ProDom and ProDom-CG: tools for protein domain analysis and whole genome comparisons

doi:10.1093/nar/28.1.267

比较研究

。2000年1月1日；28(1):267-9.

doi:10.1093/nar/28.1.267。

ProDom和ProDom-CG：蛋白质域分析和全基因组比较工具

F胸衣¹, F仆人, J高兹, D·卡恩

附属公司

PMID： 10592243
预防性维修识别码：项目编号12458
内政部： 10.1093/nar/28.1267

比较研究

ProDom和ProDom-CG：蛋白质域分析和全基因组比较工具

F胸衣等。核酸研究。 2000。

。2000年1月1日；28(1):267-9.

doi:10.1093/nar/28.1267。

作者

F胸衣¹, F仆人, J高醉, D·卡恩

附属

¹法国塞德克斯Castanet-Tolosan F-31326，INRA/CNRS，BP 27，Génétique Cellulaire实验室。

PMID： 10592243
预防性维修识别码：项目编号12458
内政部： 10.1093/nar/28.1267

摘要

ProDom包含从SWISS-PROT和TrEMBL序列数据库自动生成的所有蛋白质域家族(网址：http://www。toulouse.ina.fr/prodom.html）。ProDom-CG的结果来自于应用于完整基因组的类似域分析(http://www.toulouse（图卢兹）。inra.fr/prodomCG.html）。ProDom数据库及其服务器的最新改进包括：扩大规模以包括TrEMBL中的序列，将Pfam-A条目添加到经专家验证的系列集合中，分配稳定的登录号，域系列的一致性指标，子系列的域安排和到Pfam-A的链接。

PubMed免责声明

数字

图1
(一)ProDom 99.2中每个序列的域数分布。(b条)ProDom 99.2中单个结构域的氨基酸长度分布。

图2
直径分布(一)和回转半径(b条)ProDom系列（99.2版）。请注意，两个分布的第一个点都在尺度之外：5411个族是完全冗余的，直径为0 PAM。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

蛋白质结构域家族的ProDom数据库。
Corpet F、Gouzy J、Kahn D。 Corpet F等人。核酸研究，1998年1月1日；26（1）：323-6。doi:10.1093/nar/261.323。 1998年核酸研究。 PMID：9399865 免费PMC文章。
蛋白质结构域家族ProDom数据库的最新改进。
Corpet F、Gouzy J、Kahn D。 Corpet F等人。《核酸研究》，1999年1月1日；27(1):263-7. doi:10.1093/nar/271.263。 1999年核酸研究。 PMID：9847197 免费PMC文章。
蛋白质结构域家族的ProDom数据库：更强调3D。
Bru C、Courcelle E、Carrère S、Beausse Y、Dalmar S、Kahn D。 Bru C等人。《核酸研究》，2005年1月1日；33（数据库问题）：D212-5。doi:10.1093/nar/gki034。《核酸研究》，2005年。 PMID：15608179 免费PMC文章。
ProDom：同源域的自动聚类。
仆人F、Bru C、Carrère S、Courcelle E、Gouzy J、Peyruc D、Kahn D。仆人F等人。简要生物信息。2002年9月；3（3）：246-51。doi:10.1093/bib/3.3.246。简要生物信息。2002 PMID：12230033
Swiss-Prot蛋白质知识库和ExPASy：为植物群落提供高质量蛋白质组数据和工具。
Schneider M、Tognolli M、Bairoch A。施耐德M等人。植物生理生化。2004年12月；42(12):1013-21. doi:10.1016/j.plaphy.2004.10.009。Epub 2004年12月15日。植物生理生化。2004 PMID：15707838 审查。

查看所有类似文章

引用人

染色体水平的基因组组装提供了对光皮梾木进化、油脂生物合成和花芽发育。
何Z、赵H、周X、倪Q、胡Y、俞R、王M、李C、陈J、陈Y、陈Y，崔C、张L、陈M、陈D。 He Z等人。园艺研究，2023年9月29日；10（11）：uhad196。doi:10.1093/hr/uhad196。eCollection 2023年11月。 Hortic Res.2023年。 PMID：38023476 免费PMC文章。
商业上重要的桃花有机植物、大叶Swietenia macrophylla和塞内加尔Khaya senegalensis的染色体规模基因组。
Sahu SK、Liu M、Wang G、Chen Y、Li R、Fang D、Sahu DN、Mu W、Wei J、Liu J、Zhao Y、Zhang S、Lisby M、Liu X、Xu X、Li L、Wang S、Liu H、He C。 Sahu SK等人。科学数据。2023年11月25日；10(1):832. doi:10.1038/s41597-023-02707-w。科学数据。2023 PMID：38007506 免费PMC文章。
商业用材树（金字木、铁杉和柚木）的染色体级基因组。
Sahu SK、Liu M、Chen Y、Gui J、Fang D、Chen X、Yang T、He C、Cheng L、Yang J、Sahu DN、Li L、Wang H、Mu W、Wei J、Liu J、Zhao Y、Zhang S、Lisby M、Liu X、Xu X、Li L.、Wang S、Liu H。 Sahu SK等人。科学数据。2023年8月3日；10(1):512. doi:10.1038/s41597-023-02420-8。科学数据。2023 PMID：37537171 免费PMC文章。
PFP-GO：整合蛋白质序列、结构域和蛋白质相互作用信息，使用排名GO术语预测蛋白质功能。
Sengupta K、Saha S、Halder AK、Chatterjee P、Nasipuri M、Basu S、Plewczynski D。 Sengupta K等人。前发电机。2022年9月29日；13:969915. doi:10.3389/fgene.2022.969915。2022年电子采集。前发电机。2022 PMID：36246645 免费PMC文章。
阐明蛋白质相互作用网络的计算方法和深度学习。
Vora DS、Kalakoti Y、Sundar D。 Vora DS等人。方法分子生物学。2023;2553:285-323. doi:10.1007/978-1-0716-2617-7_15。方法分子生物学。2023 PMID：36227550

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Sonnhammer E.L.L.和Kahn，D.（1994）蛋白质科学。，3, 482–492.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Corpet F.、Gouzy，J.和Kahn，D.（1999）《核酸研究》，第27、263–267页。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Bairoch A.和Apweiler，R.（1999）《核酸研究》，27，49–54。本期更新文章：《核酸研究》（2000），28，45–48。-公共医学
1. Hofmann K.、Bucher，P.、Falquet，L.和Bairoch，A.（1999）核酸研究，27215-219。-项目管理咨询公司-公共医学
1. 贝特曼A.、伯尼E.、杜宾R.、埃迪S.R.、芬恩R.D.和桑纳默E.L.L.（1999）《核酸研究》，第27、260–262页。本期更新文章：《核酸研究》（2000），28，263–266。-公共医学

出版物类型

行动
行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动

LinkOut-更多资源

全文源
其他文献来源
- 镜片-专利引文

[1] Sonnhammer E.L.L.和Kahn，D.（1994）蛋白质科学。，3, 482–492.-项目管理咨询公司-公共医学

[2] Sonnhammer E.L.L.和Kahn，D.（1994）蛋白质科学。，3, 482–492.-项目管理咨询公司-公共医学

[3] Corpet F.、Gouzy，J.和Kahn，D.（1999）《核酸研究》，第27、263–267页。-项目管理咨询公司-公共医学

[4] Corpet F.、Gouzy，J.和Kahn，D.（1999）《核酸研究》，第27、263–267页。-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Bairoch A.和Apweiler，R.（1999）《核酸研究》，27，49–54。本期更新文章：《核酸研究》（2000），28，45–48。-公共医学

[6] Bairoch A.和Apweiler，R.（1999）《核酸研究》，27，49–54。本期更新文章：《核酸研究》（2000），28，45–48。-公共医学

[7] Hofmann K.、Bucher，P.、Falquet，L.和Bairoch，A.（1999）核酸研究，27215-219。-项目管理咨询公司-公共医学

[8] Hofmann K.、Bucher，P.、Falquet，L.和Bairoch，A.（1999）核酸研究，27215-219。-项目管理咨询公司-公共医学

[9] 贝特曼A.、伯尼E.、杜宾R.、埃迪S.R.、芬恩R.D.和桑纳默E.L.L.（1999）《核酸研究》，第27、260–262页。本期更新文章：《核酸研究》（2000），28，263–266。-公共医学

[10] 贝特曼A.、伯尼E.、杜宾R.、埃迪S.R.、芬恩R.D.和桑纳默E.L.L.（1999）《核酸研究》，第27、260–262页。本期更新文章：《核酸研究》（2000），28，263–266。-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

ProDom和ProDom-CG：蛋白质域分析和全基因组比较工具

附属

ProDom和ProDom-CG：蛋白质域分析和全基因组比较工具

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源