）**). 显示了对应于Arg22–Asp35（sTIM-11）和Lys12–Asp25（OctaV1）（虚线框）、Asp67–Trp76（sTIM-11）和Ile68–Glu77（Octa V1）、Lys124–Val131（sTIM-11）和Phe134–Gly141（Octa-V1）的区域（虚线盒）。红线表示实际的sTIM-11（左）和OctaV1（右）预测，黑线表示中值，深灰色线表示第一/第三四分位，浅灰色表示MSA中相应位置预测值的异常值范围。单个图像是通过“下载png”绘图功能创建的。

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[9] Orlando G.、Raimondi D.、CodicèF.、Tabaro F.、Vranken W.F.。用递归神经网络和蛋白质动力学预测蛋白质中的无序区域。2020; bioRxiv-doi:2020年5月28日，预印本：未经同行审查10.1101/2020.05.25.115253。-内政部-公共医学

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