An integrative genomic approach reveals coordinated expression of intronic miR-335, miR-342, and miR-561 with deregulated host genes in multiple myeloma

doi:10.1186/1755-8794-1-37

.2008年8月13日1:37。

doi:10.1186/1755-8794-1-37。

综合基因组方法揭示了多发性骨髓瘤中内含子miR-335、miR-342和miR-561与解除调控的宿主基因的协同表达

多梅尼卡·隆切蒂¹, 玛塔·莱奥内蒂, 劳拉·莫斯卡, 卢卡·阿涅利, 阿德里安·安德罗纳切, 索尼娅·法布里斯, Giorgio Lambertenghi送货员, 安东尼诺·内里

附属公司

PMID： 18700954
PMCID公司：项目经理2531129
内政部： 10.1186/1755-8794-1-37

综合基因组方法揭示了多发性骨髓瘤中内含子miR-335、miR-342和miR-561与解除调控的宿主基因的协同表达

多梅尼卡·隆切蒂等。 BMC医学基因组学. 2008.

.2008年8月13:1:37。

doi:10.1186/1755-8794-1-37。

作者

多梅尼卡·隆切蒂¹, 玛塔·莱奥内蒂, 劳拉·莫斯卡, 卢卡·阿涅利, 阿德里安·安德罗纳切, 索尼娅·法布里斯, Giorgio Lambertenghi送货员, 安东尼诺·内里

附属

¹意大利米兰大学白血病研究中心医学系。domenica.ronchetti@unimi.it

PMID： 18700954
PMCID公司：下午2531129
内政部： 10.1186/1755-8794-1-37

摘要

背景：microRNAs（miRNAs）在多发性骨髓瘤（MM）中的作用尚未完全阐明。为了确定可能在MM中被解除调控的miRNAs，我们基于内含子miRNA经常与其宿主基因共表达的证据，研究了转录单位内的映射。为此，我们监测了20个人类MM细胞系（HMCL）中的宿主转录物表达值，并将重点放在转录物上，这些转录物的表达在整个数据集中存在显著差异。

方法：通过实时定量PCR定量miRNA表达。在Affymetrix寡核苷酸微阵列上生成基因表达和基因组分析数据。采用微阵列显著性分析算法研究差异表达的转录物。传统统计学用于检验相关性的显著性。查询公共图书馆以预测假定的miRNA靶点。

结果：我们鉴定了6个miRNA宿主基因（CCPG1、GULP1、EVL、TACSTD1、MEST和TNIK）的特异性转录物，这些基因的平均表达变化与检测数据集的平均值至少相差2倍。我们评估了相应内含子miRNA的表达水平，并确定了MEST、EVL和GULP1的表达水平与相应miRNAs miR-335、miR-342-3p和miR-561的表达水平之间的显著相关性。20个HMCL的全基因组分析表明，三个宿主基因及其相应内含子miRNA的表达增加与局部拷贝数变化无关。值得注意的是，相对于正常浆细胞，miRNAs及其宿主基因在部分原发性肿瘤中过度表达；然而，这一发现与已知的分子骨髓瘤组无关。预测的假定miRNA靶点和与原发肿瘤相关的转录谱表明，MEST/miR-335和EVL/miR-342-3p可能在血浆细胞归巢和/或与骨髓微环境的相互作用中发挥作用。

结论：我们的数据支持这样一种观点，即内含子miRNAs及其宿主基因是受依赖性调节的，并且可能有助于理解其在癌症中的生物学作用。据我们所知，这是MM中miRNA表达失调的第一个证据，提供了可能导致识别新生物标记物和改变疾病分子途径的见解。

PubMed免责声明

数字

图1
**宿主基因表达水平**。的表达式级别*GULP1号机组*,*TNIK公司*,*MEST公司*,*EVL公司*,*TACSTD1系统*、和*CCPG1型*通过HMCLs的DNA微阵列分析进行评估。垂直轴上的缩放值表示HG-U133A阵列上确定的相对强度水平。

图2
**miRNA与同源宿主基因表达的相关性分析**20个HMCL中宿主基因（GEP数据，纵坐标）和miRNA表达水平（Q-RT-PCR，横坐标）之间的相关分析。为了比较这些数据，我们转换了基因表达和Q-RT-PCR（表达为2^-ΔCt)间隔值0–1之间的结果。线性回归，以及相关系数R和对值在每个面板中显示。

图3
**miRNA与DNA CN相关性分析**DNA CN变异与miRNA表达的相关性分析。红线代表成熟的miRNA表达，标准化为*Z30型*小核仁RNA，表达为2^-ΔCt，并在间隔值0–1（右侧的垂直轴）之间进行转换。这些斑点代表HMCL推断的DNA CNs（左侧的垂直轴）。水平轴：HMCL根据增加的推断CN排序。这个对值显示在每个面板上方（Kendall的tau相关性测试）。

图4
**原发性肿瘤数据库中宿主基因表达水平**。的表达式级别*MEST公司*,*EVL公司*、和*GULP1号机组*通过患者数据库的DNA微阵列分析进行评估，包括来自24名正常供体（N）、34名MGUS、269名MM和9名PCL的样本。垂直轴上的标度值表示与HG-U133A阵列上设置的特定探针杂交的链亲和素-PE染色的生物素化cRNA的荧光强度；基线设置为24个正常样本的平均值+3STDEV的截止值。样本在水平轴上进行排序和分组。高于截止水平并通过Q-RT-PCR分析的样品为红色；对于*MEST公司*此外，还报告了样本的基因表达值几乎未超过临界值，且未通过Q-RT-PCR进行分析。

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