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.2003:58:95-130.
doi:10.1210/rp.58.1.95。

核因子-κB依赖性基因网络的鉴定

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核因子-κB依赖性基因网络的鉴定

冰天等。 最新进展Horm Res. 2003.

摘要

核因子κB(NF-κB)是一种高度诱导的转录因子,通过诱导遗传网络在肝脏急性期反应、先天/适应性免疫和细胞存活中发挥重要作用。主要转录激活物种Rel A-NF-kappaB是一种细胞质复合体,其核移位受其与抑制蛋白家族IkappaBs的结合控制。NF-κB的激活导致IkappaB的靶向蛋白水解,释放NF-κ子B进入细胞核并与靶启动子中的特定序列结合。由于NF-kappaB的基因组行为受所施加的刺激和其结合的启动子上下文/染色质结构的影响,因此尚未阐明NF-kampaB调节基因的谱。我们已经开始解决这个问题,利用一个表达不可降解IkappaBalpha突变体的严格调控细胞系统,该突变体完全抑制NF-kappaB的作用。在NF-kappaB存在和不存在的情况下,使用高密度寡核苷酸微阵列来识别对复杂生物刺激(病毒复制)的遗传反应。使用统计和信息学工具,我们确定了两组具有不同表达谱的NF-kappaB依赖基因:1)一组具有高组成表达,其表达水平随着病毒暴露而下降,而组成mRNA表达随着NF-kapbaB阻断而增加,和2)组成性表达很低(或检测不到)且在刺激后表达水平强烈增加的组。在该组中,NF-kappaB阻断剂抑制了基因的病毒诱导。后者包括趋化因子、转录调节剂、调节翻译和蛋白水解的细胞内蛋白质以及分泌蛋白质(例如补体成分、生长因子调节剂)。这些数据揭示了对NF-kappaB的遗传反应的复杂性,并为进一步的信息学分析奠定了基础,以确定上调和下调NF-kampaB依赖性启动子的共同遗传特征。

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