Accurate and sensitive peptide identification with Mascot Percolator

doi:10.1021/pr800982s

.2009年6月；8(6):3176-81.

doi:10.1021/pr800982s。

用吉祥物渗透仪准确、灵敏地鉴定肽

马库斯·布罗希¹, 陆羽, 蒂姆·哈伯德, 乔蒂·乔达里

附属公司

PMID： 19338334
预防性维修识别码： PMC2734080型
内政部： 10.1021/pr800982

用吉祥物渗透仪准确、灵敏地鉴定肽

马库斯·布罗希等。蛋白组学研究杂志. 2009年6月.

.2009年6月；8(6):3176-81.

doi:10.1021/pr800982s。

作者

马库斯·布罗希¹, 陆羽, 蒂姆·哈伯德, 乔蒂·乔达里

附属

¹威康信托桑格研究所，威康信托基因组校区，剑桥，CB10 1SA，英国。

PMID： 19338334
预防性维修识别码： PMC2734080型
内政部： 10.1021/pr800982

摘要

序列数据库搜索算法（如Mascot和Sequest）的声音评分方法对于从蛋白质组串联质谱数据中灵敏准确地鉴定肽和蛋白质至关重要。在本文中，我们提出了一个将Mascot与Percolator接口的软件包，Percolator是一种用于重新存储数据库搜索结果的性能良好的机器学习方法，并证明它适用于低精度和高精度质谱数据，优于所有可用的Mascot评分方案，并提供可靠的显著性度量。Mascot Percolator可以很容易地用作独立工具，也可以集成到现有的数据分析管道中。

PubMed免责声明

数字

图2
对于20ppm的吉祥物搜索，基本和扩展的吉祥物Percolator（MP）、吉祥物身份阈值（MIT）和吉祥物同源性阈值（MHT）性能被确定为q个-值截止值范围为0至0.06。此外，在500 ppm吉祥物搜索中，还显示了质量过滤（5 ppm）策略、调整吉祥物阈值（AMT）和模拟Percolator AMT方法（MP AMT）的性能。注：如果没有MHT报告，则使用MIT。

图3
确定了每个PSM的估计正确数量q个-基本和扩展吉祥物拾音器（MP）运行、调整吉祥物阈值（AMT）、吉祥物身份阈值（MIT）和吉祥物同源阈值（MHT）以及后继拾音器的截止值。

图4
估计q个-根据蛋白质标准数据集报告的延长和基本吉祥物Percolator跑步的错误发现率绘制数值。虚线表示标准错误。

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