GOtcha: a new method for prediction of protein function assessed by the annotation of seven genomes

doi:10.1186/1471-2105-5-178

.2004年11月18:5:178。

doi:10.186/1471-2105-5-178。

GOtcha：一种新的预测蛋白质功能的方法，通过七个基因组的注释进行评估

大卫·M·A·马丁¹, 马修·贝里曼, 杰弗里·巴顿

附属公司

PMID： 15550167
预防性维修识别码： PMC535938型
内政部： 10.1186/1471-2105-5-178

GOtcha：一种新的预测蛋白质功能的方法，通过七个基因组的注释进行评估

大卫·M·A·马丁等人。 BMC生物信息学. 2004.

.2004年11月18:5:178。

doi:10.1186/1471-2105-5-178。

作者

大卫·M·A·马丁¹, 马修·贝里曼, 杰弗里·巴顿

附属

¹英国邓迪DD1 5EH道街邓迪大学生命科学学院后基因组和分子相互作用中心。d.m.a.martin@dundee.ac.uk

PMID： 15550167
预防性维修识别码： PMC535938型
内政部： 10.1186/1471-2105-5-178

摘要

背景：新基因产物的功能通常通过相似序列注释的传递赋值来预测。我们描述了一种通过基因本体（GO）术语注释预测基因产物功能的新方法GOtcha。GOtcha预测GO术语与术语特定概率（P-score）置信度的相关性。术语特定概率是GOtcha的一个新特性，可以识别注释中的冲突或不确定性。

结果：GOtcha方法被应用于恶性疟原虫和其他六个基因组的最近测序基因组。定量比较GOtcha对指定GO术语的检索与来自最高得分注释BLAST搜索命中（TOPBLAST）的直接传递赋值。GOtcha将信息深入到相似性搜索匹配的“黄昏区”，利用了许多被更简单的方法丢弃的信息。在P分界值为50%时，GOtcha在E值为10（-4）时比TOPBLAST注释的注释回收率高60%，选择性高20%。

结论：GOtcha方法是基因组注释器的有用工具。它已经确定了原始恶性疟原虫注释中的错误和遗漏，并被许多其他基因组测序项目所采用。

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数字

图1
**恢复的原始GO注释与GO术语分配截止值的比例。**（a） GOtcha（b）信息量最高的BLAST命中率（TOPBLAST）。对于GOtcha，P分数在文本中定义。对于TOPBLASTE类-value是顶级注释序列匹配的期望分数。键：○*拟南芥*; △*黑腹果蝇*; □智人; ●*恶性疟原虫*; ■*霍乱弧菌*; ◇*秀丽隐杆线虫*; ▽*酿酒酵母*.

图2
**注释和注释的序列。**（a）GOtcha在截止点上的P-得分和（b）TOPBLAST与E类-值低于截止值。具有相关注释的序列数由（c）GOtcha预测，其P分数超过截止值，以及（d）TOPBLAST预测，其E类-值低于截止值。P-分数计算为1个百分点的分辨率，从而产生图形的阶梯性质。（e）GOtcha和（f）TOPBLAST预测的每个注释序列的平均注释数。键：○*拟南芥*; △*黑腹果蝇*; □智人; ●*恶性疟原虫*; ■*霍乱弧菌*; ◇*秀丽隐杆线虫*; ▽*酿酒酵母*.

图3
**使用所有证据代码分配GO术语的选择性与截止性。**（a） GOtcha与P得分截止（a）TOPBLAST与E类-价值截止。键：○*拟南芥*; △*黑腹果蝇*; □智人; ●*恶性疟原虫*; ■*霍乱弧菌*; ◇*秀丽隐杆线虫*; ▽*酿酒酵母*.

图4
**GO条款（不包括IEA证据代码）分配的覆盖范围与截止时间。**（a） GOtcha（b）信息量最高的BLAST一击。键：○*拟南芥*; △*黑腹果蝇*; □智人; ●*恶性疟原虫*; ■*霍乱弧菌*; ◇*秀丽隐杆线虫*; ▽*酿酒酵母*.

图5
**GO条款（不包括IEA证据代码）分配的选择性与截止性。**（a） GOtcha与P得分截止（a）TOPBLAST与E类-价值截止。键：○*拟南芥*; △*黑腹果蝇*; □智人; ●*恶性疟原虫*; ■*霍乱弧菌*; ◇*秀丽隐杆线虫*; ▽*酿酒酵母*.

图6
**相对误差商(要求)与GO条款分配截止时间相比。**要求在文本中定义。（a） ●●●●。GOtcha分析。（b） ●●●●。信息量最大的BLAST命中分析。键：○*拟南芥*; △*黑腹果蝇*; □智人; ●*恶性疟原虫*; ■*霍乱弧菌*; ◇*秀丽隐杆线虫*; ▽*酿酒酵母*.

图7
**相对误差商(要求)与GO条款分配截止时间相比。**要求在文本中定义。IEA条款不包括在本分析中。（a） ●●●●。GOtcha分析。（b） ●●●●。信息量最大的BLAST命中分析。键：○*拟南芥*; △*黑腹果蝇*; □智人; ●*恶性疟原虫*; ■*霍乱弧菌*; ◇*秀丽隐杆线虫*; ▽*酿酒酵母*.

图8
**不同权重对REQ的影响。**利用0.5（开环）、1、2、3、4、5、7、10和15（交叉）的权重因子计算GOtcha预测人类蛋白质组GO术语关联的REQ。

图9
**GOtcha方法。**1.对查询序列进行数据库搜索。对搜索结果进行处理以给出具有相关联的R分数的成对匹配的列表。2.两队比赛的R分数将添加到与该比赛序列相关的每个GO项的总分中。3.C分数计算为根节点总分的自然对数。每个节点的I分数计算为总节点分数与根节点的比率。

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