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2001年12月15日;15(24):3286-95.
doi:10.1101/gad.940201。

组蛋白H3赖氨酸4甲基化由Set1介导,是酿酒酵母细胞生长和rDNA沉默所必需的

附属公司

组蛋白H3赖氨酸4甲基化由Set1介导,是酿酒酵母细胞生长和rDNA沉默所必需的

S D布里格斯等。 基因开发

摘要

组蛋白甲基化已知与转录活性和抑制性染色质状态有关。最近的研究已确定SET结构域蛋白(如SUV39H1和Clr4)是H3赖氨酸9(Lys9)甲基化和异染色质形成的介体。有趣的是,从酿酒酵母或嗜热四膜藻非同步群体中分离出的大块组蛋白中未观察到H3 Lys9甲基化。相反,H3赖氨酸4(Lys4)甲基化是这些较小真核生物的主要修饰。为了鉴定负责的甲基转移酶并深入了解H3 Lys4甲基化的功能,我们开发了组蛋白H3 Lys 4甲基特异性抗血清。利用该抗血清,我们表明,在酿酒酵母中删除SET1,而不是其他假定的SET域基因,会导致体内H3 Lys4甲基化的完全消除。此外,set1可以挽救set1 Delta菌株中H3 Lys4甲基化的缺失。对Lys4组蛋白H3突变的分析显示了一种类似于set1 Delta菌株的缓慢生长缺陷。染色质免疫沉淀分析表明,rDNA位点存在H3 Lys4甲基化,并且Set1介导的H3 Lys甲基化是抑制rDNA内RNA聚合酶II转录所必需的。综上所述,这些数据表明Set1介导的H3 Lys4甲基化是正常细胞生长和转录沉默所必需的。

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数字

图1
图1
H3赖氨酸4(Lys4)甲基特异性抗血清可识别肽和组蛋白上的H3 Lys4甲基化。(A类)ELISA分析中使用的不同H3肽的氨基酸序列如所示B类下划线氨基酸是H3序列的人工氨基酸,用于偶联目的。(B类)酶联免疫吸附试验(ELISA)分析α-H3(Lys4)Me抗血清对未修饰(unmod)的识别和特异性[1–8])和改性H3(K4Me[1–8])肽。用20μg/mL H3肽K4Me进行肽竞争(1–20)或K9Me(1–20). (C类)从野生型(Wt)和H3 K4R、K4A和K9R酵母菌株中分离出全细胞提取物,并用α-Me(lys4)H3或α-乙酰基H4和α-H3抗血清进行免疫印迹,作为负载对照。Wt、K4R、K4A和K9R被引入MSY421背景中。
图2
图2
H3赖氨酸4(Lys4)和赖氨酸9(Lys9)甲基化的保存和丰度;1μg重组组蛋白爪蟾和5μg非同步生长的总核心组蛋白酿酒酵母(酿酒酵母),嗜热四膜虫(四膜虫)用15%的SDS-PAGE对鸡和人293T细胞(人)进行分离,转移到PVDF膜上,并用α-Me(lys4)H3或α-Me(Lys9)H3进行检测。请注意四膜虫样品代表大核组蛋白。考马斯染色平行检查相同样品,以显示组蛋白负载。
图3
图3
Set1介导H3赖氨酸4(Ly4)甲基化。(A类)从野生型(Wt;MBY1198)、MBY1217中分离出全细胞提取物(集合1Δ [YHR119w型])、Wt(BY4742)和在SET域中携带单个中断的酵母菌株-包含以下基因:集合2Δ (YJL168c型),集合3Δ (YKR029c型),设置4Δ (YJL105w型),设置5Δ (YPL165c型),设置6Δ (YHR207c型)、和设置7Δ (YDR257c型). MBY1198是同基因Wt菌株集合1Δ菌株(MBY1217),BY4742是集合2Δ,集合3Δ,设置4Δ,设置5Δ,设置6Δ和设置7Δ应变。用α-Me(Lys4)H3抗血清免疫印迹法检测H3 Lys4甲基化;H4乙酰化,与α-乙酰化H4抗血清;和H3,使用α-H3抗血清。(B类)用于挽救H3 Lys4甲基化的Set1结构的示意图,如所示C类数字表示Set1中的氨基酸,氨基酸938–1067表示Set1的SET域。(C类)中显示的Set1构造B类被转化为酵母集合1生成Δ菌株MBY1217和转化酵母的全部提取物,并用α-Me(Lys4)H3或α-乙酰基H4和α-H3抗血清作为负荷对照进行检测。
图4
图4
赖氨酸4(Lys4)和a的组蛋白H3突变集合1Δ菌株(MBY1587)表现出缓慢生长表型。(A类)通过斑点分析分析野生型(Wt)和组蛋白H3 K4R、K4A和K9R酵母菌株之间的细胞生长。在YPD上发现十倍系列稀释液,并在30°C下培养3d或在14°C下生长7d。(B类)Wt、K9R、K4R和集合1Δ菌株被点在YPD上,并在30°C下生长2天。(C类)细胞生长集合1通过在30°C的SC-Ura培养基上电镀3d来测定图3B中所述的Set1结构转化的Δ应变。重量、K4R、K4A、K9R和集合1Δ(MBY1587)均在MSY421背景中生成。
图5
图5
rDNA沉默需要Set1介导的H3赖氨酸4(Lys4)甲基化。(A类)进行Ty1转座补丁分析,以确定rDNA沉默在细胞内的互补性集合1Δ应变MBY1217和Set1构造设置1(1–1080), 集合1Δ设置(1–900),集合1(780–1080)、和集合1(900–1080)Set1结构体拯救(+)或不拯救(−)H3 Lys4甲基化的能力集合1Δ(MBY1217)菌株由斑贴试验指示(见图3C)。(B类)来自野生型的染色质(Wt;MBY1198),集合1分离Δ、Wt(WZY42)和H3 K4R菌株,并用α-Me(Lys4)H3或α-H3二乙酰抗血清进行免疫沉淀。这个集合1使用的Δ菌株为MBY1217,H3 K4R被引入WZY42背景中。用PCR扩增免疫沉淀样品中rDNA的NTS区。显示加载控制的输入PCR。

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