Validation of reference genes for quantitative real-time PCR studies in the dentate gyrus after experimental febrile seizures

doi:10.1186/1756-0500-5-685

。2012年12月13:5:685。

doi:10.1186/1756-0500-5-685。

实验性热性惊厥后齿状回定量实时PCR研究参考基因的验证

安·斯威森¹, 凯瑟琳·奈利森, 丹尼尔·詹森, 让-米歇尔·里戈, 戈弗特·胡格兰

附属机构

PMID： 23237195
预防性维修识别码：项目经理3598510
内政部： 10.1186/1756-0500-5-685

实验性热性惊厥后齿状回定量实时PCR研究参考基因的验证

安·斯威森等。 BMC Res注释。 2012。

。2012年12月13:5:685。

doi:10.1186/1756-0500-5-685。

作者

安·斯威森¹, 凯瑟琳·内利森, 丹尼尔·詹森, Jean-Michel里戈, 戈弗特·胡格兰

附属

¹比利时Diepenbeek Agoralan Bld C，3590，Hasselt大学BIOMED研究所和跨国大学Limburg。

PMID： 23237195
预防性维修识别码：项目经理3598510
内政部： 10.1186/1756-0500-5-685

摘要

背景：定量实时PCR（qPCR）是一种常用的定量基因表达水平的技术。验证归一化对于获得可靠的qPCR数据至关重要。在这种情况下，将多个参考基因归一化成为最流行的方法。然而，参考基因的表达可能因组织类型、发育阶段和对实验治疗的反应而异。因此，必须为特定样本集和实验模型确定稳定的参考基因。本研究旨在验证早期热性惊厥（FS）大鼠海马组织中的潜在参考基因。为此，我们应用了一个已建立的模型，在该模型中，通过将10天大的幼鼠暴露在热空气中来诱发FS。一周后，我们测定了七个常用参考基因在海马齿状回中的表达稳定性。

结果：使用geNorm和Normfinder软件测试18S rRNA、ActB、GusB、Arbp、Tbp、CycA和Rpl13A的基因表达稳定性。geNorm提出的参考基因排序与Normfinder提出的不一致。然而，这两种算法都表明CycA、Rpl13A和Tbp是最稳定的基因，而18S rRNA和ActB是最不稳定表达的基因。

结论：我们的数据表明，至少CycA、Rpl13A和Tbp的几何平均值可以可靠地解释该实验装置中的基因表达数据。结果还表明，ActB和18S rRNA不适合作为该模型的参考基因。

PubMed免责声明

数字

图1
**循环阈值（Cq）水平候选参考基因在每个实验组。**方框代表下四分位数和上四分位数，中间数，胡须代表外10%。常温对照组（n=9）；FS-，无发热性惊厥的热疗（n=6）；FS+，高热伴热性惊厥（n=7）。

图2
**候选人推荐人评估使用geNorm分析的基因软件。**A类：总样本集中参考基因的平均表达稳定性度量（M）（n=22），通过逐步排除最不稳定的参考基因进行分析。B类：通过成对变异（V）确定标准化参考基因的最佳数量_无+1)分析。当根据中的排名逐步添加参考基因时，每个条形代表归一化精度的成对变化（V）A类。

图3
**候选人推荐人评估使用Normfinder分析的基因软件。**A类：总样本集中每个参考基因的稳定性值（n=22）。B类：使用累积标准偏差（Acc.SD）确定用于归一化的参考基因的最佳数量。

图4
**参考基因的影响选择用于规范化的表达式配置文件*Cnr1型*FS后一周归纳。***序号1*表达水平通过三个几何平均值进行标准化(A类)或四个(B类)经geNorm和Normfinder鉴定的稳定表达基因。*18S rRNA*和*行动B*，由geNorm和Normfinder表示为最不稳定的基因，用于*序号1*表达式数据(C类). 常温对照组（n=9）；FS+，高热伴热性惊厥（n=7）。数据表示为平均值±SEM.*，P<0.05；使用Mann-Whitney检验进行分析。

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1. Chen K，Baram TZ，Soltesz I.发育中的大脑热性惊厥导致边缘回路神经元兴奋性持续改变。《国家医学》，1999年；5(8):888–894. doi:10.1038/1130。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

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