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.2016年2月15日；143(4):595-608.
doi:10.1242/dev.127175。

六个转录调节因子家族对小鼠和人类肾单位祖细胞的差异调节

洛里·奥布莱恩 1, 郭秋雨 2, 李英镇 1, 特蕾西·特兰 1, 让-丹尼斯·贝纳泽 1, 彼得·惠特尼 1, 安东·瓦卢耶夫 三, 安德鲁·P·麦克马洪 4
附属公司

六个转录调节因子家族对小鼠和人类肾单位祖细胞的差异调节

洛里·奥布莱恩等。 开发. .

摘要

肾单位禀赋由肾脏发育开始时建立的肾单位祖细胞库的自我更新和诱导决定。在小鼠中，相关转录调控因子Six1和Six2在肾单位祖细胞中发挥非重叠作用。短暂的Six1活性预示着活跃的肾脏发生，并对其至关重要。相比之下，Six2从肾发生开始就保持了后来的祖细胞自我更新。我们通过染色质免疫沉淀和DNA测序（ChIP-seq）比较了Six2在小鼠和人类肾单位祖细胞中的调节作用。令人惊讶的是，SIX1被确定为人类肾单位祖细胞特有的SIX2靶点。此外，RNA-seq和免疫染色显示16周龄人类胎儿肾单位祖细胞中SIX1和SIX2活性重叠。对人类SIX1和SIX2 ChIP-seq的生物信息学比较分析表明，每个因子都针对一组类似的顺调控模块，这些模块结合一个相同的目标识别基序。与Six2结合自身增强子但不与Six1周围DNA相互作用的小鼠不同，人类Six1和Six2都结合同源的Six2增强子和位于Six1周围的假定增强子。对小鼠中假定的人类SIX1增强子的转基因分析显示了一种短暂的、小鼠样的肾原性前SIX1调控模式。总之，这些数据表明小鼠和人类肾单位祖细胞之间的六因子调节存在差异。在人类中，在活动性肾发生期间，自动/交叉调节环路驱动SIX1和SIX2的持续表达。相比之下，小鼠只建立了一个自我调节的Six2环。这些数据表明，不同的SIX因子调节可能导致肾单位祖细胞程序的物种差异，如肾发生持续时间和最终肾单位计数。

关键词：肾发生；肾单位；监管网络；Six1/2；转录。

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作者声明没有竞争或财务利益。

数字

图1。
图1。
人类SIX2 ChIP-seq揭示了一个肾脏特异性调节网络。（A） 人类和小鼠胎儿肾脏的SIX2和细胞角蛋白（顶部）以及SIX2、JAG1和ECAD（底部）免疫染色。（B） 基因组观点MEOX1（墨西哥）和工作任务1显示SIX2峰值的基因座cons’，Phastcon脊椎动物保护得分。（C） SIX2峰值相对于TSS的分布*P（P）-该值表示从TSS沿任一方向下降50-500kb的峰的显著性。（D） SIX2峰值的基因组注释。（E） 图案最丰富的网络标志（顶部）及其保护（底部）。（F） SIX2基序峰距离的分布。（G） SIX2峰值的功能注释。观察对象；预期为Exp。
图2。
图2。
小鼠和人类SIX2有许多共同的目标，但SIX1系列代表一个独特的人类目标。（A） Six2/Six2峰最丰富基序的比较。（B） Six2基序峰距离的分布。（C） 人类SIX2结合位点和转化的小鼠SIX2结合位点与哺乳动物Phylop保护（左）和带基序的峰值百分比（右）之间的重叠。（D） 人类和小鼠SIX2靶基因的重叠。（E） （左）通过SIX2/SIX2调节得分绘制的人类/小鼠靶基因。（右）人类和小鼠所有保守基因的肾单位祖细胞特异性表达。标记被鉴定为具有物种特异性表达的物种特异性靶标的基因。
图3。
图3。
SIX1系列在人肾单位祖细胞中是活跃的，并由SIX2调节，但在小鼠中不是。（A）人类基因组观SIX1系列（顶部）和鼠标Six1型（底部）基因座和（B）人类SIX2系列（顶部）和鼠标Six2型（底部）位置。Cons，Phastcon脊椎动物保护得分。星号表示用于转基因检测的样品。
图4。
图4。
Six1在小鼠中的表达是短暂的，与Six2无关，而在人类肾单位祖细胞中持续存在。（A） 人胎肾（HFK）切片SIX1、SIX2和细胞角蛋白免疫染色（B）SIX1、SIX2和E10.5、E11.5和E12.5小鼠肾脏相邻切片细胞角蛋白的免疫染色。（C） E10.5的GFP、Six1和细胞角蛋白免疫染色Six2型普通教育证书/+和Six2型普通教育证书/普通教育证书肾脏。最右侧的图像显示缩放的2个视图。
图5。
图5。
人类转基因小鼠分析SIX1系列增强子显示出与小鼠相似的调节Six1型在发育中的小鼠肾脏中。（A） 两者的β-半乳糖苷酶（β-gal）活性SIX1系列E10.5处的增强器。数量lacZ公司+显示MM在E10.5表达的转基因。cg，颅神经节；ov，耳囊泡；嗅板；AER，顶外胚层嵴；MM，后肾间质；ND，肾管。（B） 二者的β-gal活性Six1型E15.5处的增强器。显示肾单位祖细胞表达的转基因数量。（C） B。肾切片Six2和细胞角蛋白染色。
图6。
图6。
SIX1和SIX2具有共同的目标，并显示了汽车和交叉监管活动的证据。（A） SIX1和SIX2峰的最丰富基序的比较。（B） SIX1基序峰值距离的分布。（C） SIX1和SIX2结合位点的重叠。（D） SIX1和SIX2靶基因的重叠。（E） SIX2和SIX1 ChIP-Seq数据集原始信号的比较。每个点代表一个绑定峰值。（F） 共享SIX1/SIX2峰值的基因本体分析。观察对象；预期为Exp。（G） 人类基因组观SIX1系列（左）和SIX2系列（右）基因座。（H） HEK293细胞SIX2-3×FLAG联合免疫沉淀的Western blot。（一） 人胎儿肾脏SIX1和SIX2共同免疫沉淀的Western blot。
图7。
图7。
Six1/2和Six1/2在发育中小鼠和人肾脏中的差异调节模型。在小鼠的后肾间质（E10.5）中，Six1型该表达由因子“X”驱动，并被积极转录（Pol II）。然后Six1可以激活Six2型并且随后Six2可以通过自动调节环驱动其自身的表达（2）。因为这两个位点都是活跃的，所以它们被标记为H3K27ac（ac）。然而，在成熟的肾单位祖细胞中，Six1型不再表达，并显示H3K27me3（me3）的组蛋白抑制特征。Six2无法访问Six1型并继续推动其自身表达。在人类后肾间质（妊娠～5周）中SIX1系列和SIX2系列未知。在成熟的肾单位祖细胞中，与小鼠相比，SIX1系列是活动的，并且表达是由SIX2及其自身驱动的。同样，SIX2系列表达式由SIX1及其本身驱动。SIX1和SIX2可能通过离散复合物调节表达。
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    Carpenter J、Yarlagadda S、VandenHeuvel KA、Ding L、Schuh MP。 Carpenter J等人。 《肾脏国际报告》2023年11月4日；9（2）:436-450。doi:10.1016/j.ekir.2023.10.032。eCollection 2024年2月。 《肾脏国际报告》2023。 PMID：38344733 免费PMC文章。
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    Nauryzgaliyeva Z，Goux Corredera I，Garreta E，蒙特塞拉特N。 Nauryzgaliyeva Z等人。 前细胞发育生物学。2023年11月24日；11:1273923. doi:10.3389/fcell.2023.1273923。电子收集2023。 前细胞发育生物学。2023 PMID：38077999 免费PMC文章。 审查。
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    1. Abdelhak S.、Kalatzis V.、Heilig R.、Compain S.、Samson D.、Vincent C.、Weil D.、Craud C.、Sahly I.、Leibovic M.等人（1997年）。一个果蝇眼睛缺失基因的人类同源物是鳃耳鼻综合征（BOR）的基础，并确定了一个新的基因家族。自然遗传学。157-164年。10.1038/ng0297-157-内政部-公共医学
    1. Bailey T.L.、Bodén M.、Buske F.A.、Frith M.、Grant C.E.、Clementi L.、Ren J.、Li W.W.和Noble W.S.（2009）《MEME SUITE:主题发现和搜索工具》。核酸研究37，W202-W208。10.1093/nar/gkp335-内政部-项目管理委员会-公共医学
    1. Barak H.、Huh S.H.，Chen S.、Jeanpierre C.、Martinovic J.、Parisot M.、Bole-Feysot C.、NitschkéP.、Salomon R.、Antiginac C.等人（2012年）。FGF9和FGF20维持小鼠和人肾单位祖细胞的干细胞。Dev.Cell 22，1191-1207。2016年10月10日/j.devcel.2012.04.018-内政部-项目管理委员会-公共医学
    1. Bertram J.、Douglas-Denton R.N.、Diouf B.、Hughson M.和Hoy W.（2011年）。人类肾单位数：对健康和疾病的影响。儿科。Nephrol公司。26, 1529-1533. 10.1007/s00467-011-1843-8-内政部-公共医学
    1. Boyle S.、Shioda T.、Perantoni A.O.和de Caestecker M.（2007年）。Cited1和Cited2在发育中的肾脏中有差异表达，但不是肾发生所必需的。开发动态。236, 2321-2330. 10.1002/dvdy.21242-内政部-公共医学

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