Clustering analysis of SAGE data using a Poisson approach

doi:10.1186/gb-2004-5-7-r51

比较研究

.2004;5（7）：R51。

doi:10.1186/gb-2004-5-7-r51。 Epub 2004年6月29日。

使用泊松方法对SAGE数据进行聚类分析

李才¹, 黄海燕, 塞斯·布莱克肖, Jun S Liu（刘军）, 康妮·塞普科, 王永浩（Wing H Wong）

附属公司

PMID： 15239836
预防性维修识别码： PMC463327型
内政部： 10.1186/gb-2004-5-7-r51

比较研究

使用泊松方法对SAGE数据进行聚类分析

李才等。基因组生物学. 2004.

.2004;5（7）：R51。

doi:10.1186/gb-2004-5-7-r51。 Epub 2004年6月29日。

作者

李才¹, 黄海燕, 塞斯·布莱克肖, Jun S Liu（刘军）, 康妮·塞普科, 王永浩（Wing H Wong）

附属

¹美国马萨诸塞州波士顿亨廷顿大道66号哈佛公共卫生学院生物统计学系，邮编02115。lcai@research.dfci.harvard.edu

PMID： 15239836
预防性维修识别码： PMC463327型
内政部： 10.1186/gb-2004-5-7-r51

摘要

由于缺乏考虑基因表达特性的适当统计方法，基因表达序列分析（SAGE）数据在聚类分析中的利用率很低。我们通过泊松统计对SAGE数据进行建模，并开发了两个基于泊松的距离。它们在模拟和实验小鼠视网膜数据中的应用表明，与其他常用的距离或相似性度量（如皮尔逊相关或欧几里德距离）相比，基于泊松的距离更适合和可靠地分析SAGE数据。

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数字

图1
模拟数据的聚类结果图。这个x个-轴表示不同的时间点；这个年-axis表示按百分比缩放的表达式级别。数据在绘图前进行了标准化。对于每个标记，将重新缩放计数向量，使计数向量的元素之和等于1。例如，b4=（109306296620,93）被重新缩放为b4'=b4/θ哪里θ= (109 + 306 + 296 + 620 + 93).

图2
小鼠视网膜SAGE数据的聚类结果图。这个x个-轴表示发育中的小鼠视网膜SAGE文库的时间点；这个年-轴表示以百分比缩放的每个标记的相对频率。数据在绘图前进行了标准化。对10个库中的每个标记进行重新缩放，使所有10个标记的总和等于1。不同的颜色代表不同的标签。有关更多详细信息，请参阅附加数据文件1。

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[1] Blackshaw S，Fraioli RE，Furukawa T，Cepko CL。感光细胞基因表达的综合分析和候选视网膜疾病基因的鉴定。单元格。2001;107:579–589. doi:10.1016/S0092-8674（01）00574-8。-内政部-公共医学

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[6] Velculescu VE，Zhang L，Vogelstein B，Kinzler KW。基因表达的系列分析。科学。1995;270:484–487.-公共医学

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