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比较研究
.2004年7月15日；76(14):4193-201.
doi:10.1021/ac0498563。

鸟枪蛋白质组学中随机抽样和相对蛋白质丰度估计模型

刘洪斌 1, 罗夫珊·萨迪戈夫, 约翰·耶茨（John R Yates）第三
附属公司
比较研究

鸟枪蛋白质组学中随机抽样和相对蛋白质丰度估计模型

刘洪斌等。 Ana Chem公司. .

摘要

使用蛋白水解消化和液相色谱结合串联质谱对复杂蛋白质混合物进行蛋白质组学分析是生物学研究的标准方法。数据相关采集用于自动采集洗脱到质谱仪中的肽的串联质谱。在更复杂的混合物中，例如，全细胞裂解物中，存在的肽离子中的数据依赖性采集不完全样本，而不是采集所有可用离子的串联质谱。我们分析了抽样过程，并开发了一个统计模型，以准确预测特定复杂度混合物的预期抽样水平。该模型还预测了复杂蛋白质混合物的饱和取样需要多少分析。对于酵母菌可溶性细胞裂解液，需要进行10次分析，才能根据我们的模型在蛋白质鉴定上达到95%的饱和水平。统计模型还表明了蛋白质取样水平与混合物中蛋白质相对丰度之间的关系。我们通过使用为每个蛋白质获取的光谱数量（光谱采样）证明了超过2个数量级的线性动态范围。

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