MicroSAGE is highly representative and reproducible but reveals major differences in gene expression among samples obtained from similar tissues

doi:10.1186/gb-2003-4-3-r17

比较研究

.2003;4（3）：R17。

doi:10.1186/gb-2003-4-3-r17。 Epub 2003年2月18日。

MicroSAGE具有很高的代表性和可重复性，但显示了从类似组织中获得的样本之间基因表达的主要差异

塞斯·布莱克肖¹, 温斯顿·P·郭, 彼得·帕克, Motokazu筑川, 珍妮·冈内森, 哈米什·斯科特, Wee-Ming Boon公司, Seong-Seng Tan公司, 康斯坦斯·塞普科

附属公司

PMID： 12620102
预防性维修识别码：项目经理153457
内政部： 10.1186/gb-2003-4-3-r17

比较研究

MicroSAGE具有很高的代表性和可重复性，但显示了从类似组织中获得的样本之间基因表达的主要差异

塞斯·布莱克肖等。基因组生物学. 2003.

.2003;4（3）：R17。

doi:10.1186/gb-2003-4-3-r17。 Epub 2003年2月18日。

作者

塞斯·布莱克肖¹, 温斯顿·P·郭, 彼得·帕克, 津川本田, 珍妮·冈内森, 哈米什·斯科特, Wee-Ming Boon公司, Seong-Seng Tan公司, 康斯坦斯·切普科

附属

¹哈佛医学院和霍华德·休斯医学院遗传学系，美国马萨诸塞州波士顿龙伍德大道200号，邮编02115。

PMID： 12620102
预防性维修识别码：项目经理153457
内政部： 10.1186/gb-2003-4-3-r17

摘要

背景：使用少量起始材料（microSAGE）对基因表达进行的系列分析尚未最终证明具有代表性、可重复性或准确性。

结果：我们表明，microSAGE具有高度代表性、可重复性和准确性，但不同个体的组织样本之间的基因表达存在显著差异。

结论：MicroSAGE是一种全面分析样本间基因表达差异的可靠方法，但在概括从不同个体和/或不同处理或存储的组织构建的文库中获得的结果时应谨慎。

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数字

图1
虚拟旋转分析。**（a）**下丘脑文库A的虚拟Rot分析。这绘制了文库中标签的累积分数与每个标签富余水平的总标签。中等丰度和低丰度转录物之间的边界设置为每个文库中只出现一次的标记的分数，因为标记数（约55000）不足以全面覆盖每个细胞mRNA（约300000个mRNA分子/细胞）。**（b）**成人视网膜库的虚拟Rot分析，采用与（a）相同的方法进行。**（c）**源自（a）和（b）中的虚拟Rot分析的mRNA丰度类别，与源自[11]的小鼠全脑多体mRNA的实际Rot分析相比。ND，未确定。

图2
SAGE测量的光感受器特异性基因的SAGE标记水平。标签级别标准化为55000。

图3
SAGE测量的细胞周期调控基因的SAGE标记水平。标签级别标准化为55000。

图4
累计第页-研究中SAGE库之间每个标签比较的值分布。使用二项式分布的蒙特卡罗分析生成第页-观察标记和机会标记的值第页-值。用于进行此分析的软件包含在SAGE 3.0.1软件包[18]中。差异表示为可进行比较的总标签的累积分数，在这种情况下，所有标签在两个库中的组合出现多次。机会变化，累积第页-采样中机会变化的预期值差异（SAGE库ONL1与ONL2比较计算的值-机会累积图第页-所考虑的每个库比较的值差异基本相同）；采样，ONL1与ONL2（相同的库，不同的标签）；ditag，P2.5A vs P2.5B（相同的ditag连接，不同的库）；mRNA，*阴极射线管*^+/+A与*阴极射线管*^+/+B（相同起始mRNA，不同文库）；44岁vs 41岁，来自不同年龄段男性外周视网膜的库；88岁vs 44岁，来自年龄和性别不同个体的外周视网膜库；同窝小鼠，P6.5A vs P6.5B（由三只P6.5 C57B/6小鼠的视网膜制成的库vs由三只同窝小鼠的视网膜做成的库）；环境，下丘脑A与下丘脑B（由马萨诸塞州波士顿3只8周龄雄性C57B/6小鼠的下丘脑制成的库与由澳大利亚墨尔本20只8周期雄性C57B/6小鼠的下丘脑制成）；视网膜与下丘脑，成年雄性C57B/6小鼠视网膜与成年雄性C57 B/6小鼠下丘脑的库；视网膜vs 3T3细胞，库来自成年雄性C57B/6小鼠视网膜vs小鼠3T3成纤维细胞系。

图5
检查图4中考虑的每个SAGE库比较中的标签级别和折叠变化。数据以对数刻度在旋转坐标系中绘制，其中对数₂(*xy公司*)用于指示两个库中的标记级别（其中x个=SAGE库A中的标签级别，以及年=SAGE库B）和log2中的标记级别(*年/年*)用于指示标签级别中的折叠变化。分析中省略了两个库中计数为零的标记。暗线表示使用基于每个点附近标准偏差的局部加权平滑技术，为图5c中标签分布计算的两个标准偏差置信限（即相同的起始mRNA，不同的SAGE库）。这样做是为了便于将SAGE库之间观察到的标签差异与SAGE库构建预期的基线可变性水平进行比较。**（a）**采样，ONL1与ONL2（相同的库，不同的标签）；**（b）**ditag，P2.5A vs P2.5B（相同的ditag连接，不同的库）；**（c）**mRNA，*阴极射线管*^+/+A与*阴极射线管*^+/+B（相同的起始mRNA，不同的库）。**（d）**44岁vs 41岁，来自不同相似年龄男性外周视网膜的库；**（e）**88岁vs 44岁，来自年龄和性别不同个体的外周视网膜库；**（f）**同窝小鼠，P6.5A vs P6.5B（由三只P6.5 C57B/6小鼠的视网膜制成的库vs由三只同窝小鼠的视网膜做成的库）；**（g）**环境，下丘脑A与下丘脑B（由马萨诸塞州波士顿3只8周龄雄性C57B/6小鼠的下丘脑制成的库与由澳大利亚墨尔本20只8周期雄性C57B/6小鼠的下丘脑制成）；**（h）**视网膜与下丘脑，成年雄性C57B/6小鼠视网膜与成年雄性C57 B/6小鼠下丘脑的库；**（i）**视网膜对3T3细胞、来自成年雄性C57B/6小鼠视网膜对小鼠3T3成纤维细胞系的文库。有关这些SAGE库的更多信息，请参阅表1和材料与方法。

图6
41岁外周视网膜SAGE文库（眼球摘除术后5小时保持室温）和44岁外周视网库（眼球摘出术后45分钟保持室温）中标签的SAGE标签丰度水平不同于第页≤0.005；显示了139个这样的标签。

图7
P6.5A SAGE文库中标签的SAGE标签丰度水平（从-80°C下储存1周的组织中产生）和44岁的外周视网膜文库中的标签丰度（从-80C下储存6个月的组织中生成）第页≤ 0.005; 考虑135个此类标签。

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