Global analysis of ligand sensitivity of estrogen inducible and suppressible genes in MCF7/BUS breast cancer cells by DNA microarray

doi:10.1073/pnas.2235866100

。2003年11月25日；100(24):13994-9.

doi:10.1073/pnas.2235866100。 Epub 2003年11月10日。

用DNA芯片分析MCF7/BUS乳腺癌细胞雌激素诱导和抑制基因的配体敏感性

凯瑟琳·科瑟¹, 杰西卡·切恩斯, 京英虎, 山迪雷, 库尔特·伊斯塞尔巴赫, Shioda Toshi Shioda

附属公司

PMID： 14610279
预防性维修识别码：项目经理283534
内政部： 10.1073/pnas.2235866100

用DNA芯片分析MCF7/BUS乳腺癌细胞雌激素诱导和抑制基因的配体敏感性

凯瑟琳·科瑟等。美国国家科学院程序。 2003。

。2003年11月25日；100(24):13994-9.

doi:10.1073/pnas.2235866100。 Epub 2003年11月10日。

作者

凯瑟琳·科瑟¹, 杰西卡·切恩斯, 京英虎, 山迪雷, 库尔特·伊斯塞尔巴赫, Toshi Shioda先生

附属

¹美国马萨诸塞州查尔斯顿市马萨诸塞总医院癌症中心肿瘤生物学和DNA微阵列核心设施部，邮编02129。

PMID： 14610279
预防性维修识别码：项目经理283534
内政部： 10.1073/pnas.2235866100

摘要

为了获得关于17β-雌二醇（E2）对该激素诱导或抑制的基因的敏感性的全面信息，我们设计了一种方法，通过使用DNA微阵列和一组实现标准度量统计的简单Perl计算机脚本来确定大量基因的配体敏感性。我们用它来表征低浓度（0-100 pM）E2对MCF7/BUS人乳腺癌细胞转录组的影响，该细胞的E2剂量依赖性生长曲线饱和于100 pM E2。DNA微阵列覆盖的所有基因的mRNA表达变化评估表明，在极低浓度（10 pM）下，E2抑制的基因数量约为其诱导的基因数量的3-5倍，而在较高浓度（30-100 pM）时，E2诱导的基因数约为其抑制的基因数的1.5-2倍。使用明确定义的统计标准，根据E2敏感性将E2诱导基因分为几类。这种激素敏感性分析方法表明，先前报道的两种E2诱导自分泌生长因子（转化生长因子α和基质细胞衍生因子1）的表达不受100 pM和低浓度E2的影响，但受到10 nM E2的强烈增强，远远高于MCF7/BUS细胞E2剂量依赖性生长曲线的饱和浓度。这些观察结果表明，E2的生物作用源自多个基因的表达，这些基因的E2敏感性显著不同，因此取决于E2浓度，特别是当其低于饱和水平时，强调了表征E2作用的配体剂量依赖性方面的重要性。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
E2对MCF7/BUS细胞生长和转录组的整体影响。(A类)MCF7/BUS细胞E2剂量依赖性生长曲线。细胞在指示的E2浓度下培养120小时，并测定细胞数量。每个点代表五个独立实验的平均值±SEM。(B类和C类)E2诱导敏感性的全球分布(B类)和E2-抑制(C类)基因。将BUS细胞暴露于不同浓度的E2 48小时，并通过DNA微阵列测定其转录组谱。列表示mRNA表达强度更强的基因数量(B类)或较弱(C类)[>2倍的差异和*P（P）*< 0.01 (n个=5）]在E2浓度存在的情况下x个在色码E2浓度存在的情况下。

**图2。**
E2敏感性分析。彩色图显示E2处理和激素饥饿对基因的诱导（红色）和抑制（绿色）。图中的数字表示由Student’s吨测试；即，1、2和3表示*P（P）*< 0.05,*P（P）*<0.01，以及*P（P）*分别<0.001。每列代表一个实验条件，每行代表一个基因，显示了其名称和GenBank登录号。这些代码表明了每个基因与雌激素、癌症、细胞周期和E2F家族转录因子的已知关系，这些转录因子由计算机辅助知识提取引擎从数据库中检索并用符号表示锿，钙，*塞浦路斯*、和*E2F（E2F）*分别是。(*A–F*)A类–F的定义基于基因的E2敏感性，每类代表性基因的mRNA表达谱的细节以成对线图的形式表示。每对的左侧（填充符号）显示E2剂量-反应曲线(n个= 5); 右图（开放符号）显示荷尔蒙饥饿的概况(n个= 3). 每个数据点代表平均值±SEM。单箭头、双箭头和三箭头表示*P（P）*分别≤0.05、0.01和0.001。彩色图中显示的所有基因的详细mRNA表达谱如图4所示，该图作为PNAS网站上的支持信息发布。

**图3。**
具有高或低E2敏感性的E2诱导基因的mRNA表达谱：半定量RT-PCR。(A类)暴露于指定浓度的E2 48小时或激素保护（HS）达2天的BUS细胞中的mRNA表达。(B类)在暴露于10或100 nM E2 48 h的BUS细胞中TGF-α和SDF-1 mRNA转录物的表达。SDF-1检测引物对1用于实验A类。

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1. Soulez，M.和Parker，M.G.（2001）分子内分泌学杂志。27, 259–274.-公共医学
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[9] Villalobos，M.、Olea，N.、Brotons，J.A.、Olea-Serrano，M.F.、Ruiz de Almodovar，J.M.和Pedraza，V.（1995）《环境》。健康展望。103, 844–850.-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Villalobos，M.、Olea，N.、Brotons，J.A.、Olea-Serrano，M.F.、Ruiz de Almodovar，J.M.和Pedraza，V.（1995）《环境》。健康展望。103, 844–850.-项目管理咨询公司-公共医学

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