The CATH Domain Structure Database and related resources Gene3D and DHS provide comprehensive domain family information for genome analysis

doi:10.1093/nar/gki024

.2005年1月1日；33（数据库问题）：D247-51。

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CATH域结构数据库和相关资源Gene3D和DHS为基因组分析提供了全面的域家族信息

附属公司

PMID： 15608188
预防性维修识别码：项目编号539978
DOI（操作界面）： 10.1093/nar/gki024年10月10日

CATH域结构数据库和相关资源Gene3D和DHS为基因组分析提供了全面的域家族信息

弗朗西斯·珀尔等。核酸研究. 2005.

.2005年1月1日；33（数据库问题）：D247-51。

doi:10.1093/nar/gki024。

附属

¹英国伦敦WC1E 6BT伦敦高尔街伦敦大学学院生物化学和分子生物学系。

PMID： 15608188
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DOI（操作界面）： 10.1093/nar/gki024

摘要

CATH蛋白质结构域数据库(http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath网站/)目前包含43229个结构域，分为1467个超家族和5107个序列家族。每个结构家族都使用GenBank中的序列亲属和完整的基因组进行扩展，使用各种高效的序列搜索协议和可靠的阈值。这个扩展的CATH蛋白家族数据库包含616470个域序列，分为23876个序列家族。这导致CATH HMM模型库的显著扩展，以包括从CATH序列亲属构建的模型，从而使检测远程同源物的覆盖率增加了10%。一个改进的同源超家族词典（DHS）(http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dhs网站/)包含CATH中每个超家族的特定序列、结构和功能信息，大大有助于人工验证同源物。CATH超家族、GenBank和完整基因组的序列相关信息见CATH相关DHS和Gene3D资源。可以从Gene3D获取领域合作伙伴关系信息(http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/Gene3D/). 已实施新的CATH服务器(http://www.biochem.ucl.ac.uk/cgi-bin/cath/CathServer.pl)使用一套快速序列和结构比较方法对新确定的序列和结构进行自动分类。对匹配的统计显著性进行评估，并向假定的超家族或折叠组提供链接，将查询序列或结构分配给该超家族或褶皱组。

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数字

图1
过去两年使用不同序列比较或结构比较方法在CATH中分类的PDB结构的比例（%）。蓝色片段：与现有CATH域具有95%或更多序列一致性的PDB序列，使用SSEARCH识别。品红色片段：与现有CATH域具有30%或更多序列一致性的PDB序列，使用SSEARCH识别。黄色段：可以通过扫描HMM库分配给现有CATH超家族的PDB条目。绿色部分：通过与使用SSAP的CATH代表进行结构比较，可以分配给CATH超家族的PDB条目。紫色段：通过使用SSAP与CATH代表进行结构比较，可以将PDB条目分配给CATH折叠组。橙色段：与任何CATH结构都不匹配的PDB条目，表示新折叠。

图2
CATHerine车轮(一)说明了来自PDB的域结构在CATH层次结构中不同级别之间的分布。这三类以颜色表示，主要是α粉红色、β黄色和α-β绿色。内轮对应分类中的不同结构，外轮对应不同折叠组。每个折叠群根据采用该折叠的不同同源超家族的数量和种群进行了细分。(b条)在Gene3D中说明了CATH结构域在150个完整基因组序列中的分布。在这种情况下，外圈中标记的褶皱组已根据每个褶皱组中的紧密序列族的数量和大小进行了划分。

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1. Taylor W.和Orengo，C.（1989）蛋白质结构比对。分子生物学杂志。，208, 1–22.-公共医学
1. Orengo C.（1999）蛋白质结构家族的CORA拓扑指纹。蛋白质科学。，8, 699–715.-项目管理咨询公司-公共医学
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1. Benson D.A.、Karsch-Mizrachi，I.、Lipman，D.J.、Ostell，J.和Wheeler，D.L.（2004）GenBank：更新。《核酸研究》，32，23–26。-项目管理咨询公司-公共医学

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