跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

HTTP服务器

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2014年9月16日1:140031。
doi:10.1038/sdata.2014.31。 2014年电子收集。

通过SWATH-MS量化10000人类蛋白质的分析库

乔治·罗森伯格 1, 青竹角 2, 郭天南 三, 汉内斯·勒斯特 1, 佩特里·库沃宁 三, 本·C·柯林斯 三, 莫里茨·海塞尔 4, 刘燕生（Yansheng Liu） 三, 艾蒂安·卡隆 三, 安东·维查尔科夫斯基 三, 马可·法尼 三, 奥尔加·T·舒伯特 1, 波亚·法里迪 5, 亚历山大·埃布哈特 三, 马里埃特·马通多 三, 亨利·林 6, 塞缪尔·巴德 7, 大卫·S·坎贝尔 7, 埃里克·W·多伊奇 7, 罗伯特·莫里茨 7, 斯蒂芬·泰特 8, 吕迪·阿贝尔索德 9
附属公司

通过SWATH-MS量化10000人类蛋白质的分析库

乔治·罗森伯格等。 科学数据. .

摘要

质谱是深入可靠地研究人类蛋白质组的首选方法。靶向质谱法可靠地检测和量化复杂生物基质中预先确定的蛋白质组，并用于依赖多个样品中蛋白质定量准确和可重复测量的研究。它需要对每个靶蛋白进行一次性、先验的特定测量分析。SWATH-MS是一种质谱法，它结合了数据相关性采集（DIA）和靶向数据分析，与选择性反应监测（SRM）相比，极大地扩展了样品中靶向蛋白质的吞吐量。在这里，我们提供了一份涵盖10000多个人类蛋白质的高度特异性分析概要，并能够在从研究或临床样本中获得的SWATH-MS数据集中对其进行靶向分析。该资源支持对UniProtKB/Swiss-Prot注释的50.9%的所有人类蛋白质进行可靠检测和量化，因此有望在基础和临床研究中得到广泛应用。数据可通过ProteomeXchange（PXD000953-954）和SWATHAtlas（SAL00016-35）获得。

PubMed免责声明

利益冲突声明

S.T.是AB SCIEX的员工，该公司在本文所涵盖的领域开展业务。AB SCIEX为R.A.研究小组提供了部分支持，为其提供了原型仪器。R.A.持有Biogonosys AG的股份，该公司在本文涵盖的领域开展业务。其余作者声明没有竞争性的经济利益。

数字

图1
图1
用于生成分析库的数据采集和数据分析工作流。(一)数据采集：对不同细胞系和组织类型进行采样，然后进行（可选）蛋白质分馏、蛋白水解消化（使用胰蛋白酶或使用PCT的lys-c/胰蛋白酶）、（可选）肽分馏和发现蛋白质组学模式下的LC-MS/MS分析。(b条)数据分析：使用四种不同的搜索引擎进行序列数据库搜索，并使用Trans-Proteomic Pipeline对结果进行统计评估和合并。使用MAYU进行错误发现率（FDR）控制。使用SpectraST将识别的肽用于生成一致的RT归一化光谱库。使用spectrast2tsv.py和OpenSWATH工具ConvertTSVToTraML选择分析。
图2
图2
联合分析库的统计数据以及与其他人类蛋白质组绘图工作的比较。(一)真阳性（红色）和所有蛋白质鉴定（蓝色）作为蛋白质FDR的功能。该图表明，真正阳性的蛋白质鉴定数量在蛋白质FDR截止值为0.05时饱和。在不太严格的FDR截止点的其他鉴定主要是假阳性蛋白鉴定。(b条)真阳性（红色）和所有肽鉴定（蓝色）作为蛋白质FDR的功能。该图表明，真阳性肽鉴定的数量与肽鉴定的总数密切相关，并且在蛋白质FDR截止值的典型水平内未达到饱和。(c（c）)每个样本类型的PSM数量对分析库有贡献。多个PSM可以构成一个一致的光谱，并且每个MS注射单独计数。NCI60细胞系组的贡献最大，HEK293细胞、肠道组织和THP1细胞各占所有光谱的10%以上。(d日)UniProtKB/Swish Prot策划的人类蛋白质的重叠，这是一个用蛋白质水平证据和所提供的联合测定文库（CAL）注释的子集。在蛋白质水平上，分析库提供了68.2%的蛋白质覆盖率和证据，同时提供了额外802个蛋白质的分析。与UniProtKB/Swiss-Prot相比，分析库包含20264个蛋白质的50.9%。
图3
图3
使用不同蛋白型分析文库通过SWATH-MS鉴定肽和蛋白质的数量。(一)描述了组合分析文库（CAL）和样本特异性分析文库中包含的蛋白型肽及其重叠。样本特异性文库之间的肽水平重叠超过70%，蛋白质水平重叠约80%。样本特异性文库中包含的239个肽不包括在CAL中，因为它们不符合CAL更严格的质量标准(b条)描述了肽FDR依赖性的真阳性肽识别数。使用组合文库，肽FDR低于1%（灰色虚线）时，真阳性肽鉴定的数量与样本特异性文库相匹配。(c（c），d日)HeLa的真阳性蛋白鉴定数(c（c）)或U2OS(d日)描述了依赖于蛋白质FDR的单个、普通注射中的全细胞裂解物。报告了所有鉴定或非单次命中（NS）的蛋白质FDR截止值。与HeLa和U2OS的样本专用库相比，CAL在典型的错误率控制水平下提供了类似的灵敏度。CAL的非单一命中识别通常在较低的蛋白质FDR截止值下提供较高的灵敏度。灰色虚线表示蛋白质FDR截止值为1%。(e（电子）)肽FDR依赖性中肽鉴定的再现性。颜色表示3个技术复制品中的1个（绿色）、2个（蓝色）或3个（红色）的再现性。ss-HeLa（顶部）和CAL（底部）都能够在同一肽FDR的所有重复物中检测到相似数量的分析。CAL仅能在一个或两个重复中检测到更多低强度肽。(如果)在1%肽FDR条件下，在所有三个重复中确定的前体总跃迁强度的变异系数（CV）分布。5%（U2OS）至10%（HeLa）的中位数变异系数与预期的技术变化非常吻合，并且在样本特异性和组合分析库之间非常相似。
图4
图4
将组合分析库（CAL）应用于独立采集的数据集（CDK4 AP-SWATH，Lambert等。)并与样本特异性分析库（ss）进行比较。指出了用晶须进行标准差比较的野生型（WT）和突变体（R24C或R24H）的折叠变化。与样本特异性分析库相比，CD2A1和CDN2C组合库中包含的分析包含更少且不同的肽，因此折叠变化较小。结果表明，使用组合分析库可以从使用不同实验设置、数据采集和数据分析策略进行的SWATH-MS实验中检索到可比较的定性和定量结果。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

查看所有类似文章

引用人

  • 蛋白质组学为精确肿瘤治疗补充了一个维度。
    Zhou Z、Zhang R、Zhou A、Lv J、Chen S、Zou H、ZhangG、Lin T、Wang Z、Zheng Y、Weng S、Han X、Liu Z。 Zhou Z等。 Comput Struct生物技术杂志，2024年4月20日；23:1725-1739. doi:10.1016/j.csbj.2024.04.044。电子采集2024年12月。 计算结构生物技术杂志2024。 PMID：38689716 免费PMC文章。 审查。
  • 循环中的肿瘤细胞在毛细血管大小的分叉处脱落大的细胞外小泡。
    Vrynas A、Arfan S、Satia K、Bazban-Shotorbani S、Ashna M、Zhang A、Visan D、Chen A、Carter M、Blackhall F、Simpson KL、Dive C、Huang P、Au SH。 Vrynas A等人。 bioRxiv[预印本]。2024年4月20日：2024.04.17.589880。doi:10.1101/2024.04.17.589880。 生物Rxiv。2024 PMID：38659882 免费PMC文章。 预打印。
  • 数据独立采集肽组学。
    Bichmann L、Gupta S、Röst H。 Bichmann L等人。 方法摩尔生物学。2024;2758:77-88. doi:10.1007/978-1-0716-3646-64。 方法摩尔生物学。2024 PMID：38549009
  • 非恶性肝病的血清/血浆蛋白质组。
    Fu L、Guldiken N、Remih K、Karl AS、Preisinger C、Strnad P。 Fu L等人。 国际分子科学杂志。2024年2月7日；25(4):2008. doi:10.3390/ijms25042008。 国际分子科学杂志。2024 PMID：38396688 免费PMC文章。 审查。
  • 分子孪生人工智能平台集成了多组分数据，以预测胰腺癌患者的预后。
    Osipov A、Nikolic O、Gertych A、Parker S、Hendifar A、Singh P、Filippova D、Dagliyan G、Ferrone CR、Zheng L、Moore JH、Touterlotte W、Van Eyk JE、Theodorescu D。 Osipov A等人。 Nat Cancer杂志。2024年2月；5(2):299-314. doi:10.1038/s43018-023-00697-7。Epub 2024年1月22日。 Nat Cancer杂志。2024 PMID：38253803 免费PMC文章。
查看所有“被引用”文章

工具书类

数据引用

    1. Rosenberger G.2014年。蛋白质组变化。PXD000953型
    1. Rosenberger G.2014年。斯瓦塔特拉斯。SAL00016-35号
    1. Rosenberger G.2014年。蛋白质组变化。PXD000954型

工具书类

    1. Uhlen M.等人，《建立基于知识的人类蛋白质图谱》。自然生物技术。28, 1248–1250 (2010).-公共医学
    1. 爱德华兹·A·M等人。有太多的路没有走。《自然》470163-165（2011）。-公共医学
    1. 马克思五世找到适合这项工作的抗体。《自然方法》10，703–707（2013）。-公共医学
    1. Beck M.等人。人类细胞系的定量蛋白质组。摩尔系统。《生物学》第7期，第1-8页（2011年）。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Geiger T.、Wehner A.、Schaab C.、Cox J.和Mann M.对11种常见细胞系的比较蛋白质组学分析揭示了大多数蛋白质的普遍但不同的表达。分子细胞。蛋白质组学11，M111.014050（2012）。-项目管理咨询公司-公共医学

出版物类型