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.2004年5月;33(1):68-80.
doi:10.1016/j.meth.2003.10.025。

利用DNA甲基转移酶绘制体内染色质结构

附属公司

利用DNA甲基转移酶绘制体内染色质结构

沃尔特·杰森等。 方法. 2004年5月.

摘要

细胞质-5 DNA甲基转移酶(C5-DMTases)是分析染色质和DNA结合因子的有效试剂。基于PCR-的亚硫酸氢盐测序技术对可及区域的胞嘧啶甲基化进行了阳性检测。在这篇文章中,我们概述了DNA甲基转移酶CviPI(M.CviPI,GC特异性)在探测染色质组织中的两种互补用途。首先,我们描述了使用天然存在的游离酶作为扩散探针来绘制核小体结构的变化,并在顺调控序列中足迹因子相互作用。在第二个应用中,称为靶向基因甲基化(TAGM),DMTase通过与DNA结合因子的框架内融合而靶向。DNA甲基化的快速积累使因子结合的检测变得高度敏感。这两种策略都可以应用于任何C5 DMTase,例如M.SssI,它也具有短识别特异性(CG)。介绍了构建酿酒酵母C5 DMTase表达菌株和分析染色质区域的方法。我们还包括基因组DNA的分离和亚硫酸氢盐处理的综合方案以及随后的亚硫酸氢钠测序步骤。在GAL1和PHO5展示了DMTase探测技术、理论考虑和实验分析的有效性的数据。

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