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.2004;5(9):115.
doi:10.1186/gb-2004-5-9-115。 Epub 2004年8月31日。

预测和验证microRNA靶点

埃里克·C·莱 1
附属公司
审查

预测和验证microRNA靶点

埃里克·C·莱. 基因组生物学. 2004.

摘要

鉴于microRNA通过核苷酸碱基连接选择其靶点，因此可以通过计算找到microRNA靶点。已经取得了相当大的进展，但评估成功和生物意义需要进入“潮湿”实验室。

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数字

图1
图1
miRNAs及其靶点的互补性。（a）两类miRNA-结合位点。一些miRNA结合位点与miRNA具有广泛的、近乎完美的互补性（左），而其他miRNA结合位点仅与miRNA显示有限的配对（右）。在许多情况下，前者导致靶细胞分裂，而后者导致翻译抑制（黑色箭头），尽管也描述了相反的例子（灰色箭头）。植物miRNAs通常表现出与靶标的广泛配对，而动物miRNA则极为罕见。（b）miRNA（核苷酸2-8）5'端的强规范性碱基连接对于具有有限互补性的位点的调控非常重要。这可能是由于RISC/miRNP复合物（卵形）的成分对miRNA-目标双链的5'端有特异性识别。需要注意的是，RISC/miRNP可能沿着整个miRNA:靶双链进行物理接触。事实上，具有miRNA 5'末端的大约七核苷酸双链可能足以识别目标（左）。不完美的5'配对会导致大多数站点无法正常工作，尽管在某些情况下，站点功能会被足够广泛的3'配对“拯救”（中间）。无论3'配对的程度如何（右），缺乏强5'配对的站点都是无功能的。（c）miRNA-结合位点的不同配置示例。需要在给定转录本上存在的其他miRNA-结合位点的环境中考虑单个位点。单个位点可以满足靶裂解（左上）或强翻译抑制（左下），但这些通常是“近完美”或“强”位点，与miRNA具有扩展互补性。多个与miRNA保持5'配对的“适度”位点可以协同作用，共同提供强大的调控（右上角）。一些转录物包含不同miRNAs的多个结合位点（以不同的阴影指定），它们也可能协同作用（右下方）。
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