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.2002年1月1日;30(1):276-80.
doi:10.1093/nar/30.1.276。

Pfam蛋白质家族数据库

附属公司

Pfam蛋白质家族数据库

亚历克斯·贝特曼等。 核酸研究. .

摘要

Pfam是蛋白质多序列比对和剖面隐马尔可夫模型的大型集合。Pfam可在英国的万维网上获取,网址为http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/,在瑞典http://www.cgb.ki.se/Pfam网站/,在法国http://pfam.jouy.inra.fr/在美国http://pfam.wustl.edu/。Pfam的最新版本(6.6)包含3071个家族,与SWISS-PROT 39和TrEMBL 14中69%的蛋白质相匹配。在可用的情况下,已使用结构数据来确保Pfam族与结构域对应,并改进基于域的注释。现在还包括非域区域的预测。除了二级结构外,Pfam多序列比对现在还包含活性位点残留标记。新的搜索工具,包括分类法搜索和域查询,大大增加了Pfam资源的功能和可用性。

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数字

图1
图1
凝血酶与牛胰蛋白酶抑制剂结构复合物的网络视图。该网页显示了复合物中两种蛋白质的Pfam结构域;PDB结构中代表的蛋白质区域由每个蛋白质上方的方括号突出显示。PDBsum资源(17)很好地提供了蛋白质结构图。
图2
图2
SWISS-PROT和Pfam种子比对中活性位点残基的分布。直方图显示了在SWISS-PROT活性位点中发现的氨基酸的频率(蓝色)和与活性位点残基对齐的氨基酸频率(黄色)。

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引用人

工具书类

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