DNA-binding factors shape the mouse methylome at distal regulatory regions

doi:10.1038/nature10716

.2011年12月14日；480(7378):490-5.

doi:10.1038/nature10716。

DNA结合因子在远端调控区塑造小鼠甲基体

迈克尔·B·斯塔德勒¹, 拉比·默尔, 卢卡斯汉堡, 罗伯特·伊万尼克, 弗洛里安·利内特, 安妮·舍勒, 埃里克·范·尼姆维根, 克里斯蒂安·维尔贝勒（Christiane Wirbelauer）, 爱德华·J·奥克利, 迪莫斯·盖达齐斯, Vijay K Tiwari公司, 德克·舒贝尔

附属公司

PMID： 22170606
内政部： 10.1038/自然10716

DNA结合因子在远端调控区塑造小鼠甲基体

迈克尔·B·斯塔德勒等。自然. 2011.

.2011年12月14日；480(7378):490-5.

doi:10.1038/nature10716。

作者

附属

¹弗里德里希·米歇生物医学研究所，瑞士巴塞尔4058号莫比尔大街66号。

PMID： 22170606
内政部： 10.1038/自然10716

勘误表in

自然。2012年4月26日；484(7395):550. 埃里克·范·尼姆维根[补充]

摘要

胞嘧啶的甲基化是哺乳动物基因组中一种重要的表观遗传修饰，然而控制甲基化模式的规则在很大程度上仍然难以捉摸。为了深入了解这一过程，我们在干细胞和神经元祖细胞中生成了碱-空分辨率小鼠甲基体。高级定量分析确定了平均甲基化率为30%的低甲基化区域（LMR）。这些代表CpG缺乏的远端调控区域，如报告者分析中的位置、DNase I超敏反应、增强子染色质标记的存在和增强子活性所证明。LMR被DNA-结合因子占据，它们的结合对于创建LMR是必要的和充分的。神经元和干细胞甲基体的比较证实了这种依赖性，因为细胞类型特异性LMR被细胞类型特异的转录因子占据。这项研究为小鼠提供了甲基组参考，并表明DNA结合因子局部影响DNA甲基化，从而能够识别活性调控区域。

PubMed免责声明

中的注释

表观遗传学：动态DNA甲基化。
斯托尔H。斯托尔H。 Nat Rev基因。2012年1月4日；13(2):75. doi:10.1038/nrg3156。 Nat Rev基因。2012 PMID：22215132 没有可用的摘要。

类似文章

综合单细胞组学分析揭示了小鼠胚胎干细胞的表观遗传异质性。
罗毅、何杰、徐克星、孙马、吴克星、陆克星、谢赫。罗毅等。公共科学图书馆计算生物学。2018年3月21日；14（3）：e1006034。doi:10.1371/journal.pcbi.1006034。eCollection 2018年3月。公共科学图书馆计算生物学。2018. PMID：29561833 免费PMC文章。
细菌中的DNA甲基化：从甲基到甲基组。
Sánchez-Romero MA，Cota I，CasadesúS J。 Sánchez Romero MA等人。当前操作微生物。2015年6月；25:9-16. doi:10.1016/j.mab.2015.03.004。Epub 2015年3月26日。当前操作微生物。2015 PMID：25818841 审查。
转录因子占用可以调节调节区DNA甲基化的活跃转换。
Feldmann A、Ivanek R、Murr R、Gaidatzis D、Burger L、Schübeler D。 Feldmann A等人。公共科学图书馆-遗传学。2013;9（12）：e1003994。doi:10.1371/journal.pgen.1003994。Epub 2013年12月19日。公共科学图书馆-遗传学。2013. PMID：24367273 免费PMC文章。
缺乏CpG结合蛋白的胚胎干细胞中基因组胞嘧啶甲基化降低和细胞分化缺陷。
Carlone DL、Lee JH、Young SR、Dobrota E、Butler JS、Ruiz J、Skalnik DG。 Carlone DL等人。分子细胞生物学。2005年6月；25(12):4881-91. doi:10.1128/MCB.25.12.4881-4891.2005。分子细胞生物学。2005 PMID：15923607 免费PMC文章。
DNA甲基化和染色质结构：令人困惑的CpG岛。
Caiafa P，Zampieri M。 Caiafa P等人。细胞生物化学杂志。2005年2月1日；94(2):257-65. doi:10.1002/jcb.20325。细胞生物化学杂志。2005 PMID：15546139 审查。

查看所有类似文章

引用人

对ISWI亚单位的系统评估表明，NURF为CTCF创造了本地可访问性。
Iurlaro M、Masoni F、Flyamer IM、Wirbelauer C、Iskar M、Burger L、Giorgetti L、Schübeler D。 Iurlaro M等人。自然遗传学。2024年6月；56(6):1203-1212. doi:10.1038/s41588-024-01767-x.Epub 2024年5月30日。自然遗传学。2024 PMID：38816647 免费PMC文章。
IDH突变体和IDH野生型胶质瘤细胞系和肿瘤中REST转录因子调控网络的综合分析。
Perycz M、Dabrowski MJ、Jardanowska-Kotuniak M、Roura AJ、Gielniewski B、Stepniak K、Dramiangski M、Ciechmska IA、Kaminska B、Wojtas B。 Perycz M等人。神经病理学学报。2024年5月6日；12(1):72. doi:10.1186/s40478-024-01779-y。神经病理学学报。2024 PMID：38711090 免费PMC文章。
单个CpG二联体和单个细胞转录组的5mC和5hmC的组合量化揭示了DNA甲基化维持保真度的调节器。
Chialastri A、Sarkar S、Schauer EE、Lamba S、Dey SS。 Chialastri A等人。自然结构分子生物学。2024年4月26日。doi:10.1038/s41594-024-01291-w。打印前在线。自然结构分子生物学。2024 PMID：38671229
表观基因组对常见人类疾病病理学的见解。
潜水钟重心。潜水钟重心。细胞分子生命科学。2024年4月11日；81(1):178. doi:10.1007/s00018-024-05206-2。细胞分子生命科学。2024 PMID：38602535 免费PMC文章。审查。
局部DNA低甲基化导致的亚基因水平的突变率异质性。
Mas-Ponte D、Supek F。 Mas-Ponte D等人。《核酸研究》2024年5月8日；52(8):4393-4408. doi:10.1093/nar/gkae252。核酸研究2024。 PMID：38587182 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. 鲜血。2004年4月15日；103(8):2950-5-公共医学
1. 自然。2010年9月23日；467(7314):430-5-公共医学
1. 科学。1985年5月31日；228(4703):1061-8-公共医学
1. 核酸研究，2008年1月；36（数据库问题）：D102-6-公共医学
1. 神经科学杂志。2006年9月20日；26(38):9722-35-公共医学

出版物类型

行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动
行动
行动

关联数据

行动
- 在PubMed中搜索
- 在GEO中搜索

LinkOut-更多资源

[1] 鲜血。2004年4月15日；103(8):2950-5-公共医学

[2] 鲜血。2004年4月15日；103(8):2950-5-公共医学

[3] 自然。2010年9月23日；467(7314):430-5-公共医学

[4] 自然。2010年9月23日；467(7314):430-5-公共医学

[5] 科学。1985年5月31日；228(4703):1061-8-公共医学

[6] 科学。1985年5月31日；228(4703):1061-8-公共医学

[7] 核酸研究，2008年1月；36（数据库问题）：D102-6-公共医学

[8] 核酸研究，2008年1月；36（数据库问题）：D102-6-公共医学

[9] 神经科学杂志。2006年9月20日；26(38):9722-35-公共医学

[10] 神经科学杂志。2006年9月20日；26(38):9722-35-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

DNA结合因子在远端调控区塑造小鼠甲基体

附属

DNA结合因子在远端调控区塑造小鼠甲基体

作者

附属

勘误表in

摘要

中的注释

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

关联数据

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

研究材料

勘误表in

摘要

中的注释

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

关联数据

相关信息

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

研究材料