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.1992年12月;13(6):919-21.

ProSearch:快速搜索具有与蛋白质结构和功能相关的正则表达模式的蛋白质序列

附属公司
  • PMID: 1476747

ProSearch:快速搜索具有与蛋白质结构和功能相关的正则表达模式的蛋白质序列

小L F Kolakowski等。 生物技术. 1992年12月.

摘要

本报告描述了ProSearch的实现,这是一个可以有效搜索蛋白质序列中模体的计算机程序。ProSearch目前使用PROSITE数据库中包含的图案,但用户开发的图案可以轻松添加到任何搜索中。ProSearch可以生成一份报告,确定给定蛋白质序列中存在的模式、它们的位置,如果需要,还可以生成已识别模式的简短描述。该程序是用AWK(一种小型解释计算机语言)编写的,可以在实验室中常见的所有计算机平台上运行。ProSearch可以在一个典型的工作站上,在不到5秒的时间内搜索一个348氨基酸蛋白质的690种模式。

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