Sequence analysis of LRPPRC and its SEC1 domain interaction partners suggests roles in cytoskeletal organization, vesicular trafficking, nucleocytosolic shuttling, and chromosome activity

doi:10.1006/geno.2001.6679

.2002年1月；79(1):124-36.

doi:10.1006/geno.2001.6679。

LRPPRC及其SEC1结构域相互作用伙伴的序列分析表明其在细胞骨架组织、囊泡运输、核细胞溶质穿梭和染色体活性中的作用

刘乐源¹, 华莱士·L·麦基汉

附属公司

PMID： 11827465
预防性维修识别码： PMC3241999
内政部： 2006年10月10日/geno.2001.6679

LRPPRC及其SEC1结构域相互作用伙伴的序列分析表明其在细胞骨架组织、囊泡运输、核细胞溶质穿梭和染色体活性中的作用

刘乐源等。基因组学. 2002年1月.

.2002年1月；79(1):124-36.

doi:10.1006/geno.2001.6679。

作者

刘乐源¹, 华莱士·L·麦基汉

附属

¹德克萨斯农工大学系统健康科学中心生物科学与技术研究所癌症生物与营养中心，美国德克萨斯州休斯顿市西霍尔科姆大道2121号，邮编77030。

PMID： 11827465
预防性维修识别码： PMC3241999
内政部： 2006年10月10日/geno.2001.6679

摘要

LRPPRC（最初称为LRP130）是一种富含亮氨酸的细胞内130-kD蛋白，与肝细胞提取物中的成纤维细胞生长因子受体共渗，并在细胞膜、细胞骨架和细胞核的多种多蛋白复合物中检测到。在这里，我们报告了LRPPRC及其SEC1域相互作用伙伴的序列同源性分析结果。我们发现，与五肽、四肽和亨廷顿延伸蛋白A亚基-TOR重复序列相似的23个串联重复序列表征了LRPPRC序列。氨基末端显示了多个富含亮氨酸的核转运信号拷贝，随后是ENTH、DUF28和SEC1同源结构域。我们使用SEC1结构域捕获从人类肝脏cDNA文库中表达的相互作用伙伴。交互C19ORF5（XP_038600）与微管相关蛋白有很强的同源性，并且可能存在富含精氨酸的mRNA结合基序。UXT（XP_033860）表现出与肌动蛋白相关的spectrin重复序列和移动转录因子中的L/I七肽重复序列同源的α-螺旋特性。C6ORF34（XP_004305）与大肠杆菌Rob转录因子的非DNA-结合羧基末端同源。CECR2（AAK15343）在两个溴结构域旁边显示出转录因子AT钩基序，并且与鸟苷酸结合蛋白-1具有同源性。总之，这些特征表明LRPPRC及其SEC1域相互作用伙伴在细胞骨架网络与囊泡运输、核细胞溶质穿梭、转录、染色体重塑和胞质分裂的整合中具有调节作用。

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数字

图1
LRPPRC mRNA的表达。使用跨越酵母双杂交筛选（Trap B，图2B）中所用编码区的LRPPRC cDNA和材料和方法中所述的β-肌动蛋白cDNA，对所示组织中的Poly（A）mRNA进行Northern杂交分析。PBL、外周血白细胞。

图2
根据序列预测LRPPRC的结构域。(A类)LRP串联重复序列的同源性和二级结构。重复序列和包含的残基在右侧编号。PHD预测的α螺旋内的残基为阴影，根据氨基酸类型的保守残基为黑色。共有LRP重复序列显示了23个重复序列中保守位点的最常见残基。类似但不相同的残留物用小写表示。强调了共识，最常见的是药物间、甘氨酸和碱性残基（E/D）。还显示了一致的TPR[6]、PPR[6]HEAT[7]重复。(B类)LRPPRC的LRP重复序列和序列同源域结构示意图。

图3
预测与ENTH、DUF28和SEC1结构域的同源性。示例和对齐来自Pfam搜索。示例的GenBank条目名称后面是所比较序列的包含范围。黑色残基表示身份，阴影残基表示疏水性、电荷和/或大小方面性质类似的氨基酸。(A类)ENTH家族蛋白。(B类)DUF28家族蛋白。(C类)SEC1家族蛋白。

图4
酵母双杂交系统中克隆人肝cDNA LRPPRC表达产物的相互作用。（A）与包含LRPPRC SEC1子域的陷阱B的相互作用。携带C19ORF5、UXT、C6ORF34B、CECR2B和纤维连接蛋白（FN）编码基因的五种质粒与本文描述的酵母双杂交互补系统中幸存的激活域融合，与pGBKT7-BD-trap B和全长LRPPRC融合构建物共同转化为酵母AH109细胞。共转化子最初生长在SD/-Leu-Trp板上，然后在QDO板上重新破碎（材料和方法）。用底物分光光度法测定细胞裂解物中的β-半乳糖苷酶活性o个-硝基苯-β-D-吡喃半乳糖苷。所示数据是三个独立共变换的平均值（±SE）。（B） SEC1交互基板与全长LRPPRC的相互作用。通过共转化酵母在QDO平板上生长的能力，比较五种基因产物与Trap B和整个LRPPRC的相互作用。

图5
LRPPRC相互合作伙伴的表达*C19ORF5型*,*UXT公司*,*C6ORF34型*,*中国电子商务研究院2*并控制多个人体组织中的β-肌动蛋白mRNA。材料和方法中描述了特定探针。三个*中国电子商务研究院2*使用探针的结果类似。

图6
C19ORF5与微管相关蛋白（MAP）的同源性。（A） MAP1A（MAPA_RAT）的结构域同源性示意图。（B） C19ORF5的N末端的同源性。（C） C19ORF5的C末端。实心条表示潜在的RNA结合基序。所示对准基于MAXHOM多序列对准程序。示例的GenBank条目名称后面是所比较序列的包含范围。黑色残基表示身份，阴影残基表示疏水性、电荷和/或大小方面性质类似的氨基酸。相同和类似的残留物分别用粗体或阴影表示。两个小写残基表示省略了一段序列，残基之间的同源性不显著。

图7
UXT与spectrin重复序列蛋白和两种膜结合转录因子的同源性示例。（A）光谱重复蛋白。基于MAXHOM多序列比对程序对954-残基人类肌营养不良蛋白相关蛋白2（DRP2）进行比对，而对288-残基突触蛋白1a和444-残基皮质醇I进行比对是基于3D-PSSM程序的序列预测结构同源性。（B，C）移动转录因子SREB1和STAT3b。全长SREB1和STAT3b分别由1147和770个残基组成。校准也基于3D-PSSM程序。SREB1基本区的标记tyr-335用三角形表示，UXT中四个七肽重复序列的L/I残基用实心圆表示。残留物的特性和相似性分别用黑色和灰色表示。预计每个残基都会参与的二级结构（C，环；E，β-链；H，α-螺旋）显示在每个残基的上方。每个同源物的x射线或核磁共振的实际二级结构显示在每个残基下面

图8
C6ORF34与*大肠杆菌*转录因子Rob。路线基于3D-PSSM分析，预测和实际结构如图7所示。

图9
CECR2蛋白的同源结构域。（A）同源结构域结构示意图。显示的同源结构域与顶部全长1484-残基CECR2蛋白成比例。由于外显子跳跃，CECR2的溴代多巴胺I基因缺失（白色波浪线）。CECR2B左侧的黑色波浪线表示N末端与库表达载体的融合点。（B） GBP1和AT-Hook同源。根据3D-PSSM分析，与592人GBP1残基的C末端对齐，预测和实际结构如图7所示。AT-Hook序列被覆盖，其高度保守的标志性GRP残基被划线，溴代多巴胺I被指示。外显子跳跃导致的缺失位于实心三角形之间。（C）与二溴结构域转录因子同源性的例子。Pfam和3D-PSSM搜索均检测到TFIID同源物，因为其串联溴代腺苷（上覆bar）。使用3D-PSSM分析进行校准。CECR2中交替外显子的起始点由开口三角形表示。C末端有一颗恒星。（D）与PABP-C的结构域同源性。636残基人聚A结合蛋白1的C末端也基于3D-PSSM搜索。预测的残留物特性和相似性以及实际的二级结构如图7所示。

图9
CECR2蛋白的同源结构域。（A）同源结构域结构示意图。显示的同源结构域与顶部全长1484-残基CECR2蛋白成比例。CECR2的溴结构域I中由于外显子跳过而缺失（白色波浪线）。CECR2B左侧的黑色波浪线表示N末端与库表达载体的融合点。（B） GBP1和AT Hook同源性。根据3D-PSSM分析，与592人GBP1残基的C末端对齐，预测和实际结构如图7所示。AT-Hook序列被覆盖，其高度保守的标志性GRP残基被划线，溴代多巴胺I被指示。外显子跳跃导致的缺失位于实心三角形之间。（C）与双溴多巴胺转录因子的同源性示例。Pfam和3D-PSSM搜索均检测到TFIID同源物，因为其串联溴代腺苷（上覆bar）。使用3D-PSSM分析进行校准。CECR2中交替外显子的起始点由开口三角形表示。C末端有一颗星。（D）与PABP-C的结构域同源性。636残基人聚A结合蛋白1的C末端也基于3D-PSSM搜索。预测的残留物特性和相似性以及实际的二级结构如图7所示。

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