Pathway discovery in mantle cell lymphoma by integrated analysis of high-resolution gene expression and copy number profiling

doi:10.1182/blood-2010-01-263806

.2010年8月12日；116(6):953-61.

doi:10.182/血液-2010-01-263806。 Epub 2010年4月26日。

综合分析高分辨率基因表达和拷贝数分析发现套细胞淋巴瘤的途径

附属公司

PMID： 20421449
预防性维修识别码： PMC2924229型
内政部： 10.1182/血液-2010-01-263806

综合分析高分辨率基因表达和拷贝数分析发现套细胞淋巴瘤的途径

埃琳娜·M·哈特曼等。血液. 2010.

.2010年8月12日；116(6):953-61.

doi:10.1182/bloud-2010-01-263806。 Epub 2010年4月26日。

附属

¹德国乌尔兹堡Josef-Schneider-Strasse 2号乌尔兹伯格大学病理学研究所。

PMID： 20421449
预防性维修识别码： PMC2924229型
内政部： 10.1182/血液-2010-01-263806

摘要

套细胞淋巴瘤（MCL）的基因组除了易位t（11；14）外，还具有大量次级染色体的增减，这可能是MCL患者不同生存期的原因。我们利用高分辨率RNA表达和基因组图谱研究了77例具有可用临床信息的原发性MCL肿瘤，并应用我们最近开发的基因表达和剂量积分算法来识别可能与MCL病理生物学相关的新基因和途径。我们发现拷贝数中性杂合性缺失在MCL和经常受缺失影响的靶区中很常见。基因组拷贝数变化的分子后果似乎很复杂，即使在具有已确定的肿瘤抑制因子的基因组位点中，例如包含CDKN2A位点的9p21区域。此外，新基因（如CUL4A、ING1和MCPH1）的放松调控可能会影响MCL的两个关键致病机制，即增殖障碍和DNA损伤反应途径。河马通路的放松调控可能在MCL中起到致病作用，因为其成员MOBKL2A、MOBKL2B和LATS2的表达减少与不良结果相关，包括32个MCL的独立验证系列。

PubMed免责声明

数字

图1
**用500K SNP芯片检测77例MCL患者的染色体改变**500K SNP阵列检测72例细胞周期蛋白D1阳性和5例细胞周期素D1阴性原发性MCL患者的染色体改变。（A）根据CNAG软件更改拷贝数（包括假定的拷贝数变化）。收益在象形文字的右侧以红色显示，损失在象形字的左侧以绿色显示。（B） CNN-LOH区域，也称为UPD；超过10 Mb，由CNAG/AsCNAR和CNAT软件工具确定。CNN-LOH/UPD区域显示为蓝色，单亲三体区域显示为紫色。（插图）染色体1、9和13中的部分CNN-LOH/UPD区域，包括1p32.3/33中纯合子缺失的小区域（包含*CDKN2C型*和*FAF1（飞行一级）*)，第9p21.3页(*CDKN2A型*基因座）和13q13.3（包含*C13或36，RFXAP*、和*SMAD9系列*)表明CNN-LOH/UPD在相应基因组位点的一个拷贝丢失后出现。黑线表示总基因剂量；二倍体状态用2表示。红线和绿线表示等位基因特定的基因剂量水平，在部分CNN-LOH/UPD区域，一个亲本丢失，另一个获得。

图2
**与不良预后相关的染色体改变及其可能的靶基因**.（A）损失9p。（B）双倍损失9p21.3。（C）损失1q32。（D）双倍损失1p32.3/33。（E）放大12q14。（F）双损失2q13。Kaplan-Meier曲线显示了有和无相应CNA的MCL患者之间的生存差异。（右面板）MCR中的基因，与未发生改变的病例相比，发生改变的患者的褶皱变化差异最大。在基因表达面板中，只显示了各个MCR核心区域内的基因。带有a的基因*P（P）*大于.05的值以灰色显示。

图3
**结合SNP和基因表达谱鉴定MCL中常见CNA的假定靶基因**（A）增益7便士。（B）损失8便士。（C） 13q34损失。（D） 13q33-q34双倍损失。（左面板）每个MCR内的基因，与未发生改变的病例相比，发生改变的患者的褶皱变化差异最大。（右面板）每种情况下候选基因的基因表达水平；红色条表示具有相应CNA的案例。

图4
**结合SNP和基因表达谱鉴定MCL中参与Hippo信号通路的候选抑癌基因**.（A）损失9p。（B） 19p13.3缺失。根据基因表达阵列分析确定的mRNA表达，Kaplan-Meier曲线显示存活组*MOBKL2B公司*（HG U133上的PS 226844加2.0）位于9p21.2和*莫比尔2a*（PS 235163）位于19p13.3。对于MCR537/loss19p13.3，显示位于核心和扩展区域的基因。

图5
**根据验证系列中河马通路相关基因的mRNA表达显示MCL存活组的Kaplan-Meier曲线**.（A）的mRNA表达*MOBKL2A公司*，（B）*MOBKL2B公司*，（C）*LATS1型*、和（D）*LATS2型*在32名未经治疗的MCL患者组成的独立组中（临界值≤25%）。通过定量RT-PCR和比较C_t吨方法。

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中的注释

在MCL中发现河马。
奥尔·R。奥尔·R。鲜血。2010年8月12日；116（6）：861-2。doi:10.1182/bloud-2010-05-284075。鲜血。2010 PMID：20705764 没有可用的摘要。

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[10] Nodit L、Bahler DW、Jacobs SA、Locker J、Swerdlow SH。累及淋巴结的惰性套细胞淋巴瘤和变异的免疫球蛋白重链基因。Hum Pathol（Hum病态）。2003;34(10):1030–1034.-公共医学

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