Robertson's Mutator transposons in A. thaliana are regulated by the chromatin-remodeling gene Decrease in DNA Methylation (DDM1)

doi:10.1101/gad.193701

.2001年3月1日；15(5):591-602.

doi:10.1101/gad.193701。

拟南芥Robertson突变转座子受染色质重塑基因DNA甲基化降低（DDM1）的调控

T歌手¹, C约丹, R A马丁森

附属公司

PMID： 11238379
预防性维修识别码： PMC312647型
内政部： 10.1101/gad.193701

拟南芥Robertson突变转座子受染色质重塑基因DNA甲基化降低（DDM1）的调控

T歌手等。基因开发. 2001.

.2001年3月1日；15(5):591-602.

doi:10.1101/gad.193701。

作者

T歌手¹, C约丹, R A马丁森

附属

¹美国纽约州冷泉港冷泉港实验室，邮编：11724。

PMID： 11238379
预防性维修识别码： PMC312647型
内政部： 10.1101/gad.193701

摘要

玉米中的Robertson突变子转座元件经历了活性周期和无活性周期，这与胞嘧啶甲基化的变化有关。拟南芥基因组中存在突变体样元素，但高度甲基化且不活跃。这些元素在染色质重塑突变体ddm1（DNA甲基化减少）中脱甲基并具有活性，从而导致异色DNA甲基化的丧失。因此，植物中的DNA转座子似乎受到染色质重塑的调节。在近交ddm1菌株中，转座元件可能部分解释了与ddm1无关的突变表型。基因沉默和参数化也受DDM1调控，为表观遗传沉默与转座子调控相关的命题提供了支持。

PubMed免责声明

数字

图1
分析*突变体*-具有长末端反向重复序列（TIR-MULE）的类元素*拟南芥*. (A类)基于末端反向重复序列（TIR）的22个TIR-MULE的无根距离树（表1A、B）。*突变体*-根据聚类分析，将具有TIR的相似元素（TIR-MULE）按相似性进行分组。转置的元素*ddm1型*菌株以红色突出显示(*在Mu1*)和紫色(*在Mu6*). 引导值显示在节点上。亚组IA和IB（黄色）和组II（绿色）包含转录于*ddm1型*突变体（见表2）。(B类)97-aa保守区的比对*拟南芥*玉米MURA蛋白的类MURA转座酶。相同的氨基酸以深灰色装箱，与浅灰色相似。PROSITE特征模式中的相同氨基酸显示在相应序列下面。(C类)转录元件的TIR序列的比对。相同的核苷酸以灰色方框显示（TIRA，5′TIR；TIRB，3′TIR）。

图1
分析*突变体*-具有长末端反向重复序列（TIR-MULE）的类元素*拟南芥*. (A类)基于末端反向重复序列（TIR）的22个TIR-MULE的无根距离树（表1A、B）。*突变体*-根据聚类分析，将具有TIR的相似元素（TIR-MULE）按相似性进行分组。在中转置的元素*ddm1型*菌株以红色突出显示(*在Mu1*)和紫色(*在Mu6*). 引导值显示在节点上。亚组IA和IB（黄色）和组II（绿色）包含转录于*ddm1型*突变体（见表2）。(B类)一个97个氨基酸的保守区的比对*拟南芥*玉米MURA蛋白的类MURA转座酶。相同的氨基酸以深灰色装箱，与浅灰色相似。PROSITE特征模式中的相同氨基酸显示在相应序列下面。(C类)转录元件TIR序列的比对。相同的核苷酸以灰色方框显示（TIRA，5′TIR；TIRB，3′TIR）。

图2
TIR-MULE转座子的基因组位置。哥伦比亚生态型中具有TIR的潜在完整元素显示在每条染色体的左侧。换位*在Mu1*中的元素*ddm1型*菌株如右图所示（表3）。显示了遗传标记和地图位置，以及着丝粒周围（浅灰色）和核仁（深灰色）异染色质。TIR-MULE子家族如图1A所示进行了彩色编码。

图3
*突变体*转座子在*拟南芥*.DNA凝胶印迹分析*拟南芥*DNA来自(A类)野生型Landsberg直立人（拉丁美洲-呃)和哥伦比亚菌株（Col-0）以及(B类)野生型和*ddm1型*变异植物（哥伦比亚）生态RII公司，*英国标准时间*镍，*血红蛋白*二、和*Msp公司*I.将印迹与来自*在Mu1*（图4A）。

图4
*突变体*转座子在*ddm1型*突变体。(A类)*在Mu1*有295 bp TIR（灰盒），编码三个外显子；探针1和2如下所示。限制性酶位点*血红蛋白*II（Hp），*Hin公司*dIII（H），生态RI（R），以及生态RII（E）如图所示。(B类)混合野生型和*ddm1型*-突变体幼苗。DNA被消化生态RI与探针2杂交。新带（箭头）表示*在Mu1*。先前存在的元件T11I11.3、F21A20_a和T3F12.12由左边.车道上微弱的带状物1和2部分甲基化T3F12.12。车道1，兰茨伯格*直立人*（勒尔）；车道2哥伦比亚野生型（Col-0）；车道三，哥伦比亚*ddm1型*; 车道4，兰茨伯格*直立杆菌ddm1*. (C类)哥伦比亚个体DNA凝胶印迹分析*ddm1型*植物使用*Hin公司*dIII和探头1。换位了新的条带（箭头）*AtMu1型*. (D类)RT-PCR分析（+）转录本使用*在Mu1*底漆（顶部面板）和对照RuBisCO底漆（底部面板）。交替通道（−）是在没有逆转录酶的情况下的模拟反应。RuBisCO车道1和2使用Col-0和Ler基因组DNA进行扩增。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

由于缺乏染色质重塑因子DDM1，转座子侧翼拟南芥基因的遗传表观遗传突变。
Saze H，Kakutani T。 Saze H等人。 EMBO J.2007年8月8日；26(15):3641-52. doi:10.1038/sj.emboj.7601788。Epub 2007年7月12日。 EMBO J.2007。 PMID：17627280 免费PMC文章。
通过突变激活转座子，消除拟南芥中的完全DNA甲基化。
Miura A、Yonebayashi S、Watanabe K、Toyama T、Shimada H、Kakutani T。 Miura A等人。自然。2001年5月10日；411(6834):212-4. doi:10.1038/35075612。自然。2001. PMID：11346800
维持基因组甲基化需要SWI2/SNF2样蛋白。
Jeddeloh JA、Stokes TL、Richards EJ。 Jeddeloh JA等人。自然遗传学。1999年5月；22(1):94-7. doi:10.1038/8803。自然遗传学。1999 PMID：10319870
螺旋酶同系物在植物和哺乳动物中维持胞嘧啶甲基化。
Bourc'his D，贝斯特TH。 Bourc'his D等人。生物测定。2002年4月；24(4):297-9. doi:10.1002/bies.10078。生物测定。2002 PMID：11948614 审查。
基于染色质的沉默机制。
本德J。本德J。当前操作植物生物。2004年10月；7(5):521-6. doi:10.1016/j.pbi.2004.07.003。当前操作植物生物。2004 PMID：15337094 审查。

查看所有类似文章

引用人

拟南芥DDM1染色质重塑活性的分子和结构基础。
Osakabe A、Takizawa Y、Horikoshi N、Hatazawa S、Negishi L、Sato S、Berger F、Kakutani T、Kurumizaka H。 Osakabe A等人。国家公社。2024年7月11日；15(1):5187. doi:10.1038/s41467-024-49465-w。国家公社。2024 PMID：38992002 免费PMC文章。
两种携带转座子衍生小RNA的ARGONAUTE蛋白与拟南芥生殖细胞谱系相关。
Bradamante G、Nguyen VH、Incarbone M、Meir Z、Bente H、DonáM、Lettner N、Scheid OM、Gutzat R。 Bradamante G等人。植物细胞。2024年3月29日；36(4):863-880. doi:10.1093/plcell/koad295。植物细胞。2024 PMID：38060984 免费PMC文章。
在转置元件的非编码区域，反沉默和RdDM之间的军备竞赛。
佐佐木T、加藤K、细坂A、傅Y、丰田章男A、藤山A、塔鲁台Y、川崎T。 Sasaki T等人。 EMBO代表2023年8月3日；24（8）：e56678。doi:10.25252年12月202566678日。Epub 2023年6月5日。 EMBO代表2023年。 PMID：37272687 免费PMC文章。
玉米的克隆TED公司转座子大肠杆菌揭示难治性传播质粒的多色序列景观。
聪C，谭J，李C，刘F，于Q，朱莉，李毅。 Cong C等人。国际分子科学杂志。2022年10月9日；23(19):11993. doi:10.3390/ijms23191993。国际分子科学杂志。2022 PMID：36233292 免费PMC文章。
大麦中一种新的具有异常结构和最新转座的突变体样转座元件(大麦).
高德、卡巴斯滕AM、胡G、何波克曼、陈曦。 Gao D等人。前植物科学。2022年5月23日；13:904619. doi:10.3389/fpls.2022.904619。eCollection 2022年。前植物科学。2022 PMID：35677233 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Altschul SF、Madden TL、Schaffer AA、Zhang J、Zhang Z、Miller W、Lipman DJ。Gapped BLAST和PSI-BLAST：新一代蛋白质数据库搜索程序。核酸研究1997；25:3389–3402.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Banks JA，Masson P，Fedoroff N.玉米抑制-突变转座因子发育调控的分子机制。《基因与发育》1988；2:1364–1380.-公共医学
1. Barkan A，Martienssen RA。玉米转座子Mu的失活通过激活Mu1末端附近的外向启动子来抑制突变表型。美国国家科学院院刊。1991;88:3502–3506.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Bender J，Fink GR.拟南芥蓝色荧光突变体揭示了内源性基因家族的表观遗传控制。单元格。1995;83:725–734.-公共医学
1. Benito MI，Walbot V.玉米突变体转座元件MURA转座酶作为DNA结合蛋白的特性。分子细胞生物学。1997;17:5165–5175.-项目管理咨询公司-公共医学

出版物类型

行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

LinkOut-更多资源

全文源
其他文献来源
- 镜片-专利引文

[1] Altschul SF、Madden TL、Schaffer AA、Zhang J、Zhang Z、Miller W、Lipman DJ。Gapped BLAST和PSI-BLAST：新一代蛋白质数据库搜索程序。核酸研究1997；25:3389–3402.-项目管理咨询公司-公共医学

[2] Altschul SF、Madden TL、Schaffer AA、Zhang J、Zhang Z、Miller W、Lipman DJ。Gapped BLAST和PSI-BLAST：新一代蛋白质数据库搜索程序。核酸研究1997；25:3389–3402.-项目管理咨询公司-公共医学

[3] Banks JA，Masson P，Fedoroff N.玉米抑制-突变转座因子发育调控的分子机制。《基因与发育》1988；2:1364–1380.-公共医学

[4] Banks JA，Masson P，Fedoroff N.玉米抑制-突变转座因子发育调控的分子机制。《基因与发育》1988；2:1364–1380.-公共医学

[5] Barkan A，Martienssen RA。玉米转座子Mu的失活通过激活Mu1末端附近的外向启动子来抑制突变表型。美国国家科学院院刊。1991;88:3502–3506.-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Barkan A，Martienssen RA。玉米转座子Mu的失活通过激活Mu1末端附近的外向启动子来抑制突变表型。美国国家科学院院刊。1991;88:3502–3506.-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Bender J，Fink GR.拟南芥蓝色荧光突变体揭示了内源性基因家族的表观遗传控制。单元格。1995;83:725–734.-公共医学

[8] Bender J，Fink GR.拟南芥蓝色荧光突变体揭示了内源性基因家族的表观遗传控制。单元格。1995;83:725–734.-公共医学

[9] Benito MI，Walbot V.玉米突变体转座元件MURA转座酶作为DNA结合蛋白的特性。分子细胞生物学。1997;17:5165–5175.-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Benito MI，Walbot V.玉米突变体转座元件MURA转座酶作为DNA结合蛋白的特性。分子细胞生物学。1997;17:5165–5175.-项目管理咨询公司-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

拟南芥Robertson突变转座子受染色质重塑基因DNA甲基化降低（DDM1）的调控

附属

拟南芥Robertson突变转座子受染色质重塑基因DNA甲基化降低（DDM1）的调控

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源