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.2003年2月19日;125(7):1731-7.
doi:10.1021/ja026939x。

HADDOCK:基于生化或生物物理信息的蛋白质-蛋白质对接方法

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HADDOCK:基于生化或生物物理信息的蛋白质-蛋白质对接方法

西里尔·多明格斯等。 美国化学会志. .

摘要

通过核磁共振和X射线晶体学来确定蛋白质复合物的结构是一个相当繁琐和漫长的过程。在过去几年中,基于对接研究蛋白质复合物的几种方法也得到了很好的发展。这些方法大多不是由实验数据驱动的,而是基于能量学和形状互补的组合。在这里,我们提出了一种称为HADDOCK(高歧义驱动的蛋白质-蛋白质对接)的方法,该方法利用生物化学和/或生物物理相互作用数据,如NMR滴定实验或诱变数据产生的化学位移扰动数据。此信息作为模糊交互约束(AIR)引入,以驱动对接过程。AIR被定义为显示参与相互作用的所有残基之间的模糊距离。用三种分子络合物证明了我们方法的准确性。对于其中两个络合物,其络合物和游离蛋白质结构均已得到解决,核磁共振滴定数据可用。最后一个例子中使用了突变数据。在所有情况下,HADDOCK生成的最佳结构,即分子间能量最低的结构,与各自络合物的已发表结构最接近(在2.0A主干RMSD内)。

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