Selection of stable reference genes for quantitative rt-PCR comparisons of mouse embryonic and extra-embryonic stem cells

doi:10.1371/journal.pone.0027592

比较研究

。2011;6（11）：e27592。

doi:10.1371/journal.pone.0027592。 Epub 2011年11月10日。

小鼠胚胎干细胞和胚外干细胞定量rt-PCR比较中稳定参考基因的选择

凯莉·J·威西¹, 迈克尔·C·戈尔丁

附属公司

PMID： 22102912
预防性维修识别码：项目经理3213153
内政部： 10.1371/journal.pone.0027592

比较研究

小鼠胚胎干细胞和胚外干细胞定量rt-PCR比较中稳定参考基因的选择

凯莉·J·威西等。公共科学图书馆一号。 2011。

。2011;6（11）：e27592。

doi:10.1371/journal.pone.0027592。 Epub 2011年11月10日。

作者

凯莉·J·威西¹, 迈克尔·C·戈尔丁

附属

¹德克萨斯农工大学兽医与生物医学学院，美国德克萨斯州大学城。

PMID： 22102912
预防性维修识别码：项目经理3213153
内政部： 10.1371/journal.pone.0027592

摘要

胚胎和组织特异性干细胞的分离和培养为研究驱动发育的分子过程提供了巨大的机会。为了深入了解支持哺乳动物胚胎发生的初始事件，已经从植入前胚泡中存在的三种不同谱系中的每一种中衍生出多能干细胞。胚胎（ES）、滋养层（TS）和胚外内胚层（XEN）干细胞具有其创始谱系的发育潜力，似乎利用不同的表观遗传方式来编程基因表达。然而，这些不同的细胞特性和表观遗传特性的基础仍不明确。定量逆转录聚合酶链反应（qPCR）是一种快速比较不同发育阶段和实验条件下基因表达模式的有效方法。然而，仔细、经验性地选择适当的参考基因对于准确测量转录差异至关重要。在这里，我们报告了ES、TS和XEN干细胞之间14个常用参考基因的定量和评估。其中包括：Actb、B2m、Hsp70、Gapdh、Gusb、H2afz、Hk2、Hprt、Pgk1、Ppia、Rn7sk、Sdha、Tbp和Ywhaz。利用三个独立的统计分析，我们确定Pgk1、Sdha和Tbp为每种干细胞类型之间最稳定的参考基因。此外，通过胚胎干细胞和滋养层干细胞的体外分化，我们分别将Sdha、Tbp和Ywhaz以及Ywhaz、Pgk1和Hk2确定为三个最稳定的参考基因。了解这些不同干细胞类型中控制细胞特性的转录和表观遗传调控机制，可以对控制胚胎发生和干细胞生物学的细胞过程提供重要的见解。使用所鉴定的mRNA获得的几何平均CT值对定量RT-PCR测量进行标准化，提供了一种可靠的方法来评估哺乳动物植入前胚胎中存在的三个基础干细胞谱系之间的不同基因表达模式。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争利益：提交人声明，不存在相互竞争的利益。

数字

**图1。ES、TS和XEN干细胞的特征细胞形态和标记基因表达。**
a–c本研究中使用的代表性ES（a）TS（b）和XEN（c）干细胞系的显微照片。d）每个干细胞谱系的转录因子特征表达。

**图2。ES、TS和XEN干细胞所有三种遗传背景之间14个候选基因的相对表达。**
每个测量转录本的CT值均归一化为*第1页*,斯达和*Tbp公司*，然后使用所述方法将其绘制为相对值。误差条表示平均值的标准误差。

**图3。A.在ES细胞所有三种遗传背景的分化过程中，十四个候选基因的相对表达情况。**
在第0天、第4天（类胚体）和第8天测量每个转录物的CT值，然后将其归一化为*Sdha Tbp和Ywhaz。*使用前面描述的方法确定相对值，并绘制图表。误差条表示平均值的标准误差。B。在ES细胞分化过程中，成纤维细胞特异性蛋白1的表达增加。误差条表示三个独立重复的平均值的标准误差。

**图4。在TS细胞所有三种遗传背景的分化过程中，十四个候选基因的相对表达。**
在第0天和第8天测量每个转录本的CT值，然后将其归一化为*伊瓦兹，Pgk1*和*Hk2。*使用前面描述的方法确定相对值，并绘制图表。误差条表示平均值的标准误差。请注意，图的顶部三分之一是指数级的。

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[5] Rossant J，Tam PP.小鼠胚泡谱系形成、早期胚胎不对称性和轴模式。发展。2009;136:701–713。-公共医学

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[7] Martin GR.从在由畸胎瘤干细胞调节的培养基中培养的早期小鼠胚胎中分离出多能干细胞系。美国国家科学院院刊1981；78:7634–7638。-项目管理咨询公司-公共医学

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[10] Nagy A、Rossant J、Nagy R、Abramow-Newerly W、Roder JC。完全细胞培养衍生小鼠从早期传代胚胎干细胞衍生。美国国家科学院院刊1993；90:8424–8428.-项目管理咨询公司-公共医学

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