跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
审查
.2002年10月29日;11(2):37-44.
doi:10.1152/生理遗传学.0042.2002。

SAGE库的统计评估:对实验设计的影响

附属公司
审查

SAGE库的统计评估:对实验设计的影响

简·M·鲁伊特等。 基因组学杂志. .

摘要

自从引入基因表达序列分析(SAGE)作为定量分析基因差异表达的一种方法以来,已经发表了一些统计测试,用于SAGE库的成对比较。测试两个SAGE库中发现的特定标签数量之间的差异受到阻碍,因为每个SAGE库都只是一个测量值:没有关于生物变异或实验精度的必要信息。在当前可用的测试中,此方差的度量是通过模拟或基于标签分布的属性获得的。为了帮助SAGE的用户在这些测试之间作出决定,通过确定临界值,对五种不同的成对测试进行了比较,即,在一个库中给定的标签数量的情况下,需要在另一个库内找到最低数量的标签才能产生显著的P值。本次比较中包括的五项测试是SAGE300,即Madden等人(Oncogene 15:1079-1085,1997)和Audic和Claverie(Genome Res 7:986-995,1997年)描述的测试,Fisher精确测试和Z测试,该测试相当于chi-squared测试。比较表明,对于大小相同或不同的SAGE库,SAGE300、Fisher精确测试、Z测试以及Audic和Claverie测试的临界值彼此相差1.5%以内。这表明,当应用于SAGE库时,这四个测试将给出基本相同的结果。Madden检验只能用于相似大小的库,其临界值高出25%,更为保守,可能是因为其检验统计中的方差测量不适合进行假设检验。讨论了选择SAGE库大小的后果。

PubMed免责声明

类似文章

引用人

  • 患者特异性TBX5-G125R变异体导致严重的转录失控和心房功能障碍。
    van Ouwerkerk AF、Bosada FM、van Duijvenboden K、Houweling AC、Scholman KT、Wakker V、Allaart CP、Uhm JS、Mathijssen IB、Baartscheer T、Postma AV、Barnett P、Verkerk AO、Boukens BJ、Christoffels VM。 van Ouwerkerk AF等人。 循环。2022年2月22日;145(8):606-619. doi:10.1161/CIRCULATIONAHA.121.054347。Epub 2022年2月3日。 循环。2022 PMID:35113653 免费PMC文章。
  • 抑制消减杂交干旱和非模式作物恢复库的深度排序白三叶L。
    Bisaga M、Lowe M、Hegarty M、Abberton M、Ravagnani A。 Bisaga M等人。 前植物科学。2017年2月23日;8:213. doi:10.3389/fpl.2017.00213。2017年电子收集。 前植物科学。2017 PMID:28280499 免费PMC文章。
  • 保护生物学家的基因组工具箱。
    Angeloni F、Wagemaker N、Vergeer P、Ouborg J。 Angeloni F等人。 演变应用程序。2012年2月;5(2):130-43。doi:10.1111/j.1752-4517.2011.00217.x.电子出版2011年11月17日。 演变应用程序。2012 PMID:25568036 免费PMC文章。
  • OccuPeak:基于内部背景建模的ChIP-Seq峰值呼叫。
    de Boer BA、van Duijvenboden K、van den Boogaard M、Christoffels VM、Barnett P、Ruijter JM。 de Boer BA等人。 公共科学图书馆一号。2014年6月17日;9(6):e99844。doi:10.1371/journal.pone.0099844。2014年电子收集。 公共科学图书馆一号。2014 PMID:24936875 免费PMC文章。
  • MAGI:利用基因组信息进行甲基化分析。
    Baumann DD,Doerge RW。 Baumann DD等人。 表观遗传学。2014年5月;9(5):698-703. doi:10.4161/epi.28322。Epub 2014年3月31日。 表观遗传学。2014 PMID:24589664 免费PMC文章。

MeSH术语

LinkOut-更多资源