The Pfam protein families database in 2019

doi:10.1093/nar/gky995

.2019年1月8日；47（D1）：D427-D432。

doi:10.1093/nar/gky995。

2019年Pfam蛋白质家族数据库

附属公司

¹欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）欧洲分子生物学实验室，英国剑桥CB10 1SD Hinxton Wellcome Trust基因组校区。
²美国马萨诸塞州剑桥市神性大道16号哈佛大学HHMI，邮编02138。
^三瑞典索尔纳斯德哥尔摩大学生物化学和生物物理系生命科学实验室，17121。
⁴意大利帕多瓦35131，帕多瓦大学生物医学系。
⁵佩鲁圣米格尔教堂大学工程系，1801年，15088，利马，佩鲁。

PMID： 30357350
预防性维修识别码： PMC6324024型
内政部： 10.1093/nar/gky995年

2019年Pfam蛋白质家族数据库

萨拉·埃尔·盖巴利等。核酸研究. 2019.

.2019年1月8日；47（D1）：D427-D432。

doi:10.1093/nar/gky995。

附属公司

¹欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）欧洲分子生物学实验室，英国剑桥CB10 1SD Hinxton Wellcome Trust基因组校区。
²美国马萨诸塞州剑桥市神性大道16号哈佛大学HHMI，邮编02138。
^三瑞典索尔纳斯德哥尔摩大学生物化学和生物物理系生命科学实验室，17121。
⁴意大利帕多瓦35131，帕多瓦大学生物医学系。
⁵秘鲁首都利马圣米格尔15088天主教大学工程系，邮编1801。

PMID： 30357350
预防性维修识别码： PMC6324024型
内政部： 10.1093/nar/gky995年

摘要

过去几年，Pfam发生了重大变化(网址：https://pfam.xfam.org). 在第32.0版中，家庭数量已大幅增加到17929个。新的添加与改进现有家族的努力相结合，包括细化领域边界、将其划分为Pfam家族以及对其进行功能注释。我们最近开始与RepeatsDB资源合作，以改进Pfam内串联重复序列族的定义。我们与结构分类数据库进行了重大比较，即蛋白质结构域进化分类（ECOD），该数据库基于其一组未表征家族（EUF）创建了825个新家族。此外，我们还通过将Pfam类型定义映射到SO术语，将Pfa条目连接到序列本体（Sequence Ontology，SO）。由于Pfam有许多社区贡献者，我们最近启用了所有Pfam条目的作者身份与相应作者的ORCID标识符之间的链接。这有效地允许作者为他们的Pfam管理申请信用，并将其与ORCID记录联系起来。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
Pfam 31.0版和32.0版之间PDB:4z7k（UniProt:A4FXZ3）域结构的修改。PDB:4z7k的结构表示为c-α主干的带状卡通，PF17262为粉红色。Pfam未涵盖的区域为灰色。新的Pfam产品PF17955为蓝色。在版本31.0（左面板）中，PF17262（粉红色，PDB残基67–217）的域边界延伸到N末端结构域。Pfam 32.0对相同结构的覆盖（右面板）。C末端结构域PF17262（PDB残基107–218）的边界已被更正，并从DUF5328重命名为Cas6b_C。创建了一个新的Pfam条目PF17955，命名为Cas6b_N（蓝色，PDB残基1–105），以表示N末端结构域。

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