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.1999年12月;20(18):3551-67.
doi:10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18<3551::AID-ELPS3551>3.0.CO;2-2.

利用质谱数据搜索序列数据库进行基于概率的蛋白质鉴定

附属公司

利用质谱数据搜索序列数据库进行基于概率的蛋白质鉴定

D N珀金斯等。 电泳. 1999年12月.

摘要

文献中描述了几种通过使用质谱数据搜索序列数据库进行蛋白质鉴定的算法。在某些方法中,实验数据是酶消化蛋白质得到的肽分子量。其他方法使用来自一个或多个肽的串联质谱(MS/MS)数据。还有一些将大量数据与氨基酸序列数据相结合。我们展示了一个新的计算机程序Mascot的结果,该程序集成了所有三种类型的搜索。评分算法是基于概率的,它有很多优点:(i)可以使用简单的规则来判断结果是否重要。这在防止误报方面特别有用。(ii)分数可以与其他类型搜索的分数进行比较,例如序列同源性。(iii)搜索参数可以通过迭代轻松优化。讨论了基于概率的评分的优点和局限性,特别是在高通量、全自动蛋白质鉴定的背景下。

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